Sistema GO (legado)

Antes de ser disponibilizada a interface de cluster HPC do SLURM, foi desenvolvido um sistema de envio com templates para auxiliar a execução dos processos no Grid. Esse sistema foi chamado de GO (e chamado na documentação antiga de submissão simplificada).

Com a possibilidade de usar diretamente o SLURM, essa opção deixou de ser recomendada, mas por sua popularidade, ainda é suportada.

Atenção: recomendamos a todos os novos usuário, bem como o usuário com dificuldades com o GO, que tentem usar primeiro a interface do SLURM descrita anteriormente. Deveremos para de dar suporte ao GO dentro de algum tempo.

Todos os recursos do GO podem ser obtidos de forma mais simples com o SLURM + Script goo-job-nanny. Aqui está mantida a documentação original para usuário que já estão usando o GO e preferem não alterar seu workflow.

Introdução

Avaliando a utilização do sistema e tentando sempre facilitar a utilização dos recursos, foram identificadas algumas facilidades que não estavam presentes nas ferramentas tradicionais de grid de forma que sua ausência prejudicava a adoção do grid por parte dos usuários. Por essa razão, foi desenvolvido um método de submissão simplificado, batizado de go, que oferece as seguintes vantagens:

  • Submissão simplificada da simulação
  • Acompanhamento do progresso durante a execução
  • Salvar e recuperar checkpoints
  • Suporte a grandes arquivos de entrada e saída
  • Flexibilidade na descrição de arquivos de saída
  • Utilização automática de diretórios temporários
  • Facilitar depuração de erros

Esse sistema permite a criação de templates para aplicações específicas, facilitando o seu uso. A lista das aplicações suportadas por esse mecanismo está descrita abaixo.

Aplicativos suportados

Nome Versão
BEAST 1.6.1
Clustalw 1.82
Crystal 14.1
Dacapo r474
Dalton 2013.4
Dirac 12.3
Espresso 3.2.0
Gamess 2013
Gamit 10.5
Garli 2.0
Gaussian 09
GPAW 2012 07
Gromacs 4.5.4
Gromacs 4.6.5
IM 12_17_2009
IMa2 8.26.11
LAMMPS 18_10_2011
Mathematica 9
MOPAC 13.294
MrBayes 3.1.2
Mugsy 1.2.1
NAMD 2.9
OpenFOAM 2.1
Orca r1730
Python 2.7
POY 4.1.2
QuantumEspresso 4.3
R 3.1
RAxML 7.3.0
Siesta 3.2.4

Utilização

  • Crie um arquivo de parâmetros (ex: caso.go) como explicado abaixo
  • Execute "go caso.go"

IMPORTANTE: NÃO USE ESPAÇOS NOS NOMES DOS ARQUIVOS

Opções gerais

CASE
Nome do caso. Define o nome de arquivos de entrada, log e saida. Padrão: (nome do arquivo de parâmetros, sem a extensão).
HOSTS
Número de hosts (processos) para a execução. Padrão: 1.
QUEUE
Fila do processo. Opções: short (até 24 horas), medium (até 7 dias), long (30 dias). Padrão: short (24 horas)
LARGE_FILES
Suporte a arquivos de simulação maiores que 8GB. Padrão: false.
NOTIFY
Escolhe quais notificação serão enviadas por email. "NOTIFY=" desabilita o envio.

Opções avançadas

Geralmente essas opções não são necessárias.

EXEC
Executável.
TRANSFER_EXEC
Se transfere o executável.
ARGS
Argumentos.
INPUT
Arquivos de entrada (separados por espaço).
OUTPUT
Arquivos de saída (separados por espaço).
PROGRESS
Arquivo que exibe o progresso da simulação.
WAIT_PROGRESS
Tempo de atualização do progresso (em segundos). Padrão: 15 min.
CHECKPOINT
Arquivo de checkpoint.
WAIT_CHECKPOINT
Tempo de atualização do checkpoint (em segundos). Padrão: 3 horas.
HOSTS
Número de hosts (processos) para a execução. Padrão: 1
PPH
Processo por host. Opção para programas SMP. Padrão: 1. Máximo: 8.
MPI
Se o executável deve ser chamado em ambiente MPI (True ou False).
SHARED_FS
Utiliza um sistema de arquivos compartilhados (útil para aplicações MPI).
CORE_MEM
Memória RAM por core (em GB). Padrão: 2. Máximo: 16.

Exemplo

Exemplo: caso_de_teste.inp

! HF SVP

* xyz 0 1
  C 0.0 0.0 0.0
  O 0.0 0.0 1.13
*

Script de submissão de jobs: caso_de_teste.go

APP=orca
QUEUE=short

Para submeter os jobs, basta executar:

$ go caso_de_teste.go