Charmm (*)

De acordo com a página página do Charmm, "CHARMMing contains an integrated set of tools for uploading structures, performing simulations, and viewing the results. In order to provide the best possible user experience, it incorporates a number of freely available tools such as JSmol for visualization and an automatic residue topology file (RTF) generator (CGenFF) which generates the necessary information for atoms and residues that are currently not supported by the non-CGenFF CHARMM force fields".

Versões Disponíveis

  • charmm/c26b2 (*)
  • charmm/c26b2-serial (*)
  • charmm/c37b2
  • charmm/c37b2-serial

Nota

As versões c26b2 (*) são versões livre, disponíveis para uso acadêmica sem a necessidade de licença, obtidas na página do Charmm.

Submissão de Jobs em Paralelo

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_paral_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -t 3:00 -n 16

module load charmm/c37b2
goo-job-nanny srun -n16 charmm < md-analysis.inp

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_paral_jobs.sh

Submissão de Jobs Seriais

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_serial_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -t 3:00

module load charmm/c37b2-serial
goo-job-nanny charmm < md-analysis.inp

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_serial_jobs.sh

Referências

Para informações adicionais sobre o software, consulte a documentação do Charmm.