.. _Lammps:

Lammps
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De acordo com o `página do Lammps <https://lammps.sandia.gov/>`_,
"*LAMMPS is a classical molecular dynamics code with a focus on materials
modeling. It's an acronym for Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel
Simulator. LAMMPS has potentials for solid-state materials (metals,
semiconductors) and soft matter (biomolecules, polymers) and coarse-grained or
mesoscopic systems. It can be used to model atoms or, more generically, as a
parallel particle simulator at the atomic, meso, or continuum scale*".


Versões Disponíveis
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* lammps/20170331
* lammps/20180316
* lammps/20200303 (default)

Submissão de Jobs em Paralelo
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Crie um arquivo chamado, por exemplo, *submit_paral_jobs.sh*.

.. code-block:: bash

   #!/bin/bash
   #SBATCH -t 5 -n 4

   export INPUT="in.reax.rdx lammps-mpi.log"
   export OUTPUT="*"

   module load lammps 
   job-nanny srun -n 4 lmp -in in.reax.rdx -log lammps-mpi.log

Para submeter o processo, basta usar o comando:

.. code-block:: bash

   sbatch submit_paral_jobs.sh


Submissão de Jobs Seriais
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Crie um arquivo chamado, por exemplo, *submit_serial_jobs.sh*.

.. code-block:: bash

   #!/bin/bash
   #SBATCH -t 5

   export INPUT="in.lj"
   export OUTPUT="*"

   module load lammps
   job-nanny srun lmp -in in.lj

Para submeter o processo, basta usar o comando:

.. code-block:: bash

   sbatch submit_serial_jobs.sh


Referências
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Para informações adicionais sobre o software, consulte a `documentação do Lammps <https://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html>`_.