.. _Charmm:

Charmm
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De acordo com a seguinte `página sobre o Charmm <https://www.charmm.org/archive/charmm/>`_,
"*A molecular simulation program with broad application to many-particle systems with a comprehensive set of energy functions, a variety of enhanced sampling methods, and support for multi-scale techniques including QM/MM, MM/CG, and a range of implicit solvent models.*"

Versões Disponíveis
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* charmm/c26b2 (*)
* charmm/c26b2-serial (*)
* charmm/c37b2
* charmm/c37b2-serial

.. note::
   As versões c26b2 (*) são versões livres, disponíveis para uso acadêmica sem a
   necessidade de licença, obtidas na `página do Charmm <http://charmm.chemistry.harvard.edu>`_.


Submissão de Jobs em Paralelo
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Crie um arquivo chamado, por exemplo, *submit_paral_jobs.sh*.

.. code-block:: bash

   #!/bin/bash
   #SBATCH -t 3:00 -n 16

   export INPUT="md-analysis.inp"
   export OUTPUT="*"

   module load charmm/c37b2
   job-nanny srun -n16 charmm < md-analysis.inp

Para submeter o processo, basta usar o comando:

.. code-block:: bash

  sbatch submit_paral_jobs.sh


Submissão de Jobs Seriais
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Crie um arquivo chamado, por exemplo, *submit_serial_jobs.sh*.

.. code-block:: bash

   #!/bin/bash
   #SBATCH -t 3:00

   export INPUT="md-analysis.inp"
   export OUTPUT="*"

   module load charmm/c37b2-serial
   job-nanny charmm < md-analysis.inp

Para submeter o processo, basta usar o comando:

.. code-block:: bash

  sbatch submit_serial_jobs.sh

Referências
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Para informações adicionais sobre o software, consulte a `documentação do Charmm <https://www.charmm.org/archive/charmm/>`_.