Documentação do usuário GridUNESP

Introdução

Bem-vindo à página principal da documentação de usuário do GridUnesp, que visa disponibilizar informações úteis para a comunidade de usuários do sistema.

Correções e sugestões são sempre muito bem-vindas. Caso encontre falhas na documentação ou queira contribuir com sugestões para novos tópicos, pedimos que envie email ao time de suporte técnico: support(at)ncc.unesp.br.

Informações importantes

Política de uso

Política de uso

Certificados digitais

Informações sobre os certificados digitais

Citação

De acordo com a política de uso, em todos os artigos submetidos a revistas científicas, proceedings de conferências, teses, dissertações, etc., que façam uso dos recursos computacionais deve conter um agradecimento ao NCC/GridUNESP. O modelo de agradecimento segue abaixo:

"This research was supported by resources supplied by the Center for Scientific Computing (NCC/GridUNESP) of the São Paulo State University (UNESP)."

ou

"Esta pesquisa tornou-se possível graças aos recursos computacionais disponibilizados pelo Núcleo de Computação Científica (NCC/GridUNESP) da Universidade Estadual Paulista (UNESP)."

Solicitamos também que nos informe quando ocorrer a publicação.

Veja abaixo a lista de artigos científicos publicados sobre o GridUNESP.

Artigos e trabalhos publicados

Projetos Cadastrados

Acesso e submissão

Informações básicas

Mecanismos de acesso aos recursos:

Atualmente o GridUnesp oferece diversas formas de utilizar os seus recursos. Elas variam em funcionalidade e capacidade. Com isso é possível escolher a forma que melhor atende ao seu modo de trabalho.

Cluster local (HPC tradicional)

Esse é o modelo tradicional de uso de recursos de alto desempenho (Cluster HPC).

  • Vantagens:
    • simples
    • melhor controle dos recursos alocados
    • não requer mecanismos adicionais de segurança de grid (myproxy)
  • Desvantagens:
    • envio fica limitado à apenas o cluster central, não explorando todo o potencial das grades
  • Recomendação:
    • usuários iniciantes
    • usuários com processos MPI e/ou SMP
    • usuários com processos individuais que demorem mais de 12 horas
    • usuários que precisem depurar ou otimizar programas

Mais informações: Usando o cluster local (via SLURM)

Grid tradicional (sem o go, diretamente com o condor_q)

É possível usar diretamente a estrutura de grid. Porém essa opção requer conhecimentos avançados da tecnologia de grid (globus, SRM, GridFTP, certificados...)

  • Vantagens:
    • permite explorar todo o potencial das grades
    • uso de workflows complexos
    • capacidade de tratar grandes fluxos de dados (ordem de TB)
  • Desvantagens:
    • limitações impostas aos processos de grid: single core, execução de até 12 horas, muitas vezes oportunístico
  • Recomendação:
    • usuários experientes com grids
    • processos "bag of tasks" - muitos processos sem comunicação entre si

Mais informações: Introdução sobre a tecnologia de grid, Sistema tradicional de grid e Informações práticas sobre o uso dos certificados digitais

Sistema de submissão simplificado (GO)

Para simplificar o uso da estrutura de grid, desenvolvemos o script go. Ele abstrai vários detalhes e permite a geração de arquivos de progresso e checkpoint, por exemplo.
As aplicações instaladas são suportadas através de um template, simplificando muito o uso para usuários iniciantes. Porém elas podem ser limitantes em diversos aspectos.

O sistema GO ainda é suportado, e pode ser usado para o envio ao cluster local ou para o grid. Futuramente daremos prioridade ao uso do Goo (portal e linha de comando), desenvolvido para suceder o GO.

  • Vantagens:
    • suporte a diversas aplicações pelo uso de templates
    • simples de usar
    • abstrai o uso da tecnologia de grid
  • Desvantagens:
    • limitado quando a definições precisas dos recursos (uso de memória, distribuição dos jobs MPI...)
    • eventualmente será substituído pelo Goo (portal)
  • Recomendação:
    • usuários habituados com esse método

Mais informações: Sistema de submissão simplificada (GO)

Goo - Portal (+ linha de comando)

Trazendo diversos novos recursos, foi desenvolvido um sucessor do GO, o Goo. Ele é um portal de envio e gerenciamento de processos, mas que também funciona com linha de comando e uma API ReST.

Foi lançado em 2014, mas um número pequeno de aplicações suportadas pelo Go foram portadas para o Goo. Até que isso seja terminado, os dois sistemas estarão disponíveis.

  • Vantagens:
    • simplicidade de uso: basta um navegador, funcionando inclusive em tablets e celulares
    • abstrai o uso da tecnologia de grid
  • Desvantagens:
    • poucas aplicações suportadas no momento
  • Recomendação:
    • usuários de aplicações já suportadas

Mais informações: Portal de submissão

Aplicativos suportados

Nome Versão Local(*) GO Goo
BEAST 1.6.1 S S N
BEAST 1.8.2 S N N
BEAST 2.3.0 S N N
BEAST 2.4.0 S N N
Charmm c37b2 S N N
Clustalw 1.82 N S N
Crystal 14.1 S S N
Dacapo r474 N S N
Dalton 2013.4 N S N
Dalton 2016.0 S N N
Dirac 12.3 N S N
Espresso 3.2.0 N S N
Estructure 2.3.4 S N N
Foam-Extend 3.1 S N N
Estructurama 2.0 S N N
Gamess 2013 N S N
Gamit 10.5 S S N
Garli 2.0 N S N
Gaussian 09 S S N
GPAW 2012 07 N S N
Gromacs 4.5.4 N S N
Gromacs 4.6.5 N S S
Gromacs 5.0.4 S N N
Hmmer 3.1b2 S N N
IM 12_17_2009 N S N
IMa2 8.26.11 N S N
LAMMPS 18_10_2011 N S N
LAMMPS 10_02_2015 S N N
Mathematica 9 S S N
MOPAC 13.294 N S N
MrBayes 3.1.2 N S N
MrBayes 3.2.5 S N N
Mugsy 1.2.1 N S N
NAMD 2.9 N S N
NAMD 2.10 S N N
NWChem 6.5.r26243 S N N
OpenFOAM 2.4.0 N S N
Orca r1730 N S N
Phyluce 1.5.0 S N N
Python* 2.7 N S S
POY 4.1.2 N S N
QuantumEspresso 4.3 S S N
QuantumEspresso 5.2 S S N
R 3.1 S S N
RAxML 7.3.0 N S N
RAxML 8.2.2 S N N
Siesta 3.2.4 S S N
TESS3 1.0 S N N
Tesseract 3.05 S N N

(*) Todas as aplicações suportam execução pelo método local. As marcadas com (S) foram testadas e possuem os enviroment modules corretos
h1. Suporte

Sobre o estado do sistema

É possível verificar alguns aspectos do sistema através do "RSV": http://ce.grid.unesp.br/rsv/

Notícias relacionadas a instabilidades e manutenções serão registradas em Notícias (alto dessa página)

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