Suporte (GridUNESP)

h1. Gromacs

h2. Envio local, exemplos de scripts

Informações sobre o uso direto do cluster local estão em [[SLURM|aqui]].

h3. Serial

<pre>

#!/bin/bash

#SBATCH --time 30:00

module load gromacs/5.0.4

CASE=gromacs-serial

goo-job-nanny mdrun -v -nt 1 -s ${CASE}.tpr -o ${CASE}.trr -e ${CASE}.edr -c after_${CASE}.gro -g ${CASE}.log

</pre>

h3. SMP

<pre>

#!/bin/bash

#SBATCH -c8 --time 30:00

module load gromacs

CASE=gromacs-smp

goo-job-nanny mdrun -v -nt 8 -s ${CASE}.tpr -o ${CASE}.trr -e ${CASE}.edr -c after_${CASE}.gro -g ${CASE}.log

</pre>

h3. MPI

<pre>

#!/bin/bash

#SBATCH -n 16 --time 30:00

module load gromacs

CASE=gromacs-mpi

goo-job-nanny srun -n16 mdrun_mpi -v -s ${CASE}.tpr -o ${CASE}.trr -e ${CASE}.edr -c after_${CASE}.gro -g ${CASE}.log

</pre>

h2. Submissao Simplificada

{{include(SubmissaoSimplificadaCabecalho)}}

Exemplo:

<pre>

APP=gromacs

CASE=full

HOSTS=4

</pre>

Essa submissão espera o arquivo de entrada "full.tpr". O arquivo .log será atualizado a cada 15 minutos.

Parâmetros:

* CASE - Nome do caso. Define o nome de arquivos de entrada, log e saida. *Padrão:* (nome do arquivo de parâmetros, sem a extensão)

* HOSTS - Número de hosts (processos) para a execução. *Padrão:* 1

* PPH - Número de cores por servidor. Ativa o modo multi-thread. *Padrão:* 1

* NPME - Parâmetro passado para o gromacs

* PRECISION - Precisão utilizada no programa. Pode ser "single" ou "double". *Padrão:* single

{{include(SubmissaoSimplificadaRodape)}}