Gromacs¶

Envio local, exemplos de scripts¶

Informações sobre o uso direto do cluster local estão em aqui.

Serial¶

#!/bin/bash
#SBATCH --time 30:00
module load gromacs/5.0.4

CASE=gromacs-serial
goo-job-nanny mdrun -v -nt 1 -s ${CASE}.tpr -o ${CASE}.trr -e ${CASE}.edr -c after_${CASE}.gro -g ${CASE}.log

SMP¶

#!/bin/bash
#SBATCH -c8 --time 30:00
module load gromacs

CASE=gromacs-smp
goo-job-nanny mdrun -v -nt 8 -s ${CASE}.tpr -o ${CASE}.trr -e ${CASE}.edr -c after_${CASE}.gro -g ${CASE}.log

MPI¶

#!/bin/bash
#SBATCH -n 16 --time 30:00
module load gromacs

CASE=gromacs-mpi
goo-job-nanny srun -n16 mdrun_mpi -v -s ${CASE}.tpr -o ${CASE}.trr -e ${CASE}.edr -c after_${CASE}.gro -g ${CASE}.log

Submissao Simplificada¶

Introdução¶

Instruções para acessar os servidores: InstrucoesDeAcesso

Informações sobre o sistema de submissão simplificado (GO): SubmissaoSimplificada

Utilização¶

• Crie um arquivo de parâmetros (ex: caso.go) como explicado abaixo
• (apenas para a opção -grid) Crie um certificado de proxy (myproxy-logon) com uma duração maior que a do seu job
• Execute "go caso.go"

Isso cria e envia o seu job para o grid. Caso não queira enviar imediatamente, utilize a opção "-nosubmit". O arquivo de submissão será criado com o nome de "caso.go.submit".

Caso você tenha especificado checkpoints ou arquivos de progresso, eles serão automaticamente copiados para esse diretório.

IMPORTANTE: NÃO USE ESPAÇOS NOS NOMES DOS ARQUIVOS

Exemplo:

APP=gromacs
CASE=full
HOSTS=4

Essa submissão espera o arquivo de entrada "full.tpr". O arquivo .log será atualizado a cada 15 minutos.

• CASE - Nome do caso. Define o nome de arquivos de entrada, log e saida. Padrão: (nome do arquivo de parâmetros, sem a extensão)
• HOSTS - Número de hosts (processos) para a execução. Padrão: 1
• PPH - Número de cores por servidor. Ativa o modo multi-thread. Padrão: 1
• NPME - Parâmetro passado para o gromacs
• PRECISION - Precisão utilizada no programa. Pode ser "single" ou "double". Padrão: single

Opções¶

Opções comuns¶

• CASE - Nome do caso. Define o nome de arquivos de entrada, log e saida. Padrão: (nome do arquivo de parâmetros, sem a extensão)
• HOSTS - Número de hosts (processos) para a execução. Padrão: 1
• QUEUE - Fila do processo. Opções: short, medium, long Padrão: short (24 horas)
• LARGE_FILES - Suporte a arquivos de simulação maiores que 8GB. Padrão: false

Opções avançadas¶

• EXEC - executável
• TRANSFER_EXEC - se transfere o executável
• ARGS - argumentos
• INPUT - arquivos de entrada, separados por espaço
• OUTPUT - arquivos de saída, separados por espaço
• PROGRESS - arquivo que exibe o progresso da simulação
• WAIT_PROGRESS - tempo de atualização do progresso, em segundos. Padrão: 15 min.
• CHECKPOINT - arquivo de checkpoint
• WAIT_CHECKPOINT - tempo de atualização do checkpoint, em segundos. Padrão: 3 horas.
• HOSTS - Número de hosts (processos) para a execução. Padrão: 1
• PPH - Process per host. Opção para programas SMP. Padrão: 1. Máximo:8
• MPI - Se o executável deve ser chamado em ambiente MPI
• SHARED_FS - Utiliza um sistema de arquivos compartilhado (útil para aplicações MPI)
• CORE_MEM - Memória RAM por core, em GB. Padrão: 2. Máximo: 16

Dicas¶

• Não utilize espaço no nome dos arquivos

• Caso o parâmetro tenha espaço (ex: INPUT="arquivo_1 arquivo_2") utilize aspas duplas (")

• Ao especificar arquivos da saída, progresso ou checkpoint, é possível usar caracteres coringa do bash. Exemplo: OUTPUT="f*.dat x.out" copiará todos os aquivos que começam com f e tem a extensão .dat, mais o arquivo x.out. *Não é possível usar essa expansão para arquivos de entrada (INPUT).