h1. Gromacs

h2. Envio local, exemplos de scripts

Informações sobre o uso direto do cluster local estão em [[SLURM|aqui]].

h3. Serial

<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH --time 30:00
module load gromacs/5.0.4

CASE=gromacs-serial
goo-job-nanny mdrun -v -nt 1 -s ${CASE}.tpr -o ${CASE}.trr -e ${CASE}.edr -c after_${CASE}.gro -g ${CASE}.log
</pre>

h3. SMP

<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -c8 --time 30:00
module load gromacs

CASE=gromacs-smp
goo-job-nanny mdrun -v -nt 8 -s ${CASE}.tpr -o ${CASE}.trr -e ${CASE}.edr -c after_${CASE}.gro -g ${CASE}.log
</pre>

h3. MPI

<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -n 16 --time 30:00
module load gromacs

CASE=gromacs-mpi
goo-job-nanny srun -n16 mdrun_mpi -v -s ${CASE}.tpr -o ${CASE}.trr -e ${CASE}.edr -c after_${CASE}.gro -g ${CASE}.log
</pre>

h2. Submissao Simplificada

{{include(SubmissaoSimplificadaCabecalho)}}

Exemplo:
<pre>
APP=gromacs
CASE=full
HOSTS=4
</pre>

Essa submissão espera o arquivo de entrada "full.tpr". O arquivo .log será atualizado a cada 15 minutos.

Parâmetros:
* CASE - Nome do caso. Define o nome de arquivos de entrada, log e saida. *Padrão:* (nome do arquivo de parâmetros, sem a extensão)
* HOSTS - Número de hosts (processos) para a execução. *Padrão:* 1
* PPH - Número de cores por servidor. Ativa o modo multi-thread. *Padrão:* 1
* NPME - Parâmetro passado para o gromacs
* PRECISION - Precisão utilizada no programa. Pode ser "single" ou "double". *Padrão:* single


{{include(SubmissaoSimplificadaRodape)}}