RSEM (*)

De acordo com a página do RSEM, "RSEM is an RNA-Seq transcript quantification program developed in 2009. The Shalek et al. study contains thousands of single cell RNA-Seq experiments from bone-marrow-derived mouse dendritic cells.".

Versões Disponíveis

  • rsem/1.2.25

Detalhes sobre o Programa

Ao carregar o módulo via comando module load rsem/1.2.25, serão criadas as seguintes variáveis:

  • RSEM_PATH = caminho para os executáveis do RSEM;
  • EBSEQ_PATH = caminho para os executáveis do EBSeq;
  • BOWTIE2_PATH = caminho para os executáveis do Bowtie2.

Submissão de Jobs Seriais

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_serial_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -t 23:00:00 -c 8

module load rsem/1.2.25

echo "==================[ Build References ]==========================="

goo-job-nanny rsem-prepare-reference -p 8 \
              --gtf ref/Mus_musculus.GRCm38.82.chr.gtf \
              --bowtie2 --bowtie2-path $BOWTIE2_PATH \
              ref/Mus_musculus.GRCm38.dna.toplevel.fa \
              ref/mouse_ref

echo "==================[ Single Sample Analysis ]====================="

goo-job-nanny rsem-calculate-expression -p 8 --paired-end \
              --bowtie2 --bowtie2-path $BOWTIE2_PATH \
              --estimate-rspd \
              --append-names \
              --output-genome-bam \
              data/SRR937564_1.fastq data/SRR937564_2.fastq \
              ref/mouse_ref exp/LPS_6h

Referências

Para informações adicionais sobre o software, consulte a documentação do RSEM.