Garli¶
Envio local, exemplos de scripts¶
Informações sobre o uso direto do cluster local estão em aqui.
Serial¶
#!/bin/bash #SBATCH -t 5:00 module load garli goo-job-nanny Garli
MPI¶
#!/bin/bash #SBATCH -t 5:00 -n 16 module load garli goo-job-nanny mpirun -np 16 Garli.mpi -b garli-mpi.conf
Submissa Simplificada¶
Introdução¶
Instruções para acessar os servidores: InstrucoesDeAcesso
Informações sobre o sistema de submissão simplificado (GO): SubmissaoSimplificada
Utilização¶
- Crie um arquivo de parâmetros (ex: caso.go) como explicado abaixo
- (apenas para a opção
-grid
) Crie um certificado de proxy (myproxy-logon) com uma duração maior que a do seu job - Execute "go caso.go"
Isso cria e envia o seu job para o grid. Caso não queira enviar imediatamente, utilize a opção "-nosubmit". O arquivo de submissão será criado com o nome de "caso.go.submit".
Caso você tenha especificado checkpoints ou arquivos de progresso, eles serão automaticamente copiados para esse diretório.
IMPORTANTE: NÃO USE ESPAÇOS NOS NOMES DOS ARQUIVOS
Exemplo serial:
APP="garli" INPUT="garli.conf rana.nex" OUTPUT="rana.nuc*" QUEUE=short
Exemplo paralelo:
APP="garli" CASE="garli-mpi" INPUT="$CASE.conf $CASE.nex" ARGS="$CASE.conf" HOSTS=4 QUEUE=short
É mandatório especificar os arquivos de entrada (INPUT) e saída (OUTPUT).
Caso o arquivo de entrada não seja garli.conf, é necessário especificar em ARGS.
Para rodar em modo serial, omita a linha HOSTS
Opções¶
Opções comuns¶
- CASE - Nome do caso. Define o nome de arquivos de entrada, log e saida. Padrão: (nome do arquivo de parâmetros, sem a extensão)
- HOSTS - Número de hosts (processos) para a execução. Padrão: 1
- QUEUE - Fila do processo. Opções: short, medium, long Padrão: short (24 horas)
- LARGE_FILES - Suporte a arquivos de simulação maiores que 8GB. Padrão: false
Opções avançadas¶
- EXEC - executável
- TRANSFER_EXEC - se transfere o executável
- ARGS - argumentos
- INPUT - arquivos de entrada, separados por espaço
- OUTPUT - arquivos de saída, separados por espaço
- PROGRESS - arquivo que exibe o progresso da simulação
- WAIT_PROGRESS - tempo de atualização do progresso, em segundos. Padrão: 15 min.
- CHECKPOINT - arquivo de checkpoint
- WAIT_CHECKPOINT - tempo de atualização do checkpoint, em segundos. Padrão: 3 horas.
- HOSTS - Número de hosts (processos) para a execução. Padrão: 1
- PPH - Process per host. Opção para programas SMP. Padrão: 1. Máximo:8
- MPI - Se o executável deve ser chamado em ambiente MPI
- SHARED_FS - Utiliza um sistema de arquivos compartilhado (útil para aplicações MPI)
- CORE_MEM - Memória RAM por core, em GB. Padrão: 2. Máximo: 16
Dicas¶
- Não utilize espaço no nome dos arquivos
- Caso o parâmetro tenha espaço (ex:
INPUT="arquivo_1 arquivo_2"
) utilize aspas duplas ("
)
- Ao especificar arquivos da saída, progresso ou checkpoint, é possível usar caracteres coringa do bash. Exemplo:
OUTPUT="f*.dat x.out"
copiará todos os aquivos que começam com f e tem a extensão .dat, mais o arquivo x.out. *Não é possível usar essa expansão para arquivos de entrada (INPUT).