Introdução¶

Instruções para acessar os servidores: InstrucoesDeAcesso

Informações sobre o sistema de submissão simplificado (GO): SubmissaoSimplificada

Utilização¶

• Crie um arquivo de parâmetros (ex: caso.go) como explicado abaixo
• (apenas para a opção -grid) Crie um certificado de proxy (myproxy-logon) com uma duração maior que a do seu job
• Execute "go caso.go"

Isso cria e envia o seu job para o grid. Caso não queira enviar imediatamente, utilize a opção "-nosubmit". O arquivo de submissão será criado com o nome de "caso.go.submit".

Caso você tenha especificado checkpoints ou arquivos de progresso, eles serão automaticamente copiados para esse diretório.

IMPORTANTE: NÃO USE ESPAÇOS NOS NOMES DOS ARQUIVOS

IM¶

Exemplo im-serial.go:

APP="im" 
CASE="im-serial" 
ARGS="-i $CASE.u -o $CASE.out -q1 10 -m1 10 -m2 10 -t 10 -b 100000 -L 1000000  -s123  -p45 -e 1" 
QUEUE="short" 

Exemplo im-serial.u:

Example data  for IM - end of lines configured for unix
# im test data 
population1 population2
3
locus1 1 1 13 I 1 0.0000000008 (0.0000000001, 0.0000000015)
pop1_1    ACTACTGTCATGA
pop2_1    AGTACTATCACGA
hapstrexample 2 1 4 J2 0.75
pop1_1    13 34 GTAC
pop1_2    12 35 GTAT
pop2_1    12 37 GTAT
strexample 2 2 1 S1 1  0.00001 (0.000001, 0.00005)
strpop11a 23
strpop11b 26
strpop21a 25
strpop21b 31

O sistema utilizará como arquivo de entrada nome_do_caso.u e saída nome_do_caso.out.

Opções¶

Opções comuns¶

• CASE - Nome do caso. Define o nome de arquivos de entrada, log e saida. Padrão: (nome do arquivo de parâmetros, sem a extensão)
• HOSTS - Número de hosts (processos) para a execução. Padrão: 1
• QUEUE - Fila do processo. Opções: short, medium, long Padrão: short (24 horas)
• LARGE_FILES - Suporte a arquivos de simulação maiores que 8GB. Padrão: false

Opções avançadas¶

• EXEC - executável
• TRANSFER_EXEC - se transfere o executável
• ARGS - argumentos
• INPUT - arquivos de entrada, separados por espaço
• OUTPUT - arquivos de saída, separados por espaço
• PROGRESS - arquivo que exibe o progresso da simulação
• WAIT_PROGRESS - tempo de atualização do progresso, em segundos. Padrão: 15 min.
• CHECKPOINT - arquivo de checkpoint
• WAIT_CHECKPOINT - tempo de atualização do checkpoint, em segundos. Padrão: 3 horas.
• HOSTS - Número de hosts (processos) para a execução. Padrão: 1
• PPH - Process per host. Opção para programas SMP. Padrão: 1. Máximo:8
• MPI - Se o executável deve ser chamado em ambiente MPI
• SHARED_FS - Utiliza um sistema de arquivos compartilhado (útil para aplicações MPI)
• CORE_MEM - Memória RAM por core, em GB. Padrão: 2. Máximo: 16

Dicas¶

• Não utilize espaço no nome dos arquivos

• Caso o parâmetro tenha espaço (ex: INPUT="arquivo_1 arquivo_2") utilize aspas duplas (")

• Ao especificar arquivos da saída, progresso ou checkpoint, é possível usar caracteres coringa do bash. Exemplo: OUTPUT="f*.dat x.out" copiará todos os aquivos que começam com f e tem a extensão .dat, mais o arquivo x.out. *Não é possível usar essa expansão para arquivos de entrada (INPUT).