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Gabriel Winckler, 01 Jul 2016 14:45


Dirac

Envio local, exemplos de scripts

Informações sobre o uso direto do cluster local estão em aqui.

Serial

#!/bin/bash
#SBATCH -t 5:00

module load dirac
pam --scratch=/tmp --mol=methanol.xyz --inp=hf.inp

SMP

#!/bin/bash
#SBATCH -t 5:00 -c 4

module load dirac

export OMP_NUM_THREADS=4
pam --dirac=dirac.x-smp --scratch=/tmp --mol=methanol.xyz --inp=hf.inp

MPI

#!/bin/bash
#SBATCH -t 5:00 -n 16

module load dirac
pam --dirac=dirac.x-mpi --mpi=16 --scratch=/tmp --mol=methanol.xyz --inp=hf.inp

Submissa Simplificada

Introdução

Instruções para acessar os servidores: InstrucoesDeAcesso

Informações sobre o sistema de submissão simplificado (GO): SubmissaoSimplificada

Utilização

  • Crie um arquivo de parâmetros (ex: caso.go) como explicado abaixo
  • (apenas para a opção -grid) Crie um certificado de proxy (myproxy-logon) com uma duração maior que a do seu job
  • Execute "go caso.go"

Isso cria e envia o seu job para o grid. Caso não queira enviar imediatamente, utilize a opção "-nosubmit". O arquivo de submissão será criado com o nome de "caso.go.submit".

Caso você tenha especificado checkpoints ou arquivos de progresso, eles serão automaticamente copiados para esse diretório.

IMPORTANTE: NÃO USE ESPAÇOS NOS NOMES DOS ARQUIVOS

Exemplo:

APP=dirac
CASE=nome_do_caso
INPUT="cc.inp clf.xyz" 
ARGS="--mol=clf.xyz --inp=cc.inp" 
PPH=8

Caso OUTPUT não seja declarado, o sistema salvará arquivos no formato nome_do_caso.out e nome_do_caso.tgz

Para rodar em modo serial, omita a linha HOSTS

É possível alocar diversos processos mpi, usando HOSTS (por exemplo HOSTS=32 e omitindo PPH). Porém isso implicará a utilização de um disco compartilhado, que pode ser mais lento. A opção PPH=8 alocará todos os processos na mesma máquina.

Opções

Opções comuns

  • CASE - Nome do caso. Define o nome de arquivos de entrada, log e saida. Padrão: (nome do arquivo de parâmetros, sem a extensão)
  • HOSTS - Número de hosts (processos) para a execução. Padrão: 1
  • QUEUE - Fila do processo. Opções: short, medium, long Padrão: short (24 horas)
  • LARGE_FILES - Suporte a arquivos de simulação maiores que 8GB. Padrão: false

Opções avançadas

  • EXEC - executável
  • TRANSFER_EXEC - se transfere o executável
  • ARGS - argumentos
  • INPUT - arquivos de entrada, separados por espaço
  • OUTPUT - arquivos de saída, separados por espaço
  • PROGRESS - arquivo que exibe o progresso da simulação
  • WAIT_PROGRESS - tempo de atualização do progresso, em segundos. Padrão: 15 min.
  • CHECKPOINT - arquivo de checkpoint
  • WAIT_CHECKPOINT - tempo de atualização do checkpoint, em segundos. Padrão: 3 horas.
  • HOSTS - Número de hosts (processos) para a execução. Padrão: 1
  • PPH - Process per host. Opção para programas SMP. Padrão: 1. Máximo:8
  • MPI - Se o executável deve ser chamado em ambiente MPI
  • SHARED_FS - Utiliza um sistema de arquivos compartilhado (útil para aplicações MPI)
  • CORE_MEM - Memória RAM por core, em GB. Padrão: 2. Máximo: 16

Dicas

  • Não utilize espaço no nome dos arquivos
  • Caso o parâmetro tenha espaço (ex: INPUT="arquivo_1 arquivo_2") utilize aspas duplas (")
  • Ao especificar arquivos da saída, progresso ou checkpoint, é possível usar caracteres coringa do bash. Exemplo: OUTPUT="f*.dat x.out" copiará todos os aquivos que começam com f e tem a extensão .dat, mais o arquivo x.out. *Não é possível usar essa expansão para arquivos de entrada (INPUT).