Suporte (GridUNESP)

h1. Documentação do usuário GridUNESP

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h1. Introdução

Bem-vindo à página principal da documentação de usuário do GridUnesp, que visa disponibilizar informações úteis para a comunidade de usuários do sistema.

Correções e sugestões são sempre muito bem-vindas. Caso encontre falhas na documentação ou queira contribuir com sugestões para novos tópicos, pedimos que envie email ao time de suporte técnico: support(at)ncc.unesp.br.

h1. Informações importantes

h2. Política de uso

[[PoliticaDeUso|Política de uso]]

h2. Certificados digitais

[[InformacaoCertificados|Informações sobre os certificados digitais]]

h2. Citação

De acordo com a política de uso, em todos os artigos submetidos a revistas científicas, proceedings de conferências, teses, dissertações, etc., que façam uso dos recursos computacionais deve conter um agradecimento ao NCC/GridUNESP. O modelo de agradecimento segue abaixo:

"This research was supported by resources supplied by the Center for Scientific Computing (NCC/GridUNESP) of the São Paulo State University (UNESP)." 

ou 

"Esta pesquisa tornou-se possível graças aos recursos computacionais disponibilizados pelo Núcleo de Computação Científica (NCC/GridUNESP) da Universidade Estadual Paulista (UNESP)." 

Solicitamos também que nos informe quando ocorrer a publicação.

Veja abaixo a lista de artigos científicos publicados sobre o GridUNESP.

[[Artigos|Artigos e trabalhos publicados]]

[[ProjetosCad|Projetos Cadastrados]]

h1.  Acesso e submissão

h2. Informações básicas

* [[InstrucoesDeAcesso|Instruções de acesso]]

* [[TrocarSenha|Instruções de como trocar a senha]]

* [[EnvModules|Carregando ferramentas de compilação, aplicações e bibliotecas]]

* [[ReportingIssues|Identificando e informando problemas]]

* [[Filas| *(novo) Nova organização das filas* ]]

h2. Mecanismos de acesso aos recursos:

Atualmente o GridUnesp oferece diversas formas de utilizar os seus recursos. Elas variam em funcionalidade e capacidade. Com isso é possível escolher a forma que melhor atende ao seu modo de trabalho.

h3. Cluster local (HPC tradicional)

Esse é o modelo tradicional de uso de recursos de alto desempenho (Cluster HPC).

* Vantagens:

** simples

** melhor controle dos recursos alocados

** não requer mecanismos adicionais de segurança de grid (myproxy)

* Desvantagens: 

** envio fica limitado à apenas o cluster central, não explorando todo o potencial das grades

* Recomendação:

** usuários iniciantes

** usuários com processos MPI e/ou SMP

** usuários com processos individuais que demorem mais de 12 horas

** usuários que precisem depurar ou otimizar programas 

Mais informações: [[SLURM| *Usando o cluster local (via SLURM)*]]

h3. Grid tradicional (sem o go, diretamente com o condor_q)

É possível usar diretamente a estrutura de grid. Porém essa opção requer conhecimentos avançados da tecnologia de grid (globus, SRM, GridFTP, certificados...)

* Vantagens:

** permite explorar todo o potencial das grades

** uso de workflows complexos

** capacidade de tratar grandes fluxos de dados (ordem de TB)

* Desvantagens: 

** limitações impostas aos processos de grid: single core, execução de até 12 horas, muitas vezes oportunístico

* Recomendação:

** usuários experientes com grids

** processos "bag of tasks" - muitos processos sem comunicação entre si

Mais informações: [[Introducao|Introdução sobre a tecnologia de grid]], [[SubmissaoTradicional| *Sistema tradicional de grid*]] e [[OperacaoCertificados|Informações práticas sobre o uso dos certificados digitais]]

h3. Sistema de submissão simplificado (GO)

Para simplificar o uso da estrutura de grid, desenvolvemos o script go. Ele abstrai vários detalhes e permite a geração de arquivos de progresso e checkpoint, por exemplo.

As aplicações instaladas são suportadas através de um template, simplificando muito o uso para usuários iniciantes. Porém elas podem ser limitantes em diversos aspectos.

O sistema GO ainda é suportado, e pode ser usado para o envio ao cluster local ou para o grid. Futuramente daremos prioridade ao uso do Goo (portal e linha de comando), desenvolvido para suceder o GO.

* Vantagens:

** suporte a diversas aplicações pelo uso de templates

** simples de usar

** abstrai o uso da tecnologia de grid

* Desvantagens: 

** limitado quando a definições precisas dos recursos (uso de memória, distribuição dos jobs MPI...)

** eventualmente será substituído pelo Goo (portal)

* Recomendação:

** usuários habituados com esse método

Mais informações: [[SubmissaoSimplificada| *Sistema de submissão simplificada (GO)*]]

h3. Goo - Portal (+ linha de comando)

Trazendo diversos novos recursos, foi desenvolvido um sucessor do GO, o Goo. Ele é um portal de envio e gerenciamento de processos, mas que também funciona com linha de comando e uma API ReST.

Foi lançado em 2014, mas um número pequeno de aplicações suportadas pelo Go foram portadas para o Goo. Até que isso seja terminado, os dois sistemas estarão disponíveis.

* Vantagens:

** simplicidade de uso: basta um navegador, funcionando inclusive em tablets e celulares

** abstrai o uso da tecnologia de grid

* Desvantagens: 

** poucas aplicações suportadas no momento

* Recomendação:

** usuários de aplicações já suportadas

Mais informações: "*Portal de submissão*":http://portal.grid.unesp.br

h1. Aplicativos suportados

|Nome             |Versão|Local(*)|GO |Goo|

|[[BEAST]]        |1.6.1 |N       |S  |N  |

|[[BEAST]]        |1.8.2 |S       |N  |N  |

|[[BEAST]]        |2.3.0 |S       |N  |N  |

|[[BEAST]]        |2.4.0 |S       |N  |N  |

|[[Charmm]]       |c37b2 |S       |N  |N  |

|[[Clustalw]]     |1.82  |N       |S  |N  |

|[[Crystal]]      |14.1  |S       |S  |N  |

|[[Dacapo]]       |r474  |N       |S  |N  |

|[[Dalton]]       |2013.4|N       |S  |N  |

|[[Dalton]]       |2016.0|S       |N  |N  |

|[[Dirac]]        |12.3  |N       |S  |N  |

|[[Espresso]]     |3.2.0 |N       |S  |N  |

|[[Estructure]]   |2.3.4 |S       |N  |N  |

|[[Estructurama]] |2.0   |S       |N  |N  |

|[[Gamess]]       |2013  |N       |S  |N  |

|[[Gamit]]        |10.5  |S       |S  |N  |

|[[Garli]]        |2.0   |N       |S  |N  |

|[[Gaussian]]     |09    |N       |S  |N  |

|[[GPAW]]         |2012 07|N      |S  |N  |

|[[Gromacs]]      |4.5.4 |N       |S  |N  |

|[[Gromacs]]      |4.6.5 |N       |S  |S  |

|[[Gromacs]]      |5.0.4 |S       |N  |N  |

|[[Hmmer]]        |3.1b2 |S       |N  |N  |

|[[IM]]           |12_17_2009|N   |S  |N  |

|[[IMa2]]         |8.26.11|N      |S  |N  |

|[[LAMMPS]]       |18_10_2011|N   |S  |N  |

|[[LAMMPS]]       |10_02_2015|S   |N  |N  |

|[[Mathematica]]  |9     |N       |S  |N  |

|[[MOPAC]]        |13.294|N       |S  |N  |

|[[MrBayes]]      |3.1.2 |N       |S  |N  |

|[[MrBayes]]      |3.2.5 |S       |N  |N  |

|[[Mugsy]]        |1.2.1 |N       |S  |N  |

|[[NAMD]]         |2.9   |N       |S  |N  |

|[[NAMD]]         |2.10  |S       |N  |N  |

|[[NWChem]]       |6.5.r26243|S   |N  |N  |

|[[OpenFOAM]]     |2.4.0 |N       |S  |N  |

|[[Orca]]         |r1730 |N       |S  |N  |

|[[Python]]*      |2.7   |N       |S  |S  |

|[[POY]]          |4.1.2 |N       |S  |N  |

|[[QuantumEspresso]] |4.3|S       |S  |N  |

|[[QuantumEspresso]] |5.2|S       |S  |N  |

|[[R]]            |3.1   |N       |S  |N  |

|[[RAxML]]        |7.3.0 |N       |S  |N  |

|[[RAxML]]        |8.2.2 |S       |N  |N  |

|[[Siesta]]       |3.2.4 |N       |S  |N  |

|[[TESS3]]        |1.0   |S       |N  |N  |

|[[Tesseract]]    |3.05  |S       |N  |N  |

(*) Todas as aplicações suportam execução pelo método local. As marcadas com (S) foram testadas e possuem os _enviroment modules_ corretos

h1. Suporte

h2. Sobre o estado do sistema

É possível verificar alguns aspectos do sistema através do "RSV": http://ce.grid.unesp.br/rsv/

Notícias relacionadas a instabilidades e manutenções serão registradas em "Notícias":https://ncc.unesp.br/its/projects/gridunesp/news (alto dessa página)

h2. Email

Envie suas dúvidas para a equipe de suporte através do email support(at)ncc.unesp.br.

h2.  Reportando problemas

Para reportar dúvidas ou problemas utilize o sistema de tickets. 

Para criar um novo Ticket, clique em "Entrar" no canto direito superior e use seu usuário e senha.

h2.  Dúvidas freqüentes

[[FaqSuporte|FAQ (Frequently Asked Questions)]]

h1. Estatísticas

* [[Utilizacao2010|Utilização 2010]]

* [[Utilizacao2011|Utilização 2011]]

* [[Utilizacao2013|Utilização 2013]]

h1. Eventos

* São Paulo OSG School: https://indico.fnal.gov/conferenceDisplay.py?confId=3586

* [[Encontro2011]]

* [[WorkshopHPCSysAdmins]]