Gromacs (*)

De acordo com o manual do Gromacs, "Gromacs is an engine to perform molecular dynamics simulations and energy minimization".

Versões Disponíveis

  • gromacs/2018.2
  • gromacs/2016.3
  • gromacs/5.1.4
  • gromacs/4.5.4

Submissão de Jobs em Paralelo

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_paral_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -n 16 --time 30:00
module load gromacs/5.0.4

goo-job-nanny srun -n 16 mdrun_mpi -v -s gromacs-mpi.tpr -o gromacs-mpi.trr -e gromacs-mpi.edr -c after_gromacs-mpi.gro -g gromacs-mpi.log

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_paral_jobs.sh

Submissão de Jobs Seriais

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_serial_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH --time 30:00
module load gromacs/5.0.4

CASE=gromacs-serial
goo-job-nanny mdrun -v -nt 1 -s ${CASE}.tpr -o ${CASE}.trr -e ${CASE}.edr -c after_${CASE}.gro -g ${CASE}.log

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_serial_jobs.sh

Referências

Para informações adicionais sobre o software, consulte a documentação do Gromacs.