h1. Documentação do usuário GridUNESP {{>toc}} h1. Introdução Bem-vindo à página principal da documentação de usuário do GridUnesp, que visa disponibilizar informações úteis para a comunidade de usuários do sistema. Correções e sugestões são sempre muito bem-vindas. Caso encontre falhas na documentação ou queira contribuir com sugestões para novos tópicos, pedimos que envie email ao time de suporte técnico: support(at)ncc.unesp.br. h1. Informações importantes h2. Política de uso [[PoliticaDeUso|Política de uso]] h2. Certificados digitais [[InformacaoCertificados|Informações sobre os certificados digitais]] h2. Citação De acordo com a política de uso, em todos os artigos submetidos a revistas científicas, proceedings de conferências, teses, dissertações, etc., que façam uso dos recursos computacionais deve conter um agradecimento ao NCC/GridUNESP. O modelo de agradecimento segue abaixo: "This research was supported by resources supplied by the Center for Scientific Computing (NCC/GridUNESP) of the São Paulo State University (UNESP)." ou "Esta pesquisa tornou-se possível graças aos recursos computacionais disponibilizados pelo Núcleo de Computação Científica (NCC/GridUNESP) da Universidade Estadual Paulista (UNESP)." Solicitamos também que nos informe quando ocorrer a publicação. Veja abaixo a lista de artigos científicos publicados sobre o GridUNESP. [[Artigos|Artigos e trabalhos publicados]] [[ProjetosCad|Projetos Cadastrados]] h1. Acesso e submissão h2. Informações básicas * [[InstrucoesDeAcesso|Instruções de acesso]] * [[TrocarSenha|Instruções de como trocar a senha]] * [[EnvModules|Carregando ferramentas de compilação, aplicações e bibliotecas]] * [[ReportingIssues|Identificando e informando problemas]] * [[Filas| *(novo) Nova organização das filas* ]] h2. Mecanismos de acesso aos recursos: Atualmente o GridUnesp oferece diversas formas de utilizar os seus recursos. Elas variam em funcionalidade e capacidade. Com isso é possível escolher a forma que melhor atende ao seu modo de trabalho. h3. Cluster local (HPC tradicional) Esse é o modelo tradicional de uso de recursos de alto desempenho (Cluster HPC). * Vantagens: ** simples ** melhor controle dos recursos alocados ** não requer mecanismos adicionais de segurança de grid (myproxy) * Desvantagens: ** envio fica limitado à apenas o cluster central, não explorando todo o potencial das grades * Recomendação: ** usuários iniciantes ** usuários com processos MPI e/ou SMP ** usuários com processos individuais que demorem mais de 12 horas ** usuários que precisem depurar ou otimizar programas Mais informações: [[SLURM| *Usando o cluster local (via SLURM)*]] h3. Grid tradicional (sem o go, diretamente com o condor_q) É possível usar diretamente a estrutura de grid. Porém essa opção requer conhecimentos avançados da tecnologia de grid (globus, SRM, GridFTP, certificados...) * Vantagens: ** permite explorar todo o potencial das grades ** uso de workflows complexos ** capacidade de tratar grandes fluxos de dados (ordem de TB) * Desvantagens: ** limitações impostas aos processos de grid: single core, execução de até 12 horas, muitas vezes oportunístico * Recomendação: ** usuários experientes com grids ** processos "bag of tasks" - muitos processos sem comunicação entre si Mais informações: [[Introducao|Introdução sobre a tecnologia de grid]], [[SubmissaoTradicional| *Sistema tradicional de grid*]] e [[OperacaoCertificados|Informações práticas sobre o uso dos certificados digitais]] h3. Sistema de submissão simplificado (GO) Para simplificar o uso da estrutura de grid, desenvolvemos o script go. Ele abstrai vários detalhes e permite a geração de arquivos de progresso e checkpoint, por exemplo. As aplicações instaladas são suportadas através de um template, simplificando muito o uso para usuários iniciantes. Porém elas podem ser limitantes em diversos aspectos. O sistema GO ainda é suportado, e pode ser usado para o envio ao cluster local ou para o grid. Futuramente daremos prioridade ao uso do Goo (portal e linha de comando), desenvolvido para suceder o GO. * Vantagens: ** suporte a diversas aplicações pelo uso de templates ** simples de usar ** abstrai o uso da tecnologia de grid * Desvantagens: ** limitado quando a definições precisas dos recursos (uso de memória, distribuição dos jobs MPI...) ** eventualmente será substituído pelo Goo (portal) * Recomendação: ** usuários habituados com esse método Mais informações: [[SubmissaoSimplificada| *Sistema de submissão simplificada (GO)*]] h3. Goo - Portal (+ linha de comando) Trazendo diversos novos recursos, foi desenvolvido um sucessor do GO, o Goo. Ele é um portal de envio e gerenciamento de processos, mas que também funciona com linha de comando e uma API ReST. Foi lançado em 2014, mas um número pequeno de aplicações suportadas pelo Go foram portadas para o Goo. Até que isso seja terminado, os dois sistemas estarão disponíveis. * Vantagens: ** simplicidade de uso: basta um navegador, funcionando inclusive em tablets e celulares ** abstrai o uso da tecnologia de grid * Desvantagens: ** poucas aplicações suportadas no momento * Recomendação: ** usuários de aplicações já suportadas Mais informações: "*Portal de submissão*":http://portal.grid.unesp.br h1. Aplicativos suportados |Nome |Versão|Local(*)|GO |Goo| |[[BEAST]] |1.6.1 |N |S |N | |[[Clustalw]] |1.82 |N |S |N | |[[Crystal]] |14.1 |S |S |N | |[[Dacapo]] |r474 |N |S |N | |[[Dalton]] |2013.4|N |S |N | |[[Dirac]] |12.3 |N |S |N | |[[Espresso]] |3.2.0 |N |S |N | |[[Gamess]] |2013 |N |S |N | |[[Gamit]] |10.5 |N |S |N | |[[Garli]] |2.0 |N |S |N | |[[Gaussian]] |09 |N |S |N | |[[GPAW]] |2012 07|N |S |N | |[[Gromacs]] |4.5.4 |N |S |N | |[[Gromacs]] |4.6.5 |N |S |S | |[[Gromacs]] |5.0.4 |S |N |N | |[[IM]] |12_17_2009|N |S |N | |[[IMa2]] |8.26.11|N |S |N | |[[LAMMPS]] |18_10_2011|N |S |N | |[[LAMMPS]] |10_02_2015|S |N |N | |[[Mathematica]] |9 |N |S |N | |[[MOPAC]] |13.294|N |S |N | |[[MrBayes]] |3.1.2 |N |S |N | |[[Mugsy]] |1.2.1 |N |S |N | |[[NAMD]] |2.9 |N |S |N | |[[NAMD]] |2.10 |S |N |N | |[[NWChem]] |6.5.r26243|S |N |N | |[[OpenFOAM]] |2.1 |N |S |N | |[[Orca]] |r1730 |N |S |N | |[[Python]]* |2.7 |N |S |S | |[[POY]] |4.1.2 |N |S |N | |[[QuantumEspresso]] |4.3|N |S |N | |[[R]] |3.1 |N |S |N | |[[RAxML]] |7.3.0 |N |S |N | |[[Siesta]] |3.2.4 |N |S |N | (*) Todas as aplicações suportam execução pelo método local. As marcadas com (S) foram testadas e possuem os _enviroment modules_ corretos h1. Suporte h2. Sobre o estado do sistema É possível verificar alguns aspectos do sistema através do "RSV": http://ce.grid.unesp.br/rsv/ Notícias relacionadas a instabilidades e manutenções serão registradas em "Notícias":https://ncc.unesp.br/its/projects/gridunesp/news (alto dessa página) h2. Email Envie suas dúvidas para a equipe de suporte através do email support(at)ncc.unesp.br. h2. Reportando problemas Para reportar dúvidas ou problemas utilize o sistema de tickets. Para criar um novo Ticket, clique em "Entrar" no canto direito superior e use seu usuário e senha. h2. Dúvidas freqüentes [[FaqSuporte|FAQ (Frequently Asked Questions)]] h1. Estatísticas * [[Utilizacao2010|Utilização 2010]] * [[Utilizacao2011|Utilização 2011]] * [[Utilizacao2013|Utilização 2013]] h1. Eventos * São Paulo OSG School: https://indico.fnal.gov/conferenceDisplay.py?confId=3586 * [[Encontro2011]] * [[WorkshopHPCSysAdmins]]