Suporte (GridUNESP)

h1. Projetos Cadastrados

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h2. Biologia

h3. Análise da Interação de Peptídeos Antimicrobianos da Família dos Mastoparanos com Sistemas Mimeticos de Membranas Biológicas: Estudos Usando Simulação Computacional por Dinâmica Molecular 

*Descrição do Projeto*

No sistema imunológico de todas as espécies, desde plantas até mamíferos, encontram-se peptídeos antimicrobianos, AMP, produzidos por muitos tecidos em diferentes tipos de células e apresentando grande variedade de atividade e estrutura.

Uma família de AMP extraídos de vespas, denominados de mastoparanos, apresentam uma variedade de características que determinam a ocorrência e a intensidade de atividades biológicas, tais como, atividade antimicrobiana, atividade quimiotática, de degranulação de mastócitos, atividade hemolítica, neurotoxicidade, etc.. Para isso competem, de forma ainda não completamente compreendidas, diversos fatores estruturais, tais como, a sequência de aminoácidos, a cationicidade, a hidrofobicidade, a amidação do C-terminal, a presença de triptofanos e cisteínas e a conformação – estrutura secundária.

Dados experimentais indicam que a atividade antimicrobiana destes peptídeos é potencializada pela conformação de alfa hélice anfipática observada no ambiente membranar. Em solução aquosa, em geral, eles não apresentam estruturação significativa. O conjunto de informações experimentais, usando sistemas modelos, conduziu à proposição de três mecanismos de ação destes peptídeos nas membranas biológicas: pela formação de poros transmembrânicos; pela formação de poros toroidais ou pelo mecanismo tipo carpete. Mas as evidencias experimentais, juntamente com a variabilidade do ambiente e características estruturais dos peptídeos, não permitem uma conclusão definitiva para o modelo de interação ou para a especificidade e eficácia da interação.

Ensaios “in silicon” permitem investigar os sistemas no nível de representação atômico e podem proporcionar informações que permitam aprofundar a compreensão dos mecanismos de interação. O objetivo das investigações de nosso grupo é estudar as interações de peptídeos antimicrobianos da família dos mastoparanos com sistemas que mimetizem o ambiente hidrofóbico/hidrofílico encontrado nas membranas biológicas. Em particular, têm sido estudados os aspectos estruturais dos peptídeos em misturas TFE-água, em soluções aquosas contendo micelas de SDS e DPC e em soluções contendo bicamadas POPG, que mimetizam membranas bacterianas e PCPG, para membranas de organismos eucariontes. A importância de se entender esses mecanismos está dirigida atualmente ao desenho de novos peptídeos que apresentem atividade farmacológica otimizada. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "José Roberto Ruggiero (Coordenador)":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4780315P3 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas |

| "Fernando César Lopes Filho":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4759809D4 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas |

| "Gisele Baldissera":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4268283Z9 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas |

| "Tamara Rodrigues Valder":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4248270T6 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas |

| "Carolina Penhavel de Souza":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4460795T6 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas |

| "Sabrina Thais Broggio Costa":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4779632U4 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas |

h3. Decomposição por Matching Pursuit do Sinal de EEG em Apnéia do Sono

*Descrição do Projeto*

Este projeto visa dar continuidade ao projeto HCPA-06/654, no qual foi coletada uma série de polissonogramas de pacientes com suspeita de SAHOS, os quais estão sendo analisados. Quando este projeto foi inicialmente elaborado, não havia a viabilidade computacional de se fazer alguns tipos de análises sobre o sinal; entretanto, com a recente implementação de um GRID computacional pela UNESP de alto poder computacional, e a colaboração de um dos pesquisadores com um grupo atualmente trabalhando em Botucatu, vislumbramos a possibilidade de acesso a mais estas variáveis. 

O grupo possui experiência na utilização das ferramentas e pretende-se aplicá-las a um conjunto muito maior de dados. O projeto e notoriamente interdisciplinar e algumas seções podem ser suprimidas sem perda de generalidade, dependendo do enfoque do leitor. A novidade está em utilizar Matching Pursuit com dicionários com modulação de frequencia em um banco de dados de 57 polissonogramas de pacientes com SAHOS de forma a estudar tanto a ferramenta como a informção eletrosiologica obtida dela, o que só é possível com o GRID. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Ney Lemke (Coordenador)":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4784399U9| Instituto de Biociências de Botucatu |

| "Gunther Johannes Lewczuk Gerhardt":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4796935Z3| Universidade de Caxias do Sul |

| "Suzana Veiga Schonwald":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728019D1 | Hospital de Clínicas de Porto Alegre |

| "Marcia Lorena Fagundes Chaves":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4780053A4	| Hospital de Clínicas de Porto Alegre |

| "Emerson Luis de Santa Helena":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4721801Z6 | Universidade Federal de Sergipe |

| "Sérgio Saldanha Menna Barreto":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783554D7 | Hospital de Clínicas de Porto Alegre |

| "Simone Chaves Fagondes":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4721656D8 | Hospital de Clínicas de Porto Alegre |

h3. Estudos computacionais em proteínas

*Descrição do Projeto*

Este projeto trata do estudo de modelos computacionais em física biológica molecular, particularmente no estudo de proteínas e do seu enovelamento. As proteínas compõem o maquinário que controla a maioria das funções dos organismos vivos. A compreensão do problema de enovelamento de proteína pode levar a aplicações muito promissoras. O fato que suas atividades dependem das suas estruturas tridimensionais e dinâmicas e não simplesmente da suas seqüências de amino-ácidos apresenta novos desafios conceituais. A teoria de superfícies de potencial tem tido sucesso na explicação qualitativa e quantitativa de muitos experimentos de enovelamento. Investigações tanto teóricas como experimentais tem explorado a termodinâmica das proteínas e a cinética do enovelamento em diferentes regimes de temperatura e condições de ambiente. Por meio de modelos computacionais e variando as condições de ambiente, a estrutura subjacente da superfície de potencial das proteínas pode ser investigada em diferentes níveis, de aspectos locais à perspectivas globais.

De forma mais específica, neste projeto focamos o estudo de detalhes mecanísticos do estado nativo e do enovelamento de proteínas. Modelos simplificados de enovelamento de proteínas são em geral construídos com potenciais baseados na estrutura nativa e estão fundamentados no princípio de frustração mínima. Exploramos diferentes níveis de simplificação destes modelos. Um dos problemas recorrentes que abordamos são os parâmetros característicos de tais modelos, tais que estes permitam um aumento consistente e progressivo no nível de complexidade dos sistemas estudados. Esta investigação será conduzida utilizando modelos Ca, Ca+Cß e com todos os átomos explícitos. Os vários colaboradores incluídos neste projeto abordarão uma grande variedade de assuntos nesta área. Alguns dos problemas abordados são:

(a) Estudos do efeito de frustração nas interações no estado nativo e sua implicação na cinética e termodinâmica do sistema.

(b) Caracterização de frustração e identificação de sítios ativos em proteínas.

(c) Efeito de topologia e hidrofobicidade em evolução de proteínas.

(d) Estudos e otimização do Hamiltoniano de sistemas para modelos baseados em estrutura. 

(e) Estudo do coeficiente de difusão no enovelamento de proteínas

(f) Estudos de modos normais em enzimas associados à interação com inibidores.

(g) Interação de polímeros carregados (polianfóteros) com macromoléculas de diferentes sequencias primárias. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Vitor Barbanti Pereira Leite (Coordenador)":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4787521T4 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas|

| "Jorge Chahine":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4797759J6 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas|

| "Leandro Cristante de Oliveira":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4127942A9 | UC San Diego - Universidade de Brasília|

| "Antonio Francisco Pereira de Araujo":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4723694Y8 | Universidade de Brasília|

| "Sydney Jurado de Carvalho":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4700423Z6 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas|

| "José Nelson Onuchic":http://guara.ucsd.edu/files/jose_cv_2006.pdf | UC San Diego|

| "Paul Whitford":http://smog.ucsd.edu/cv_pcw.pdf | Los Alamos National Laboratory|

| "Jin Wang":http://www.chem.stonybrook.edu:82/Jin-Wang.html | Stony Brook University|

| "Michel Eduardo Beleza Yamagishi":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4790164Y5 | Embrapa |

h3. Estudo sobre a Reconfiguração e Múltiplos Caminhos Neurais no Sistema Neuromotor Aplicado a Gafanhotos 

*Descrição do Projeto*

Nos últimos anos, muitos pesquisadores estão se interessando por modelos neuromotores para o desenvolvimento de novas abordagens para a construção de robôs ou interfaces homem-máquina.

Insetos estão entre os principais modelos adotados para estudo pois possuem o sistema neural dividido em gânglios e cada um desempenha uma função específica. O estudo do gânglio motor permite entender o funcionamento dos principais movimentos e seus padrões de funcionamento.

Propõe-se o uso de métodos baseados na teoria da informação para modelar a causalidade entre os subsistemas que compõem o gânglio ventral motor de gafanhotos adultos. Todos os sinais utilizados fazem parte da colaboração entre o laboratório de Processamento de Sinais do Departamento Engenharia Elétrica, EESC - USP, o Laboratorio de Linux e Processamento Paralelo da Unesp de Ilha Solteira, o Signal Processing and Control Group do Institute of Sound and Vibration Research (ISVR) e do Grupo de Neurociência da Escola de Biologia, ambos da Universidade de Southampton, Inglaterra.

O trabalho em conjunto com o GridUnesp permitirá o desenvolvimento de pessoal nas áreas de computação de alto-desempenho para aplicações em modelagem computacional biomédica.

O presente projeto compreende o desenvolvimento de modelos dinâmicos usando ferramentas da teoria da informação para a análise dos sinais biológicos coletados em experimentos utilizados no estudo do sistema neuromotor de gafanhotos.

O objetivo proposto procurará introduzir novos conhecimentos da neurofisiologia de gafanhotos no desenvolvimento de sistemas robóticos e próteses biomédicas.

Dentre as metas a serem alcançadas, destacam-se:

1. Desenvolvimento de algoritmos paramétricos para a estimativa da função densidade de probabilidade para as estimativas de informação mútua condicional em até 3 dimensões;

2. Paralelização e otimização dos algoritmos para: a estimativa da informação mútua e mútua condicional.

Além de métodos mais eficientes para geração dos dados surrogate data;

3. Validação das estruturas causais usando a técnica de embaralhamento de fase;

4. Formação de pelo menos 1 aluno de mestrado e 1 de doutorado com especialização na área de pesquisa proposta.

De forma complementar, será adotada a linguagem de programação python, usando-se recursos de programação paralela em ambiente computacional linux. Após o término do projeto, as rotinas serão disponibilizadas para a comunidade científica em nosso site.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

|Ailton Akira Shinoda| Unesp-FEIS|

|Carlos Dias Maciel| USP |

|Jen John Lee| USP |

|Luciana Nicácio| USP |

|Christiane Marie Schweitzer| UNESP |

h3. Filogenia Molecular, Genomica E Metagenomica em algumas Formigas Attini

*Descrição do Projeto*

Espécies representativas de formigas da tribo Attini serão caracterizadas quanto à expressão gênica, filogenia, evolução, diversidade e coevolução com microrganismos, com base em seqüências de genes e pseudogenes. Os resultados permitirão alocar estas formigas neotropicais como invertebrados modelos em estudos evolutivos. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Maurício Bacci Júnior (Coordenador)":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4785828J1 | Instituto de Biociências |

| "Ivan Rizzo Guilherme":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4785468P3 | Instituto de Geociências e Ciências Exatas |

h3. Especiação de anfíbios anuros em ambientes de altitude

*Descrição do Projeto*

Pretendemos realizar levantamentos de anuros em ambientes com altitude, principalmente do Sudeste do Brasil, para melhor compreender riqueza de espécies e mecanismos de especiação. Endemismos são comuns em ambientes de altitude devido às barreiras geradas pela topografia, que isolam populações ao longo do tempo. As serras do Mar e da Mantiqueira, por exemplo, apresentam elevado grau de endemismo de anuros (cerca de 90%), supostamente devido à interrupção de fluxo gênico, ocasionada pelo relevo acidentado. A diversificação de populações através do tempo gera linhagens diferentes, com divergência proporcional ao seu tempo de separação. A análise da variação em diferentes níveis e os padrões de variação observados são fundamentais para compreender os processos subjacentes à diversificação e definir limites entre espécies e populações. O conhecimento de processos que determinam padrões de diversidade biológica se dá em estudos de diversidade genética de populações naturais que revelam a biogeografia histórica de espécies próximas (filogeografia) e para melhor compreensão desta diversificação, deve-se incorporar informação de sistemática filogenética, atualmente impulsionada por avanços em: 

(1) genômica, gerando muitas seqüências de DNA a preço viável; 

(2) bioinformática, onde hardwares poderosos e algoritmos rápidos possibilitam analisar conjuntos de dados maiores e mais complexos, e 

(3) avanços na teoria filogenética, que permitem inferências defensáveis frente a novos problemas. Pouco se conhece sobre os processos evolutivos que determinaram a diversificação biológica nos Neotrópicos. 

A Mata Atlântica é um “hotspot” mundial de biodiversidade mas os processos evolutivos que originaram este ecossistema são quase desconhecidos. Esta região montanhosa compõe uma área geográfica minúscula se comparada às florestas de terra baixa, como a Amazônia, mas possui número maior de espécies. Porém, pesquisas sobre padrões geográficos de diversificação biológica nos neotrópicos têm como principal foco zonas de terras baixas. Pretendemos descrever novas espécies, ampliar distribuições geográficas e realizar estudos de filogeografia, genética populacional e filogenia, usando principalmente seqüências de DNA. 

O projeto ampliará a coleção de anuros para estes ambientes e enriquecerá acervos de gravações, diapositivos e tecidos. Com os resultados obtidos esperamos contribuir para a conservação das espécies estudadas. 

Os anfíbios enfrentam problemas provocados por uso intensivo e não sustentado de recursos naturais. Várias espécies desapareceram nas últimas décadas e outras sofrem declínios populacionais decorrentes de degradação ambiental ou outros fatores. Em alguns casos, as razões dos declínios e extinções são desconhecidas pois ocorrem em ambientes aparentemente inalterados. Neste cenário, torna-se necessário compreender melhor a diversidade e a riqueza de espécies, bem como os processos de especiação relacionados à gênese desta riqueza. Sua compreensão permitirá ações de conservação com embasamento científico sólido e, em futuro próximo, permitirá monitorar as condições de sobrevivência das populações, por exemplo, nos estudos sobre aquecimento global. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Célio Fernando Baptista Haddad (Coordenador)":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783847T2 | UNESP, Rio Claro|

| "Sanae Kasahara":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4788850D7 | UNESP, Rio Claro|

| "Sérgio Furtado dos Reis":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4787294J0 | Unicamp, Campinas|

| "Kelly Raquel Zamudio":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4138099J8 | Cornell University, New York|

| "Jose Perez Pombal Junior":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4799731Y0 | Museu Nacional/UFRJ, Rio de Janeiro|

| "Carlos Alberto Gonçalves Silva Jared":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4788801P7 | Instituto Butantan, São Paulo|

| "Marta Maria Antoniazzi":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4792798Z4 | Instituto Butantan, São Paulo|

| "Taran Grant":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4249869E9 | PUCRS, Porto Alegre|

| "Julián Faivovich":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4525852E2 | UNESP, Rio Claro|

| "João Miguel de Barros Alexandrino":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4188550T3 | Unifesp, Diadema|

| "Cynthia Peralta de Almeida Prado":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4798064Y4 | UNESP, Jaboticabal|

| "Cinthia Aguirre Brasileiro":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4790365Z6 | Unifesp, Diadema|

| "Itamar Alves Martins":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4761670J8 | Unitau, Taubaté|

h3. Estudo da Interação de Anestésicos Locais com Biomembranas

*Descrição do Projeto*

Os anestésicos locais (AL) têm ampla aplicação na clinica médica e odontológica. Por serem moléculas anfifílicas, os anestésicos locais têm grande afinidade pela membrana celular. De fato, foi encontrada uma forte correlação entre a potencia dos anestésicos e a sua capacidade de penetrar na camada lipídica. Assim, o estudo da interação de AL com biomembranas tem por finalidade entender o mecanismo de ação dos anestésicos, para melhorar a eficácia dos mesmos e minimizar seus efeitos colaterais através do desenho racional de novos fármacos com atividade anestésica ou através da veiculação (drug-delivery) de AL de uso consagrado utilizando, por exemplo, lipossomas. 

Neste projeto propomos utilizar a técnica de simulação de Dinâmica Molecular (DM) para investigar, com detalhe microscópico, a interação de anestésicos locais com membranas biológicas. A metodologia DM é baseada nos princípios básicos da mecânica clássica e da física estatística e pode proporcionar uma janela no comportamento dinâmico microscópico dos átomos que constituem um sistema dado. Abordaremos o problema da interação de diferentes ALs com biomembranas através de simulações de dinâmica molecular atomísticas com o objetivo de entender como diferentes ALs interagem com alvos específicos nas membranas e como modificam suas propriedades físicas. 

Pretendemos assim, correlacionar a estrutura da droga com os efeitos nas membranas visando contribuir a discussão do mecanismo de ação dos ALs. O estudo será focalizado nas propriedades estruturais e dinâmicas de bicamadas (na escala de tempo dos nanosegundos), nas fases biologicamente relevantes. O tamanho dos sistemas biológicos que pretendemos estudar - ~80.000 átomos - assim como as escalas de tempo - da ordem de nanosegundos - requerem um alto poder computacional, o que justifica a utilização de processamento em cluster, com diferentes processadores rodando em paralelo, que é objeto da presente solicitação de auxílio. A estratégia será a utilização de processamento em paralelo para a realização das pesadas simulações que se antecipam. Será utilizado o mais avançado conjunto de programas de MD de computação paralela disponível na comunidade científica, NAMD (http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd), desenvolvido pelo grupo de Klaus Schulten. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Leonardo Fernandes Fraceto (Coordenador)":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4794694D6 | UNESP/Campus Sorocaba |

| "Mónica Andrea Pickholz":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4792949A1 | FFyB-UBA |

| "Eneida de Paula":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4799429J6 | Unicamp |

| "Renato Grillo":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4282865U0 | UNESP/Sorocaba |

| "Nathalie Ferreira Silva de Melo":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4133204E1 | UNESP/Sorocaba |

h3. Aplicações de Química Quântica Computacional no Estudo de Produtos Naturais

*Descrição do Projeto*

Flavonóides são compostos fenólicos que estão presentes em plantas e em uma grande variedade de frutas e vegetais. Atribuem-se a essas moléculas um vasto conjunto de ações, dentre as quais podemos citar propriedades antioxidantes e antiinflamatórias. Logo, tais compostos têm recebido atenção como potenciais protetores de doenças humanas, tais como doenças cardiovasculares e câncer (Kanakis, Tarantilis, Polissiou, Diamantoglou, & Tajmir-Riahi, 2006). 

Neste projeto, busca-se caracterizar a estrutura molecular de um conjunto de flavonóides utilizando-se simulações. Por meio de cálculos de química quântica computacional, estudaremos as propriedades física e eletrônica desses produtos tanto em fase gasosa quanto em solução. Além disso, o projeto também focará no estudo das propriedades espectrais destas substâncias. Tais investigações teóricas permitirão estabelecer relações importantes entre a estrutura e as propriedades físico-químicas. Portanto, a grande motivação de entender estas relações está baseada no fato de que estes aspectos podem determinar a efetividade farmacológica desses produtos. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Marinônio Lopes Cornélio (Coordenador)":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4786006Z8 | IBILCE/UNESP |

| "Guilherme Luís Cordeiro":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4298333U4 | IBILCE/UNESP |

| "Ícaro Putinhon Caruso":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4232019Z3 | IBILCE/UNESP |

h3. Planejamento de Fármacos Antibacterianos e Antitumorais: Aplicação de Métodos Computacionais Avançados na Identificação de Novas Classes de Inibidores da Enzima Topoisomerase Bacteriana e de Humanos

*Descrição do Projeto*

As topoisomerases exercem um papel de fundamental importância no processo de replicação celular, o que as tornam excelentes alvos para o planejamento e desenvolvimento de novos fármacos antibacterianos e antitumorais. Este projeto visa planejar e desenvolver novos inibidores mais potentes, seletivos e com maior estabilidade metabólica frente às topoisomerases bacteriana e de humanos. Para isto, serão aplicados métodos computacionais avançados de modelagem molecular, baseados tanto na estrutura tridimensional destes alvos biomoleculares quanto de seus respectivos inibidores conhecidos até o

momento. A etapa inicial do projeto compreenderá o emprego do ensaio virtual, para identificação e seleção de compostos, a partir de extensas bibliotecas virtuais de moléculas com elevada diversidade estrutural. Compostos de natureza peptídica serão sintetizados a partir dos resultados obtidos durante os estudos computacionais, enquanto pequenas moléculas de outras classes químicas serão obtidas comercialmente. Os ensaios bioquímicos padronizados, fundamentais para o processo de planejamento e desenvolvimento de novas moléculas bioativas, permitirão determinar o mecanismo de inibição dos ligantes validados nesta etapa. A partir dos resultados obtidos serão construídos novos conjuntos de inibidores e realizados estudos de relação entre a estrutura e a atividade biológica (SAR, do inglês structure-activity relationship). Posteriormente, novos derivados dos ligantes correspondentes serão obtidos comercialmente ou sintetizados e utilizados para a construção de modelos a partir de estudos quantitativos de relação entre a estrutura e a atividade biológica. As técnicas de espectrofotometria, calorimetria e espectrometria de massas contribuirão para elucidar o mecanismo cinético e a dinâmica de interação entre a topoisomerase e seus inibidores. A taxa de identificação de ligantes verdadeiros a partir dos estudos computacionais,

verificada quando em comparação aos ensaios bioquímicos, também permitirá avaliar a robustez dos programas utilizados. Isto contribuirá na identificação e seleção de parâmetros físico-químicos importantes a serem considerados durante o estudo in silico frente a uma enzima em particular. Esta retroalimentação visa tornar o processo mais eficiente para a seleção de moléculas bioativas. Em conjunto, estudos de dinâmica molecular serão conduzidos com inibidores peptídicos e não peptídicos, visando cálculos de interação mais precisos e que proporcionem um direcionamento mais específico para a modificação de resíduos. O objetivo, nesta etapa, consiste na identificação de sítios importantes para a modulação da atividade catalítica destas enzimas e também favorecer a síntese de novos derivados mais potentes e seletivos.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Reinaldo Marchetto (Coordenador)":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=E265002 | IQ/UNESP, Araraquara |

| "Aderson Zottis":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=W2141337 | IQ/UNESP, Araraquara |

h3. Elementos Transponíveis e Evolução Genômica da Broca-do-café Hypothenemus hampei 

*Descrição do Projeto*

A broca-do-café é o inseto praga mais limitante na produção cafeeira gerando redução na produção e qualidade da bebida. Além de sua importância como praga, apresenta características biológicas especiais para se converter em uma espécie não modelo de interesse. Tem um sistema reprodutivo altamente endogâmico com haplodiploidismo funcional, tem cenários micro-evolutivos de resistência a inseticidas, existem evidências de transferência horizontal de genes com subsequente vantagem adaptativa em um nicho ecológico particular, e evidências de que se pode tratar de um complexo de espécies crípticas. A baixa variabilidade genética devida à sua endogâmia poderia indicar uma baixa adaptabilidade e escassez de mecanismos de resposta a medidas inovadoras de controle genético, tomando importância os estudos em genômica da espécie para conhecer os determinantes genéticos do comportamento reprodutivo e de sua relação com o gênero Coffea.

Os elementos de transposição (TEs) são entidades dinâmicas com efeitos importantes no genoma hospedeiro, desde afetar o tamanho do genoma e ter um papel fundamental na integridade cromossômica, até efeitos sobre a regulação da expressão gênica e diversificação da funcionalidade. Neste estudo, os elementos de transposição do genoma da broca-do-café serão anotados e classificados em classes, ordem, superfamília e família e caracterizados em quanto a sua abundância, frequência, distribuição, variabilidade estrutural e sequências deles derivadas no genoma da broca-do-café; serão analisados funcionalmente para se identificar elementos ativos ou cassetes de TEs domesticados, e além disson, será caracterizada a variabilidade interpopulacional no seu polimorfismo de inserção. A caracterização dos TEs no genoma e os padrões de inserção e deterioração podem ser usados como marcadores genéticos que permitiam elucidar em maior detalhe os níveis de estruturação das populações e redefini-las como espécie única ou como complexo críptico, e simultaneamente, identificar as sequências endógenas da espécie que possam ser ferramentas biotecnológicas em novos esquemas de controle genético.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Claudia Marcia Aparecida Carareto (Coordenadora)":http://lattes.cnpq.br/3425772998319216 | IBILCE/UNESP, São José do Rio Preto |

| "Eric Marcelo Hernández":http://lattes.cnpq.br/4738344717881205 | UNESP |

| "Pablo Benavides Machado":http://201.234.78.173:8081/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0000004952| CENICAFE (Colômbia)|

h3. Ferramentas genômicas no melhoramento genético de características de importância econômica direta em bovinos da raça Nelore

*Descrição do Projeto*

A pecuária brasileira é uma atividade que apresenta extrema importância socioeconômica no Brasil e no mundo. No mercado internacional da carne, existe uma tendência para a valorização de produtos cárneos diferenciados (produtos com maior valor agregado), em termos de propriedades organolépticas da carne e consequências de seu consumo sobre a saúde humana. Além disto, existe uma preocupação crescente pelo impacto ambiental da produção pecuária e pela competição por alimentos, grãos e suplementos, que são utilizados tanto pela população humana como pelos bovinos. Neste cenário mundial, visando tornar a atividade pecuária economicamente rentável e sustentável, ganham importância as características associadas à qualidade da carcaça e carne, bem como as características indicadoras de eficiência alimentar. Atualmente, as características da carcaça e carne, assim como as associadas à eficiência alimentar, não têm sido consideradas nos programas de avaliação genética em virtude do alto custo e dificuldade de mensuração. No país, existem algumas instituições de pesquisa que vêm coletando informações fenotípicas para estas características, principalmente para carcaça e carne. Entretanto, trabalhos de quantitativa, com estimativas de parâmetros genéticos para estas características são raros. Além disto, dada à dificuldade de coleta de dados, em geral, as amostras são pequenas e há necessidade de um maior número de estimativas destes parâmetros antes que estas características possam ser utilizadas para seleção. Os importantes avanços nas técnicas de genética molecular, com o desenvolvimento de um painel de marcadores de polimorfismos de base única (SNP´s) de alta densidade, permitirão ganhos genéticos significativos, sobretudo em características de alto custo e de difícil mensuração, como é o caso das características de carcaça e carne bem como da eficiência de conversão alimentar. Procura-se com este projeto criar um banco de dados de características de qualidade de carcaça e carne e de eficiência alimentar, bem como utilizar uma base de dados de características de importância econômica que, normalmente, são contempladas em programas de melhoramento genético de gado de corte, como as características de crescimento e reprodutivas, para a detecção de polimorfismos de DNA associados a estas características e desenvolvimento de métodos e softwares visando seleção genômica. Para alcançar este objetivo serão desenvolvidas: análise genética quantitativa, estudos de associação e seleção genômica e estudo de expressão genica para as características de importância econômicas. Além disso, serão desenvolvidos e implementados algoritmos para simulação e informações moleculares.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Lucia Galvão de Albuquerque (Coordenadora)":http://lattes.cnpq.br/5866981114947883 | FCAV/UNESP, Jaboticabal |

| "Henrique Nunes de Oliveira":http://lattes.cnpq.br/5593441035110683 | UNESP |

| "Humberto Tonhati":http://lattes.cnpq.br/7445254960858159 | UNESP |

| "Jesus Aparecido Ferro":http://lattes.cnpq.br/0147241723612464 | UNESP |

| "Luis Artur Loyola Chardulo":http://lattes.cnpq.br/9820754011277263 | UNESP |

| "Ricardo da Fonseca":http://lattes.cnpq.br/0308352373545558 | UNESP |

| "Fernando Sebastián Baldi Rey":http://lattes.cnpq.br/2142265309634106 | UNESP |

| "Roberto Carvalheiro":http://lattes.cnpq.br/4808650994820461 | UNESP |

h3. Utilização de sequenciamento de nova geração para o mapeamento fino de regiões cromossômicas que afetam o perímetro escrotal de touros Nelore

*Descrição do Projeto*

O desempenho reprodutivo de touros possui um grande impacto na indústria da carne bovina, afetando intervalos entre gerações, a taxa de mudança genética anual, e a quantidade de produtos que podem ser enviados ao mercado. O perímetro escrotal (PE) é a característica reprodutiva mais mensurada em gado de corte, e é utilizada como um dos principais critérios de seleção para a melhoria da precocidade e fertilidade dos rebanhos.  A caracterização de regiões genômicas que afetam o PE pode contribuir para a identificação de marcadores diagnósticos de desempenho reprodutivo e desvendar mecanismos moleculares envolvidos na biologia reprodutiva dos bovinos. Recentemente, o candidato conduziu um mapeamento genômico amplo de segmentos cromossômicos que explicam diferenças no PE de 861 touros da raça Nelore (Bos indicus), utilizando dados de mais de 777.000 marcadores do tipo polimorfismo de sítio único (single nucleotide polymorphism - SNP). Loci que se destacam do restante do genoma foram identificados nos cromossomos 4, 6, 7, 10, 14, 18 e 21. Estas regiões foram previamente associadas a características reprodutivas e de peso corporal em bovinos. O sinal detectado no cromossomo 14 replica o locus de característica quantitativa (quantitative trait locus - QTL) envolvendo o gene PLAG1, o qual apresenta efeitos pleiotrópicos na fertilidade de touros e na estatura de diversas espécies, incluindo humanos. Novos genes candidatos foram propostos para PE a partir deste estudo, os quais afetam crescimento e tamanho testicular em outros modelos animais. O presente projeto visa o refinamento destes loci através de sequenciamento de nova geração (next generation sequencing - NGS), com o objetivo de investigar o potencial de causalidade de SNPs, variações no número de cópias, inserções e deleções encontrados nestas regiões.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "José Fernando Garcia (Coordenador)":http://lattes.cnpq.br/9991374083045897 | FMVA – UNESP |

| "Yuri Tani Utsunomiya":http://lattes.cnpq.br/9212371812418885 | FCAV – UNESP |

| "Adam Taiti Harth Utsunomiya":http://lattes.cnpq.br/1465591957675972 | FMVA – UNESP |

| "Pier Kenji Rauschkolb Katsuda Ito":http://lattes.cnpq.br/8456634201201969 | FMVA – UNESP |

| "Marco Milanesi":http://lattes.cnpq.br/5793493812556403 | FMVA – UNESP/UCSC |

h3. Filogenia da hiperdiversa ordem Characiformes (Teleostei: Ostariophysi) utilizando elementos ultraconservados

*Descrição do Projeto*

A ordem Characiformes, um dos principais componentes da fauna de peixes de água doce do mundo, com mais de 2000 espécies conhecidas, é um dos grupos menos estudado sob o ponto de vista sistemático. Dentro desta ordem esta a família Characidae, uma das maiores famílias de peixe, com mais de 1000 espécies. As espécies dessa ordem sempre têm grande importância ecológica e econômica nas regiões onde ocorrem, sendo utilizados diretamente para o consumo humano ou na aquariofilia. Na região Neotropical, Characiformes representam cerca de um terço de todas as espécies de peixes de água doce. Um estudo recente, conduzido por nosso grupo de pesquisa, envolvendo dados moleculares, apresentou uma nova hipótese de relações entre Characiformes, propondo o reconhecimento de cinco famílias, não utilizadas anteriormente, e uma nova definição de Characidae. Embora este estudo tenha proporcionado um grande avanço no conhecimento sobre a sistemática de Characiformes, ainda há a necessidade de mais estudos, especialmente em relação a muitos grupos altamente diversos de Characidae e para várias famílias de Characiformes. Uma revisão geral da literatura disponível revela que também é nítido que há uma necessidade de utilização de marcadores moleculares novos e mais resolutivos, uma vez que muitas das relações entre as famílias ainda são pouco resolvidas. Neste sentido, estamos propondo a construção de uma nova filogenia, empregando as técnicas mais modernas de sequenciamento de segunda geração de elementos ultraconservados (UCEs), cuja utilização na sistemática filogenética tem dados mostrando promissores. Neste projeto também estamos propondo o enriquecimento de bancos de dados moleculares, como o bando de dados BOLD, para permitir a identificação molecular de todas as espécies a serem analisadas no presente estudo. Assim, o presente projeto deverá ser fundamental para uma melhor compreensão do que grupos constituem a ordem Characiformes e para testar as hipóteses sobre as relações entre as famílias, as relações entre os gêneros e espécies dentro das famílias e da biogeografia histórica do grupo, que hoje é amplamente distribuído em muitas bacias das regiões Neotropical e Etiópica.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Claudio de Oliveira (Coordenador)":http://lattes.cnpq.br/0297419882161114 | IBB – UNESP |

| "Ricardo Macedo Corrêa e Castro":http://lattes.cnpq.br/6728477350016332 | FFCLRP – USP |

| "Fausto Foresti":http://lattes.cnpq.br/0804793944846367 | IBB - UNESP |

| "Ricardo Cardoso Benine":http://lattes.cnpq.br/7796068759338194 | IBB - UNESP |

| "Michael E. Alfaro":https://www.eeb.ucla.edu/indivfaculty.php?FacultyKey=10361 | University of California Los Angeles |

| "Fábio F. Roxo":http://lattes.cnpq.br/3246346415444307 | IBB - UNESP |

| "Brant C. Faircloth":http://faircloth-lab.org/assets/cv/brant-faircloth-vitae.pdf | Louisiana State Universtity |

| "Brian L. Sidlauskas":http://fw.oregonstate.edu/content/brian-sidlauskas | Oregon State University |

| "Bruno F. Melo":http://lattes.cnpq.br/1700536694107942 | IBB - UNESP |

| "Luz E. O. Orrego":http://lattes.cnpq.br/6024738094607424 | IBB - UNESP |

| "Natalia C. Sanchez":http://lattes.cnpq.br/3983321217610857 | IBB - UNESP |

h3. Especiação, isolamento reprodutivo e genética de populações em espécies de Bromeliaceae: implicações evolutivas e conservacionistas

*Descrição do Projeto*

A diferenciação genética entre populações e especiação representam um dos tópicos mais debatidos em evolução. A especiação pode ser vista como a evolução de mecanismos de isolamento reprodutivo entre populações que anteriormente realizavam trocas gênicas. Estes mecanismos devem ser mantidos por barreiras ao fluxo gênico, para que as espécies incipientes permaneçam como entidades distintas. Porém, cruzamentos entre espécies distintas (hibridação) são relativamente frequentes tanto em plantas como em animais, e sua importância e consequências evolutiva têm sido motivo de discussão entre os estudiosos. Em relação à diversificação de linhagens, alguns autores sustentam que a hibridação é um processo raro, que ocorre numa escala local, consistindo num ‘ruído evolutivo’ de pequena significância. Outros, no entanto, vêem a hibridação como uma poderosa força evolutiva que criaria oportunidades para a diversificação adaptativa e especiação em populações naturais. Análises moleculares são ferramentas eficientes na quantificação da estrutura genética das populações e na determinação das consequências dos processos de introgressão e hibridação em espécies incipientes. O objetivo deste projeto é estudar a natureza do isolamento reprodutivo entre populações simpátricas de espécies congêneres de bromélias, através da caracterização da estrutura genética populacional revelada por marcadores moleculares uni e biparentais. Estas informações são fundamentais para a compreensão dos processos que moldaram a extraordinária riqueza biológica presente nas florestas Neotropicais e das consequências genético-evolutivas da fragmentação de ambientes e diminuição do tamanho populacional, com vistas à conservação da biodiversidade.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Clarisse Palma da Silva [Coordenador]":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4769314T5 | Rio Claro - UNESP |

| "Bárbara Simões Santos Leal":http://lattes.cnpq.br/4293280365390725 | UNESP |

| "Bruno Pereira Leles":http://lattes.cnpq.br/6314691929011202 | UNESP |

| "Cleber Juliano Neves Chaves":http://lattes.cnpq.br/6294733090075847 | UNESP |

| "Felipe Aoki Gonçalves":http://lattes.cnpq.br/2015722559994895 | UNESP |

| "Fernanda Hurbath Pita Brandão":http://lattes.cnpq.br/0140364273798543 | IB - USP |

| "Marcos Vinícius Dantas de Queiroz":http://lattes.cnpq.br/3442906461784363 | UNESP |

| "Mateus Riveiro Mota":http://lattes.cnpq.br/4570575669083494 | UNESP |

| "Vanessa Araújo Graciano":http://lattes.cnpq.br/9089709649575640 | UNESP |

h3. Modelagem matemática e computacional em problemas epidemiológicos e Patológicos

*Descrição do Projeto*

Nesta investigação científica, a modelagem matemática e simulações computacionais de relevantes problemas biológicos vem sendo desenvolvidas. Em particular, as aplicações concentram-se em problemas epidemiológicos, imunológicos e cardíacos. Nestes modelos, as dinâmicas são descritas por um sistema de de equações diferenciais ordinárias (EDO) e parciais (EDP). Técnicas numéricas e de estimação de parâmetros, bem como controles otimizados serão empregados para a obtenção das soluções dos modelos desenvolvidos. Por exemplo, em epidemiologia o problema consiste em modelar e resolver computacionalmente a dinâmica espaço-temporal da dengue no território brasileiro; Em imunologia, pretendem-se investigar o caso mais severo da dengue (dengue hemorrágica) em crianças. Nestes problemas, após a modelagem por EDPs, investigam-se a estratégia de controle ótimo para encontrar o perfil de controle espaço-temporal das populações de mosquitos infectados transmissores da dengue. O problema é dividido em duas partes, a primeira consiste em estabelecer uma resolução computacional aplicando a técnica de elementos finitos no sistema de equações parabólicas, que descreve a dinâmica da

população em um longo período de tempo. A segunda parte, aplica-se o algoritmo de gradiente resolvendo o modelo associado ao problema direto. Em seguida, atualizam-se os parâmetros de controle. Este mesmo estudo pode ser empregado em cardiopatologia na investigação, por exemplo, do controle de células cardíacas doentes, devida irregularidades na dinâmica do perfil de cálcio nestas células. Pretende-se ao final dessas investigações promover o avanço do conhecimento destes problemas e divulgar resultados originais de pesquisas em revistas especializadas da área.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Fernando Luiz Pio dos Santos [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/0249801965838212 | IBB/Botucatu - UNESP |

| "Mostafa Bendahmane":https://www.math.u-bordeaux.fr/imb/fiche-personnelle?uid=mbenda100p | IMB - University of Bordeaux, France |

| Elmahdi Erpaji | Hight School of Technology Essaouira |

| "Mostafa Adimy":http://math.univ-lyon1.fr/~adimy/ | INRIA, France |

| "Paulo F. de Arruda Mancera":http://lattes.cnpq.br/8232289412108723 | IBB/Botucatu - UNESP |

| "Cláudia P. Ferreira":http://lattes.cnpq.br/2052749698204617 | IBB/Botucatu - UNESP |

| "Diego S. Rodrigues":http://lattes.cnpq.br/5182777454304807 | PG/Biometria - UNESP |

| "Luiz Gustavo Lyra":http://lattes.cnpq.br/5934395513042603 | PG/Biometria - UNESP |

| "Felipe A. Camargo":http://lattes.cnpq.br/5080403336432575 | PG/Biometria - UNESP |

| "Thiago M. Oliveira":http://lattes.cnpq.br/8826613076134539 | PG/Biometria - UNESP |

h3. Ecologia molecular de vetores anofelinos na região Amazônica Brasileira

*Descrição do Projeto*

Anopheles darlingi é o vetor mais antropofílico e eficiente na transmissão da malária na Amazônia brasileira. O objetivo deste projeto é determinar a diversidade de vetores nesta região através de ferramentas moleculares de identificação vetorial, bem como avaliar o impacto de diferentes atividades econômicas sobre a estrutura populacional dos vetores. Entre as atividades podemos destacar a agricultura, pecuária e pesca, presentes nesta região do Brasil. A efetividade das atuais medidas de controle de vetores em suas populações também será avaliada.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Paulo Eduardo Martins Ribolla [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/3577149748456880 | IBTEC/Botucatu - UNESP |

| "Diego Peres Alonso":http://lattes.cnpq.br/4683262057403776 |  |

| "Marcelo Urbano Ferreira":http://lattes.cnpq.br/5136161277318799 |  |

h3. Micobioma associado a amostras de solos do centro-oeste paulista mediante sequenciamento de Nova-Geração (NGS): Análises e distribuição de espécies patogênicas

*Descrição do Projeto*

Apesar da reconhecida importância dos Fungos (Eumycota) em processos biotecnológicos e na área clínica, a ecologia destes organismos ainda é pouco compreendida, devido principalmente às dificuldades em isolar e cultivar laboratorialmente os microorganismos do ambiente. Neste contexto, o Sequenciamento de Nova Geração (NGS) revolucionou a Microbiologia, pois possibilita um sequenciamento de alta cobertura do DNA ambiental total (metagenoma), que permite uma ampla visão sobre a estrutura, diversidade e função da comunidade microbiana, sem a necessidade de isolamento dos organismos. A técnica vem sendo empregada para uma compreensão mais robusta da ecologia dos microorganismos e tem sido também aplicada nos estudos de micobiota (biota fúngica). A ecologia é a chave para o entendimento de muitas doenças causadas por fungos patogênicos, principalmente de espécies dimórficas da ordem Onygenales, que engloba fungos do gênero Paracoccidioides, Histoplasma e Coccidioides, responsáveis por importantes micoses sistêmicas na América Latina. Várias evidências indicam que estes agentes apresentam distribuição restrita (endêmicas), localizada em micro-habitat, protegidos de radiação UV, variação de temperatura e intempéries, em solos enriquecidos com matéria orgânica de origem animal. Neste projeto, estamos propondo avaliar a diversidade fúngica por NGS em diferentes amostras de solos da região do Centro-Oeste paulista. Esperamos obter uma melhor compreensão dos fatores determinantes na distribuição ambiental das micobiotas, principalmente dos grupos com interesse clínico, contribuindo assim para adoção de possíveis medidas de prevenção.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Eduardo Bagagli [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/3320327570429539 | IBB/Botucatu - UNESP |

| "Danielle Hamae Yamauchi:http"://lattes.cnpq.br/2536387708241756 | IBB/Botucatu - UNESP |

| "Hans Garcia Garces":http://lattes.cnpq.br/6401914946579025 | IBB/Botucatu - UNESP |

| "Flávia H. Barbosa-Trovão":http://lattes.cnpq.br/7150175204993182 | IBB/Botucatu - UNESP |

| "Marcus de Melo Teixeira":http://lattes.cnpq.br/4989251399905728 | UnB |

h3. Classificação de embriões humanos mediante as técnicas de time-lapse, processamento de imagens digitais e inteligência artificial

*Descrição do Projeto*

As técnicas de reprodução assistida, ainda que tenham evoluído muito nos últimos anos, continuam apresentando uma baixa taxa de natalidade por ciclo de tratamento (30% em média). Isso tem levado as clínicas especializadas na reprodução humana a buscarem por metodologias mais eficazes que complementem e maximizem o tratamento com a fertilização in vitro. Nesse sentido, a qualidade dos embriões humanos, no estágio de blastocisto, tem demonstrado ser capaz de predizer a taxa de sucesso do embrião em estabelecer a gravidez clínica. Atualmente, apesar de existirem diversas técnicas para a análise da qualidade morfológica do embrião, muitas delas são invasivas e incompatíveis para uma gestação saudável levando as clínicas, rotineiramente, a analisarem o embrião por meio de microscopia óptica. Entretanto, essa avaliação torna a análise bastante subjetiva, uma vez que podem ocorrer divergências acentuadas na classificação intra- e inter-embriologista, por diversos fatores, seja eles emocionais, cansaço ou de outra natureza em relação ao embriologistas. As técnicas de inteligência artificial associadas ao processamento de imagem digital e a técnica de time-lapse podem vir a suprir essa demanda. Essas técnicas são não invasivas, onde a imagem de um embrião humano é capturada, pela técnica de time-lapse, e é processada digitalmente para a extração de variáveis matemáticas. Em seguida, estas são analisadas pela técnica de inteligência artificial, nesta pesquisa utilizando as técnicas de redes neurais artificiais e algoritmos genéticos, a qual pode retirar a subjetividade envolvida no método anteriormente descrito no processo da classificação embrionária. Com isso, a avaliação torna-se objetiva e reprodutível e dessa forma, poderia proporcionar às pacientes envolvidas no processo melhores informações quanto as suas reais chances de engravidar e uma melhor predição do número mínimo de embriões a serem transferidos para obter a gestação de feto único.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "José Celso Rocha [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/3274654959062530 | FCL/Assis - UNESP |

| "Marcelo Fábio Gouveia Nogueira":http://lattes.cnpq.br/3734933152414412 | Assis - UNESP |

| "Matheus Henrique Miquelão Cecílio":http://lattes.cnpq.br/3076109941372703 | Assis - UNESP |

| "Eleonora Inácio Fernandez":http://lattes.cnpq.br/9956174304910662 | Assis - UNESP |

| "Dóris Spinosa Chéles":http://lattes.cnpq.br/0739326659566595 | Assis - UNESP |

| "André Satoshi Ferreira":http://lattes.cnpq.br/4136872864405275 | Assis - UNESP |

| "Eloiza Adriane Dal Molin":http://lattes.cnpq.br/2348825174567101 | Assis - UNESP |

| "Julia Carnelós Machado Velho":http://lattes.cnpq.br/4730347179471388 | Assis - UNESP |

| "João Guilherme Cândido dos Santos":http://lattes.cnpq.br/6359391268026945 | Assis - UNESP |

| "Cristina Hickman": | Imperial College London |

| "Stuart Lavery": | Imperial College London |

| "Nikica Zaninovic": | Weill Cornell Medicine College of Cornell University |

| "Marcos Messeguer": | Clínica IVI – Espanha |

| "José Roberto Alegretti":http://lattes.cnpq.br/2133349204257751 | Clínica Huntington |

| "Aline Rodrigues Lorenzon":http://lattes.cnpq.br/0220082747120021 | Clínica Huntington |

h3. Estudo de associação genômica ampla de baixo custo e predições genômicas para resistência a Aeromonas hydrophila em pacu (Piaractus mesopotamicus)

*Descrição do Projeto*

A espécie Piaractus mesopotamicus (pacu) ocorre nas bacias hidrográficas do rio Paraná-Paraguai e corresponde a um dos peixes de água doce mais produzidos na aquicultura da América do Sul. Por isso, representa um dos principais peixes candidatos para melhoramento genético, especialmente devido à sua aceitação no mercado (nacional e internacional). Aeromonas hydrophila é uma bactéria gram-negativa considerada nociva para a saúde humana e para peixes de ambientes de água doce. No Brasil, a aeromoniose provoca altas taxas de mortalidade em várias espécies de peixes, incluindo o pacu. Atualmente, a aplicação de antimicrobianos comerciais é o principal tratamento utilizado pelos produtores, como a oxitetraciclina e o florfenicol. No entanto, o uso destas substâncias em piscicultura pode contaminar o ambiente aquático, resultar em resíduos na carne, contribuir para o surgimento de patógenos resistentes, impactar outras espécies e/ou a cadeia alimentar como um todo e, consequentemente, a saúde dos consumidores. Portanto, a seleção de genótipos superiores para resistência a doenças é uma abordagem fundamental para maximizar a produção no contexto da sustentabilidade ambiental e segurança alimentar. Os objetivos deste projeto são: i) realizar um estudo de associação genômica ampla para resistência a Aeromonas hydrophila em pacu e ii) avaliar estratégias de predição genômica utilizando uma estratégia de baixo custo com base na combinação de genotipagem-por-sequenciamento (GBS), baixa densidade de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e imputação de genótipos. Cinquenta famílias do programa de melhoramento do Caunesp serão usadas como material biológico. Esta população do melhoramento foi estabelecida em 2017 (projeto FAPESP 2016/21011-9). As características avaliadas para resistência a doenças serão taxa de sobrevivência e tempo de morte. Em relação à análise genômica, pretendemos obter os genótipos parentais utilizando um painel de alta densidade (10K SNPs) por abordagens de GBS e, em seguida, realizar a imputação de genótipos na progênie usando um painel de baixa densidade (0,5K SNPs) e abordagens de imputação baseadas na genealogia, que fornecerão uma estratégia custo-efetiva para a aplicação de estudos de associação genômica ampla e incorporação de seleção genômica em pacu. O resultado esperado do projeto é auxiliar na seleção de genótipos superiores para aumentar a produtividade, o que contribuirá diretamente para a segurança alimentar da América do Sul, fornecendo peixe de qualidade economicamente acessível para a população, juntamente com o desenvolvimento sustentável da atividade. Além disso, os resultados deste projeto contribuirão na redução do uso de antibióticos e na diminuição da ocorrência de surtos de A. hydrohila em pisciculturas, uma vez que é uma bactéria de especial preocupação para a saúde humana.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Diogo Teruo Hashimoto [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/9911680788368846 | CAUNESP |

| Jose Manuel Yanez | Universidad de Chile/UCHILE |

| "Rafael Vilhena Reis Neto":http://lattes.cnpq.br/7328177916306037 | Campus Experimental de Registro/CERE/UNESP |

| "Carolina Heloisa de Souza Borges":http://lattes.cnpq.br/1971515231262616 | Centro de Aqüicultura da Unesp/CAUNESP/UNESP |

| "John Fredy Gomez Agudelo":http://lattes.cnpq.br/9766631055442860 | Centro de Aqüicultura da Unesp/CAUNESP/UNESP |

| "Lieschen Valeria Guerra Lira":http://lattes.cnpq.br/2740652029421592 | Centro de Aqüicultura da Unesp/CAUNESP/UNESP |

| "Milena Vieira de Freitas":http://lattes.cnpq.br/0540886123491375 | Centro de Aqüicultura da Unesp/CAUNESP/UNESP |

| "Natália Jade Mendes":http://lattes.cnpq.br/0227511284562481 | Centro de Aqüicultura da Unesp/CAUNESP/UNESP |

| "Raquel Belini Ariede":http://lattes.cnpq.br/1738162837225131 | Centro de Aqüicultura da Unesp/CAUNESP/UNESP |

| "Vito Antonio Mastrochirico Filho":http://lattes.cnpq.br/7396848662264865 | Centro de Aqüicultura da Unesp/CAUNESP/UNESP |

h3. Holobioma das esponjas marinhas, efeitos das mudanças climáticas e potenciais biotecnológicos: uma abordagem holística e multidisciplinar

*Descrição do Projeto*

As esponjas marinhas realizam diversos serviços que contribuem para o funcionamento dos ecossistemas bentônicos. Elas também abrigam abundantes e diversas comunidades bacterianas com as quais estabelecem complexas interações e são capazes de auxiliar o hospedeiro no crescimento e desenvolvimento. As esponjas são desde a década de 1970 as principais fontes de produtos biotecnológicos e vários compostos bioativos isolados destes animais são, na verdade, sintetizados pelas comunidades microbianas associadas. Entretanto, a diversidade, estrutura e possíveis funções das comunidades microbianas associadas às esponjas marinhas no litoral de São Paulo são pouco conhecidas. Além do mais, as esponjas enfrentam inúmeras dificuldades devido principalmente aos efeitos das mudanças climáticas. As espécies Aplysina fulva, A. caissara (endêmica) e A. cauliformis, presentes no litoral do estado de São Paulo e conhecidas por ter alta capacidade de formar associações com microrganismos, serão investigadas neste projeto usando abordagens ecológicas, microbiológicas e biotecnológicas. Métodos dependentes e independentes de cultivo serão utilizados para investigar as comunidades procariótica e eucariótica associadas às esponjas. A diversidade taxonômica e estrutura da comunidade dos microrganismos serão acessadas através do sequenciamento em larga escala dos genes codificadores de 16S e 18S rRNA. As três espécies de esponjas serão coletadas juntamente com a água do mar e sedimento para verificar a especificidade das comunidades microbianas associadas. Experimentos em laboratório utilizando temperaturas previstas em cenários futuros de mudanças climáticas serão executados. Esses efeitos na comunidade procariótica e no hospedeiro serão investigados através das análises de metagenoma e metatranscriptoma. Além disso, o acompanhamento in situ permitirá avaliar a estabilidade temporal da comunidade procariótica associada às três espécies de Aplysina. Os potenciais biotecnológicos das bactérias isoladas das três espécies de Aplysina serão avaliados quanto a produção de substâncias antimicrobianas e anticâncer. A bioprospecção e o sequenciamento genômico das bactérias selecionadas com atividade antimicrobiana e anticâncer serão realizados por pesquisadores do laboratório do Prof. Dr. Wagner Vilegas (CLP-UNESP, São Vicente, SP). Os resultados obtidos neste projeto serão inovadores por investigar esponjas do Atlântico Sul e possibilitarão uma melhor compreensão das funções tanto dos hospedeiros quanto dos microrganimos simbiontes associados. Além disso, este projeto visa acessar o grande potencial biotecnológico das bactérias isoladas das esponjas marinhas antes que a mudança da temperatura da água possa alterar a biodiversidade destes animais. Assim, a pergunta deste projeto é acessar a biodiversidade e a funcionalidade do holobioma das esponjas marinhas do litoral paulista.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Cristiane Cassiolato Pires Hardoim [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/3411546054525074 | UNESP-São Vicente |

| "Wagner Vilegas":http://lattes.cnpq.br/7927877224326837 | UNESP-São Vicente |

| "Tânia Márcia Costa":http://lattes.cnpq.br/6353015321611058 | UNESP-São Vicente |

| "Márcio Reis Custódio":http://lattes.cnpq.br/7525404075009709 | IB-USP |

| "Gisele Lôbo-Hajdu":http://lattes.cnpq.br/1346430944942436 | UERJ |

| "Julia Peres Ramalho":http://lattes.cnpq.br/0661484022255498 | UNESP-CLP/PPG-EvD-UFABC |

| "Letícia Sanfilippo Rojas":http://lattes.cnpq.br/2750745213037680 | UNESP-CLP/PPG-EvD-UFABC |

| "Luiza Carminato":http://lattes.cnpq.br/8014293021828206 | UNESP-CLP |

| "Carolina Mendes Costa":http://lattes.cnpq.br/8578145009454675 | UNESP-CLP |

| "Gustavo Dias":http://lattes.cnpq.br/2981371189400999 | UFABC |

| "Massimiliano Cardinale":https://orcid.org/0000-0003-1421-722X | University of Salento (Itália) |

| "Sussana López-Legentil":https://orcid.org/0000-0001-8737-6729 | University of North Carolina Wilmington (EUA) |

| "Detmer Sipkema":https://orcid.org/0000-0003-3836-219X | University of Wageningen (Holanda) |

h3. Bioinformática na Caracterização de componentes do genoma em Coffea spp

*Descrição do Projeto*

O café é uma das bebidas mais consumidas no mundo. A complexidade do seu sabor é resultante de uma mistura de componentes voláteis e não-voláteis, e são liberados no processo de torra. Muitas dessas substâncias são resultantes de vias bioquímicas do metabolismo especializado, especialmente terpenos. Tais metabólitos regulam a interação planta-meio ambiente, mas muitos passos de suas vias de biossíntese ainda não são conhecidos. O gênero Coffea possui 124 espécies descritas. C. canephora é uma espécie diplóide (2n = 2x = 22 cromossomos) e C. arabica é uma espécie poliplóide (2n = 4x = 44 cromossomos). A espécie C. arabica resultou da associação por hibridização das espécies C. canephora e C. eugenioides (2n = 2x = 22 cromossomos). Por meio de estudos recentes de bioinformática em genomas vegetais, sabe-se que genes envolvidos na biossíntese de compostos do metabolismo especializado muitas vezes estão organizados em clusters. Com isso, há uma demanda de análise computacional de genomas, compreendendo a comparação dos clusters entre espécies de Coffea para identificar se há ocorrência de clusters espécie-específicos, além de avaliar padrões evolutivos de clusters compartilhados. O projeto poderá fornecer, dessa forma, um conhecimento abrangente da organização e regulação do metabolismo de Coffea em escala genômica. Sabe-se ainda que TEs - Transposable Elements - compreendem uma grande porção do genoma, podendo em alguns casos alcançar até 90% da sua composição. Abordagens para identificação destas sequências se dão por metodologias que utilizam grande capacidade computacional. Desde modo, para o sucesso do projeto é imprescindível supercomputadores que permitam, além de uma boa infraestrutura e redundância 24/7 de execução, uma boa capacidade de memória e processamento. Em quase todos os programas necessários há processamento concorrente e não são passíveis de pausas ou interferências. Estes TEs são organizados em Classe, Ordem e Superfamílias, e demandam o uso de várias ferramentas, o que torna-se um desafio na organização destes resultados. Quando se envolve mais de uma estratégia, geralmente, é necessário o uso de scripts para a padronização destes resultados. Ainda que uma metodologia garanta a identificação dos diversos tipos de TEs, a combinação de outras ferramentas garante robustez em seu mapeamento. Ferramentas utilizadas para este tipo de identificação são baseadas em similaridade, assinaturas ou as construções de sequência consenso utilizando técnicas de novo que requer massivos recursos computacionais para cobrir a anotação completa destes genomas. Diante dos resultados de clusterização gênica e uma anotação de TEs nos genomas alvo, permite-se a inferência e a construção de hipóteses evolutivas e/ou de interação destes dois tipos de sequências. Com isso, o presente trabalho visa a identificação e o mapeamento de Elementos Transponíveis em três genomas do gênero Coffea, bem como a caracterização de clusters metabólicos de genes envolvidos na produção de compostos do metabolismo especializado.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Douglas Silva Domingues [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/7905667701769534 | UNESP/Rio Claro |

| "Samara Mireza Correia de Lemos":http://lattes.cnpq.br/3473844729483064 | UNESP |

| "Ana Karla Moreira Lobo":http://lattes.cnpq.br/8038877583036400 | UNESP |

| "Suzana Tiemi Ivamoto":http://lattes.cnpq.br/1763200047578046 | UNESP |

| "Paula Oliveira Camargo":http://lattes.cnpq.br/7029205997406628 | UNESP |

| "Ilara Gabriela Frasson Budzinski":http://lattes.cnpq.br/7182715435551073 | UNESP |

| "Alexandre Rossi Paschoal":http://lattes.cnpq.br/5834088144837137 | Universidade Tecnológica Federal do Paraná |

| "Daniel Longhi Fernandes Pedro":http://lattes.cnpq.br/7994096871064639 | Universidade Tecnológica Federal do Paraná |

| "Alisson Lucas de Souza":http://lattes.cnpq.br/0881646378465743 | Universidade Tecnológica Federal do Paraná |

| "Emerson Alves da Silva":http://lattes.cnpq.br/4672169756196715 | nstituto de Botânica de São Paulo |

| "Romain Guyot":http://lattes.cnpq.br/8302628822123670 | Institut de Recherche pour le Développement - França |

h3. Identificação de novos RNAs não codificadores (ncRNAs) em tumores torácicos e colorretais

*Descrição do Projeto*

RNAs não codificadores (ncRNAs), tais como microRNAs (miRNAs), têm sido reportados como alterados em CCR e tem sido sugerido como potenciais biomarcadores diagnósticos, prognósticos e preditivos. Estudos recentes do transcritoma usando sequenciamento de alto desempenho (RNA-seq) sugerem a existência de ncRNAs previamente não identificados com perfis de expressão com alta especificidade tecidual, inclusive relacionados à tumorigênese nos tumores torácicos e no trato intestinal inferior. No entanto, existem poucos estudos buscando identificar novas sequências dessas moléculas em tumores torácicos e colorretais e as diferenças na expressão associadas ao local primário do tumor. Portanto, neste estudo, propomos, por meio de análise in silico, avaliar o perfil transcricional de ncRNAs, particularmente miRNAs e piwiRNAs, para identificar novas sequências dessas moléculas associadas a tumores torácicos e colorretais, que provavelmente estão envolvidos na carcinogênese. Para isso dados do transcritoma de tecidos normais e tumorais de diferentes localizações anatômicas obtidos por sequenciamento de alto desempenho serão coletados e analisados por ferramentas de bioinformática para identificação de novos ncRNAs associados com tumorigênese torácica e colorretal, esse dados encontram-se disponíveis no banco de dados The Human Cancer Genome (TCGA). Desta forma, a descoberta de novos ncRNAs pode revelar mecanismos regulatórios específicos de cada tecido, e que tenham relevância no câncer. Sendo assim, este estudo tem como objetivo identificar novos ncRNAs, especificamente ncRNAs pequenos, associados com a carcinogênese dos tumores torácicos e colorretais. Este estudo tem potencial para identificar novos RNAs pequenos não codificadores cujas vias de regulação estejam associadas tumores torácicos e gastrointestinais, com potencial aplicação como biomarcadores e/ou alvos terapêuticos potencialmente podem ser aplicados no diagnósticos e manejo de pacientes na prática clínica.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Patrícia P. dos Reis [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/1109525021631011 | UNESP/Botucatu |

| "Sandra Drigo Linde":http://lattes.cnpq.br/4146312148776662 | UNESP/Botucatu |

| "Iael Weissberg":http://lattes.cnpq.br/0693448240603621 | UNESP/Botucatu |

| "Ana Laura Seneda":http://lattes.cnpq.br/0683281736282343 | UNESP/Botucatu |

| "Mateus de Camargo Barros Filho":http://lattes.cnpq.br/6975946089084616 | Fundação Antonio Prudente/AC Camargo Cancer Center |

h3. Caracterização do transcritoma codificador da metástase cerebral de câncer de pulmão

*Descrição do Projeto*

O câncer de pulmão é uma das neoplasias malignas mais comuns e a principal causa de óbitos por câncer no mundo. Em 2018, foram registrados 2,1 milhões de novos casos de câncer de pulmão e 1,8 milhão de mortes associadas. No Brasil, é o segundo câncer mais comum, com 31.856 mortes registradas em 2018. Estima-se que até 2040 ocorram 3,6 milhões de casos de câncer de pulmão e 3,1 milhões de óbitos no mundo. As metástases cerebrais (MC) são particularmente comuns no câncer de pulmão. Aproximadamente 80% dos pacientes com câncer de pulmão de células não pequenas (CPNPC), o tipo histológico mais comum da doença, apresentam metástase localmente avançada ou distante no momento do diagnóstico. Em geral, 20 a 40% dos pacientes diagnosticados com câncer de pulmão desenvolvem MC à medida que a doença progride, sendo esta a complicação clínica mais letal e mal gerenciada. A sobrevida mediana de pacientes tratados é de 4,9 à 7 meses. Atualmente, não existem opções para profilaxia, melhores estratégias de tratamento da MC, marcadores prognósticos ou preditivos do câncer de pulmão metastático. Apesar dos recentes avanços na compreensão do processo metastático no câncer de pulmão, pouco se sabe sobre a biologia e mecanismos de metastatização cerebral. Neste contexto, o objetivo primordial deste projeto é caracterizar o transcritoma codificador de metástase cerebral de pacientes diagnosticados com cancer de pulmão usando metodologia de sequenciamento de alta performance, a qual é capaz de gerar dados em larga escala, com alta sensibilidade e especificidade. Para isso, dados de sequenciamento de RNA (RNA-seq) de plataformas de alto desempenho, de tecidos normais e tumorais serão coletados de bancos de dados e analisados por ferramentas bioinformáticas. Os resultados dessa pesquisa poderão ser utilizados em estudos futuros de caracterização de alvos terapêuticos moleculares no tratamento de pacientes com MC no carcinoma pulmonar.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Patrícia P. dos Reis [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/1109525021631011 | UNESP/Botucatu |

| "Vanessa das Graças Pereira de Souza":http://lattes.cnpq.br/7960453586286498 | UNESP/Botucatu |

| "Mariana Rodrigues Santesso":http://lattes.cnpq.br/5127611886231955 | UNESP/Botucatu |

h3. Estudo estrutural de componentes da via clássica de transporte nuclear relacionada ao circovírus suíno tipo 2 (PCV2) com o emprego de técnicas de inteligência artificial

*Descrição do Projeto*

Nos últimos anos, o Brasil alcançou uma posição de destaque na produção de carne suína. Apesar de os métodos intensivos de criação conferirem alta produtividade, existem muitos desafios na suinocultura, entre os quais estão as doenças infecciosas. O Circovírus Suíno Tipo 2 (PCV2) é um patógeno viral que apresenta uma ampla distribuição mundial e está comprovadamente associado a uma série de manifestações clínicas em suínos domésticos. A síndrome que mais causa prejuízos na suinocultura é a síndrome multissistêmica do definhamento dos suínos desmamados (SMDSD), que foi inicialmente descrita em 1991 como uma doença esporádica caracterizada por perda de peso, icterícia, dispneia e diarreias. Os animais acometidos pela SDMSD apresentam ainda lesões características multissistêmicas, principalmente nos órgãos linfóides. As Importinas são proteínas responsáveis pelo transporte de outras proteínas para o núcleo celular, sendo classificadas em Importinas-Alpha (ImpAlpha) e Importinas-Beta (ImpBeta). Na via clássica de importação nuclear, para uma proteína ser transportada, ela precisa conter uma Sequência de Localização Nuclear (NLS), que interage com uma ImpAlpha. Experimentos de mutagênese sítio dirigida demonstraram que os 41 resíduos de aminoácidos N-terminais da proteína do capsídeo de PCV2 são essenciais para que ela seja importada para o núcleo, verificando a presença de uma NLS nessa sequência. Apesar disso, ainda não estão disponíveis estudos sobre a interação entre os resíduos dessa sequência e Importinas-Alpha. Assim, com o objetivo de caracterizar este possível complexo, propomos a realização de estudos estruturais computacionais baseados em inteligência artificial (deep learning), de forma a determinar a ocorrência de interação ou não entre a NLS do PCV2 e a isoforma Alpha2 da ImpAlpha de Mus musculus. No caso da confirmação da possibilidade de interação, pretendemos também classificar os complexos mais prováveis com base em parâmetros termodinâmicos e estruturais e identificar os contatos de interface mais importantes para a formação deste complexo. Os resultados deste projeto poderão contribuir no entendimento do modo como PCV2 interage com proteínas das células hospedeiras e apresentam o potencial de gerar conhecimento útil para a elaboração futura de drogas antivirais e/ou outros produtos de interesse biotecnológico.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Angelo José Magro [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/0059017255172730 | UNESP/Botucatu |

| "Eric Allison Philot":http://lattes.cnpq.br/7304041360256449 | UFABC |

| "Rafael Plana Simões":http://lattes.cnpq.br/1862814827590632 | UNESP/Botucatu |

| "Lucas Hecker Vasques":http://lattes.cnpq.br/7330686056319906 | UNESP/Botucatu |

| "Ramon Hernany Martins Gomes":http://lattes.cnpq.br/8970772820436623 | UNESP/Botucatu |

h3. Integração de genômica de populações e modelagem biofísica de dispersão por correntes oceânicas para inferência da conectividade de árvores de mangue do litoral brasileiro

*Descrição do Projeto*

A dispersão é um mecanismo crucial para os seres vivos, pois permite que eles alcancem novos recursos e que populações e espécies explorem novas condições ambientais. Contudo, descrever mecanismos de dispersão de algumas espécies que podem se deslocar por milhares de quilômetros pode ser muito

custoso ou mesmo inviável, como no caso dos propágulos de árvores mangue. A dispersão e distribuição dessas árvores tem sido estudada no mundo todo por meio de dados genéticos, e a influência das correntes oceânicas no deslocamento dos propágulos tem sido cada vez mais evidente. Entretanto, poucos

trabalhos relacionam diretamente os padrões de distribuição das populações com a dispersão por correntes oceânicas de modo integrado. Nesse projeto, nosso objetivo é avaliar o papel das correntes oceânicas na dispersão e na conectividade de Rhizophora mangle ao longo da costa brasileira. Testaremos a hipótese nula, com ausência de estruturação populacional, bem como hipóteses que consideram isolamento por distância ou por oceanografia considerando diferentes contribuições do movimento dos propágulos e do recrutamento. Descreveremos a estrutura genética e inferiremos taxas de fluxo gênico entre populações utilizando dados genômicos de plantas provenientes de dez localidades ao longo da costa brasileira através da simulação de dados genômicos sob modelos evolucionários complexos. Adicionalmente, simularemos o deslocamento de propágulos entre as populações através de modelos biofísicos de correntes oceânicas, respeitando a morfologia dos propágulos da espécie e a fenologia reprodutiva ao longo da costa. Avaliaremos os efeitos geográficos e oceanográficos nos padrões de variação genética neutra utilizando análise de redundância baseada em distância e análise de redes. Esses resultados serão relevantes para explicar a distribuição atual e futura dessas populações frente às mudanças climáticas, sendo relevantes, portanto, para guiar os esforços de conservação.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Gustavo Maruyama Mori [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/2207901730548266 | UNESP/Campus do Litoral Paulista |

| "André Guilherme Madeira":http://lattes.cnpq.br/4154669726500768 | UNESP/Campus do Litoral Paulista |

| Tadashi Kajita | Univ. of the Ryukyus - Japão |

| Yoshiaki Tsuda | University of Tsukuba |

| "Maria Imaculada Zucchi":http://lattes.cnpq.br/2083064025342283 | Agência Paulista de Tecnologia do Agronegócio, Piracicaba |

h3. A contribuição de interações animal-planta para biodiversidade e restauração da Mata Atlântica

*Descrição do Projeto*

Em todo o mundo e especialmente nos trópicos, as florestas primárias estão diminuindo rapidamente devido à conversão de florestas antropogênicas para a agricultura e outros tipos de uso da terra. Simultaneamente, a recuperação florestal tem levado ao aumento de florestas secundárias, que tem o potencial de mitigar a perda de biodiversidade e fornecer serviços ecossistêmicos importantes. Certas características da paisagem, como cobertura florestal nativa, provavelmente afetam a composição e o funcionamento dessas novas comunidades, alterando as condições ambientais, o influxo de animais frugívoros, sementes e genótipos originários de florestas vizinhas. Este projeto aborda as complexas interações entre plantas e animais que possibilitam a biodiversidade nos níveis genético, de espécies e funcional e o fornecimento de serviços ecossistêmicos. As informações genômicas de espécies representam um recurso fundamental para entender como as populações respondem e se adaptam sob essas novas condições. Tais informações são chave para projetar sistemas resilientes em paisagens antropogênicas amplamente dominadas por agropecuária e afetadas pelas dinâmicas urbanas. O objetivo geral deste projeto é quantificar como a composição e configuração da paisagem afeta a restauração florestal levando-se em conta as relações funcionais planta-frugívoros e seus efeitos em cascata no armazenamento de carbono, recrutamento de árvores ao nível populacional, diversidade genômica neutra e funcional e valor de conservação da biodiversidade em comunidades emergentes da região da Mata Atlântica. Para isso usaremos bancos de dados de atributos de plantas e animais, faremos censo de espécies da flora e fauna frugívora e desenvolveremos estudos genômicos de espécies alvo para entender os processos desde os níveis populacionais. Desenvolveremos o componente empírico do projeto em regiões da Mata Atlântica onde aplicaremos métodos de amostragem de biodiversidade: redes de neblina para captura de aves, armadilhas fotográficas para registro da fauna, parcelas para censo e monitoramento de espécies arbóreas, coleta de frutos e sementes para medição de atributos de dispersão e material genético, e amostragem de tecido vegetal (folha e caule) de plantas adultas para análises genéticas. Os dados genéticos serão obtidos mediante o isolamento de DNA genômico e geração de locos informativos em regiões neutras e funcionais do genoma usando sequenciamento de nova geração e bioinformática. Além disso, analisaremos camadas ambientais e da paisagem usando bancos de dados disponibilizados gratuitamente (e.g. MapBiomas) e extrairemos as métricas usando software de geotecnologias (e.g., QGis, ferramentas espaciais do R). Análises estatísticas dos dados ecológicos, genéticos e geoambientais serão conduzidos no software R.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Marina Corrêa Côrtes [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/6547567800497624 | UNESP |

| "Carolina da Silva Carvalho":http://lattes.cnpq.br/8134949068613031 | Instituto Tecnológico da Vale |

| "Cristina García":http://lattes.cnpq.br/1497537583760902 | University of Liverpool, UK |

| "Willian Simioni":http://lattes.cnpq.br/2828561198871251 | UNESP |

| "Carina Isabella Motta":http://lattes.cnpq.br/1437543057904220 | UNESP |

| "Marianne Azevedo":http://lattes.cnpq.br/4894399169714859 | UNICAMP |

| Robert Timmers | Utrecht University |

h3. Pesquisa Ecológica de Longa Duração no Corredor Cantareira Mantiqueira

*Descrição do Projeto*

As áreas agrícolas e urbanas têm se expandido e substituído áreas de vegetação nativa em um curto espaço de tempo, causando perda da biodiversidade e comprometendo a manutenção de serviços ecossistêmicos em todo o mundo. Além da diversidade biológica que abrigam, as áreas de vegetação nativa são responsáveis por prover um conjunto de serviços diretos e indiretos para a população. O sítio PELD proposto já foi foco de outro projeto relacionado a conservação da biodiversidade e, nesta Fase 2 do PELD CCM, coletaremos novos dados nessa área, daremos continuidade ao levantamento destes dados e elaboraremos uma base de dados temporal, padronizada e de alta qualidade para esta região que tem um papel fundamental na provisão de água para a região mais populosa do País. A partir do projeto proposto serão respondidas as seguintes perguntas: Pergunta 1: Como a perda e fragmentação da vegetação nativa influencia diferentes táxons, e quais são seus motivadores em diferentes escalas espaciais e temporais? Pergunta 2: Quais são os recursos complementares que diferentes tipos de uso e cobertura da terra (matrizes antrópicas) podem oferecer a diferentes organismos? Pergunta 3: Em quais períodos de tempo as condições oferecidas por diferentes ambientes são menos ou mais favoráveis a diferentes organismos e como isto pode influenciar componentes vitais da paisagem como a conectividade funcional? Pergunta 4: Qual é a relação entre os padrões da paisagem e a funcionalidade dos ecossistemas e como a provisão de serviços pode ser entendida com uma abordagem multitáxon em múltiplas escalas? Pergunta 5: Como a resiliência das funções dos ecossistemas variam ao longo do tempo e espaço? Pergunta 6: Como caracterizar o funcionamento e os serviços dos ecossistemas em uma abordagem espaço-temporal? Pergunta 7: Quais são as relações entre as diversidades taxonômicas alfa, beta e funcional em uma abordagem multitáxon e variáveis em diferentes escalas espaciais? O grupo de pesquisadores associados a este projeto compõe diversas áreas da ciência, característica que permite que as perguntas complexas e interdisciplinares propostas sejam respondidas. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Milton Cezar Ribeiro [Coordenador]":milton.c.ribeiro@unesp.br | UNESP/Rio Claro |

| "Rosane Garcia Collevatti":http://lattes.cnpq.br/9979596352166630 | UFG |

| "Mauro Galetti Rodrigues":http://lattes.cnpq.br/3431375174670630 | UNESP/MIAMI University |

| "Marco Aurelio Pizzo":http://lattes.cnpq.br/1663295770796752 | UNESP |

| "Laurence Marianne Vincianne Culot":http://lattes.cnpq.br/7433933426721415 | UNESP |

h3. Análises filogenéticas de SARS-CoV-2

*Descrição do Projeto*

A emergência no final de 2019 de um novo coronavirus que causa síndrome respiratória aguda grave levou a uma pandemia responsável por mais de 3.9 milhões de mortes em todo mundo até julho de 2021. O agente causador, denominado SARS-CoV-2, é um vírus de RNA fita simples de polaridade positiva do gênero Betacoronavirus. Assim como os outros coronavirus altamente patogênicos, SARS-CoV e MERS-CoV, estudos indicam que este vírus teve origem em morcegos, passando por um hospedeiro intermediário ainda desconhecido até chegar aos seres humanos. Os coronavirus contam com atividade corretiva durante a replicação, característica rara dentre os vírus de RNA, que reduz a taxa de mutação desses vírus e torna viável a manutenção de um genoma de ~30Kb. Contudo, ainda assim mutações ocorrem aleatoriamente podendo ser eliminadas ou mantidas por processos de seleção natural e deriva genética. O acúmulo de mutações em um mesmo genoma de SARS-CoV-2 pode resultar no surgimento de uma nova linhagem. Centenas de linhagens foram identificadas desde o início da pandemia, mas algumas têm recebido especial atenção por apresentarem mutações adaptativas. Estas mutações estão relacionadas a um aumento da afinidade da proteína Spike com receptores celulares e a evasão da neutralização por anticorpos. As principais linhagens são classificadas em variantes de preocupação (VOC) e variantes de interesse (VOI). Dentre as VOCs estão as variantes Alfa (B.1.1.7), Beta (B.1.352), Gamma (P.1) e Delta (B.1.617.2). Assim, a vigilância genômica global se tornou fundamental para mapear a circulação das variantes já conhecidas e identificar o surgimento de novas VOCs. Este projeto tem por objetivo realizar vigilância genômica das variantes circulantes no interior de São Paulo e analisar as relações filogenéticas entre as variantes encontradas e sequencias de outras regiões do país e do mundo.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| " Paula Rahal[Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/7991082362671212 | UNESP - IBILCE |

| "João Pessoa Araújo Jr.":http://lattes.cnpq.br/3810350323028145 | UNESP - Botucatu |

| "Maurício Lacerda Nogueira":http://lattes.cnpq.br/0565062540207457 | FAMERP |

| "Helena Lage Ferreira":http://lattes.cnpq.br/5359531229053723 | USP - Pirassununga |

| "Paulo Inácio Costa":http://lattes.cnpq.br/672022371591738 | UNESP - Araraquara |

| "Cíntia Bittar Oliva":http://lattes.cnpq.br/6531101566543295 | UNESP - IBILCE |

| "Cecília Ártico Banho":http://lattes.cnpq.br/1751393753580382 | FAMERP |

| "Fabio Sossai Possebon":http://lattes.cnpq.br/5585406393673202 | UNESP - Botucatu |

h3. Investigação do papel dos pirofosfatos de inositol (PP-IPs) em vias de reparo de DNA e dinâmica dos telômeros utilizando tripanossomatídeos como modelo

*Descrição do Projeto*

Em eucariotos modelo, pirofosfatos de inositol (PP-IPs) – principalmente os chamados IP7 e IP8 – estão envolvidos em uma ampla gama de processos celulares. No entanto, o mecanismo de ação dos PP-IPs nas vias relacionadas ao metabolismo do DNA (sobretudo na via de reparo por recombinação homóloga – HR) não é totalmente compreendido. IP7 e IP8 são sintetizados através de vias complementares que envolvem a participação das quinases IP6K e PP-IP5K. Tripanossomatídeos possuem um gene ortólogo para IP6K, mas aparentemente não possuem ortólogos para PP-IP5K, i.e., provavelmente não sintetizam IP8, o que os torna excelentes modelos para o estudo de IP7. Assim, este projeto tem por objetivo investigar o mecanismo de ação destes PP-IPs nas principais vias de metabolismo de DNA, utilizando tripanossomatídeos como modelo. Para isso, pretendemos realizar análises in silico comparando dados genômicos e proteômicos entre cinetoplastídeos parasitas (e.g., Leishmania e Trypanosoma spp.) e de vida livre (e.g., Bodo saltans). Também pretendemos realizar modelagem computacionais e dinâmica molecular para prever as interações entre  as kinases mencionadas e seus ligantes. Além disso, linhagens mutantes de L. braziliensis e T. cruzi serão geradas utilizando o sistema CRISPR-Cas9. Após confirmada a ausência de IP7 e da atividade de telomerase nas linhagens correspondentes, estas serão desafiadas com diferentes agentes genotóxicos e a capacidade de reparo de DNA e dinâmica telomérica serão analisadas. Mais a fundo, utilizando uma abordagem audaciosa, moléculas de IP7 e PP-IP4 serão sintetizadas in vitro com a porção β-fosfato marcada. Estas moléculas serão utilizadas em reações de pirofosforilação, com o objetivo de rastrear os principais alvos dos pirofosfatos relacionados ao metabolismo de DNA utilizando pull-down e espectrometria de massas. Após a identificação desses alvos, será realizado um estudo aprofundado visando compreender melhor a função desempenhada pela pirofosforilação nesses componentes. Assim, este projeto permitirá, de maneira inédita, elucidar o mecanismo de ação dos PP-IPs nas principais vias de metabolismo de DNA, contribuindo significativamente para a compreensão desta ainda pouco conhecida e importante forma não-enzimática de modificação pós-traducional.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Marcelo Santos da Silva [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/4775859232176039 | UNESP, Instituto de Biociências, Botucatu |

| "Bryan Etindi Abuchery":http://lattes.cnpq.br/7072033460018564 | UNESP, Botucatu |

| "Simone Calderano":http://lattes.cnpq.br/5392719593428049 | Instituto Butantan |

| "Roberto Docampo":http://lattes.cnpq.br/6901032665160272 | University of Georgia |

| "Arthur de Oliveira Passos":http://lattes.cnpq.br/1970102528618891 | UNESP, Botucatu |

| "Antônio Mauro Rezende":http://lattes.cnpq.br/8641629843495094 | FIOCRUZ, Recife |

| "Aleff Ferreira Francisco":http://lattes.cnpq.br/6740177714494876 | UNESP, Botucatu |

| "Marcos Roberto de Mattos Fontes":http://lattes.cnpq.br/4320362411241786 | UNESP, Botucatu |

h3. Estudos sobre a biogênese e composição do complexo ribonucleoproteico da telomerase de Leishmania spp. e sua regulação

*Descrição do Projeto*

As leishmanioses são doenças tropicais transmitidas por parasitos da família Trypanosomatidae, gênero Leishmania. Estas doenças se apresentam com diferentes formas clínicas que vão desde úlceras superficiais até doença disseminada não havendo programas adequados de controle ou combate as mesmas. O entendimento mais aprofundado sobre as maquinarias moleculares do parasito poderá ser de grande auxílio no reconhecimento de novos alvos terapêuticos contra Leishmania. Uma das maquinarias a serem consideradas, é a maquinaria telomérica, pois ela exerce papel fundamental na manutenção da estabilidade do genoma e na proliferação celular. Tanto a atividade enzimática quanto os genes que codificam para os dois componentes da telomerase de Leishmania spp. já foram identificados e caracterizados pelo nosso grupo. Entretanto, ainda não se conhece sua biogênese, como ocorrem as interações entre eles e se existe algum nível de regulação nessas interações. Neste contexto, é importante ressaltar que nosso grupo já descreveu vários componentes da cromatina telomérica do parasito onde destacamos as proteínas ligantes de DNA telomérico na forma de dupla fita e da simples fita rica em G, assim como do lncRNA TERRA. Neste trabalho pretendemos: i) caracterizar estruturalmente os domínios da TERT usando ensaios bioquímicos e biofísicos, ii) tentar obter a estrututa cristalográfica de domínios da TERT, iii) estudar como se dá a interação entre os domínios da TERT e o componente TER, iv) verificar a função dos componentes TERT e TER na manutenção dos telômeros e na sobrevida do parasito com diferentes backgrounds genéticos, v) comparar a constituição do complexo RNP telomerase em diferentes linhagens do parasito e vi) verificar as funções do lncRNA TERRA na maquinaria telomérica do parasito. O estudo da biogênese do complexo telomerase e suas interações com os telômeros, com a cromatina telomérica e com o TERRA, podem auxiliar no entendimento sobre a evolução desta maquinaria nos eucariotos e a perturbar a homeostase do parasito. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Maria Isabel Nogueira Cano [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/7449821021440644 | UNESP, Instituto de Biociências, Botucatu |

| "Debora Andrade-Silva":http://lattes.cnpq.br/0554948941900699 | UNESP, Botucatu |

| "Luiz H. C. Assis":http://lattes.cnpq.br/2152049824905531 | UNESP, Botucatu |

| "Elton J. Vasconcelos":http://lattes.cnpq.br/9946950417683333 | Leeds University, UK |

| "Stephany C. Paiva":http://lattes.cnpq.br/4372010922749637 | UNESP, Botucatu |

| "Beatriz C. D Oliveira":http://lattes.cnpq.br/4444352651737025 | UNESP, Botucatu |

| "Mark E. Shiburah":http://lattes.cnpq.br/1527099531628059 | UNESP, Botucatu |

| "Marcos Roberto de Mattos Fontes":http://lattes.cnpq.br/4320362411241786 | UNESP, Botucatu |

| "Hamine Cristina de Oliveira":http://lattes.cnpq.br/9655555885778195 | UNESP, Botucatu |

| "Carlos Alexandre Fernandes":http://lattes.cnpq.br/0031905467649970 | Sorbonne Université, França |

h3. Análises Genômicas e trancriptômicas de Salmonella Typhimurium ST313 Isoladas no Hospital da UNESP e cepas ST131 de Escherichia coli uropatogênica

*Descrição do Projeto*

A doença invasiva causada por Salmonella não tifóide (iNTS) é uma das doenças responsáveis por matar milhares de pessoas globalmente, existindo estimativas de quase 650.000 óbitos devido à capacidade das cepas de evadirem o TGI e atingir a corrente sanguínea. Esse estágio de sepse bacteriana  costuma ocorrer em pacientes imunocomprometidos e crianças abaixo de 5 anos desnutridas, anêmicas ou com malária. Ao longo dos anos, novas linhagens de sorovares foram identificadas para Salmonella enterica subs. enterica que estão dentro do grupo das iNTSs. Um dos sorovares que tem ganhado destaque em pesquisas é o sorovar Typhimurium, com tipagem de sequenciamento ST313, possuindo 3 linhagens abordadas na literatura, a L1, L2 e a L3.          As cepas de Salmonella Typhimurium ST313 são agrupadas devida a necessidade da diferenciação do perfil genético e fenotípico, pois na literatura, algumas linhagens apresentam um repertório distinto de genes de virulência, de bacteriofágos e de resistência a antimicrobianos específicos. Logo, o presente artigo tem como objetivo geral localizar geneticamente e filogeneticamente as cepas isoladas do hospital de Botucatu da Unesp dentro das linhagens de Salmonella Typhimurium ST313. Anualmente, milhares de pessoas são acometidas por infecções do trato urinário (ITU), aproximadamente 150 milhões de pessoas,  sendo a Escherichia coli Uropatogênica (UPEC) responsável por mais de 80% dessas infecções, principalmente clones uropatogênicos ST131 pertencem a um tipo filogenético altamente virulento B2, sorotipo O25:H4 e abrigam plasmídeos IncFII multirresistentes, estando associados predominantemente a infecções resistentes a antibióticos adquiridas em hospitais e nas comunidades. Os objetivos mais específicos do projeto, através da utilização de ferramentas de bioinformática, são: comparar filogeneticamente as cepas de Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium tipagem de sequenciamento ST313 isoladas no hospital da Unesp de Botucatu com as cepas da mesma tipagem, porém de diferentes linhagens L1, L2, L3 ou isoladas do Reino Unido.; utilizar de bancos de dados online para a identificação de bacteriófagos para todas as cepas através de ferramentas apropriadas, inclusive as que são de referência para outras linhagens (A150, D23580, BKQZM9 e U2); também será utilizado bancos de dados específicos para a identificação de genes virulentos e genes responsáveis pela resistência antimicrobiana. Por último, serão feitas as comparações dos genomas entre estas cepas e a análise do pangenoma. De forma similar, cepas isoladas de UPEC ST131 isolados por colaboradores no estado de São Paulo via SUS.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Cristiano Gallina Moreira [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/9074708017737206 | UNESP, Araraquara |

| "João Vítor Félix de Lima":http://lattes.cnpq.br/9936419360831244 | UNESP, Araraquara |

h3. Evolução genômica do grupo de espécies neotropical Drosophila saltans (Diptera:Drosophilidae)

*Descrição do Projeto*

A região Neotropical é conhecida pela sua biodiversidade, em que a grande variação de ambientes proporcionou uma ampla diversificação da fauna e da flora. Muitos estudos buscam compreender os processos e mecanismos responsáveis por gerar e manter a biodiversidade, contudo existe uma escassez de estudos que consideram a evolução genômica na região Neotropical. Um excelente modelo para compreender a evolução de genomas nessa região é o grupo saltans de Drosophila, devido às espécies apresentarem diferentes graus de especiação. O objetivo principal deste projeto é produzir uma filogenia robusta e avaliar a evolução do genoma para o grupo saltans. Pela primeira vez, dados genômicos serão utilizados para descrever o padrão de uso de códons do grupo saltans, considerando que a literatura indica que este grupo não apresenta o padrão visto para subgênero Sophophora. Três forças principais que podem estar contribuindo para o viés de uso de códons serão investigadas, sendo elas, viés mutacional, pressão de seleção e deriva. Também será avaliado se o tamanho avantajado dos edeagos das espécies do subgrupo elliptica é um excepcionalidade na família Drosophilidae. A base genética da genitália masculina será avaliada por análise transcriptômica utilizando subestruturas da genitália masculina em desenvolvimento. Os resultados esperados do presente projeto são: gerar uma filogenia robusta do grupo saltans, verificar se a falta de viés de uso de códons é um padrão genômico das espécies neotropicais de Sophophora e quais os processos que contribuíram para o padrão observado. Verificar se o tamanho dos edeagos das espécies do subgrupo elliptica é raro e uma exceção dentro da família Drosophilidae. E finalmente obter uma lista de genes candidatos relacionados com a rápida evolução do edeago nas espécies do grupo saltans.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Lilian Madi-Ravazzi [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/2751372536922325 | UNESP-IBILCE |

| "Carolina Prediger":lattes.cnpq.br/7634056822938977 | UNESP-IBILCE |

| "Bruna Emília Roman":lattes.cnpq.br/4038210156453501 | UNESP-IBILCE |

h3. Padrões reprodutivos, comportamentais e genômicos em Ceriantharia (Cnidaria): um passo para a compreensão da evolução marinha

*Descrição do Projeto*

Os padrões evolutivos em Metazoa são muitas vezes muito difíceis de serem compreendidos. Em grande parte, as linhagens são influenciadas pelas diversas possibilidades de ciclo de vida e isso é especialmente relevante em organismos marinhos. Dentre esses, um dos principais grupos de interesse é Cnidaria em decorrência das múltiplas variações de ciclo de vida encontradas nas espécies. Ainda assim, neste filo a subclasse Ceriantharia se destaca com padrões bastante diferenciados e algumas alternativas que são exclusivas dentre o grupo sem águas-vivas, Anthozoa. A ausência de informações relacionadas com as possibilidades do ciclo de vida, variações moleculares e comportamentais das espécies do grupo acabam restringindo discussões evolutivas e conduzindo a problemas de taxonomia em diversas linhagens. Baseado no cenário acima, o presente projeto tem como enfoque abordar aspectos do ciclo de vida de diferentes espécies de Ceriantharia com a descrição dos estágios do desenvolvimento e suas variações morfológicas e moleculares via dados de transcriptomas. Além disso, descrever a microbiota associada aos diferentes estágios do ciclo de vida. Outro enfoque será a apresentação de dados genômicos de espécies de Ceriantharia com a utilização de sequenciamento de terceira geração. Outra abordagem será o estudo do comportamento alimentar via metagenômica do conteúdo estomacal e também filmagens para reconhecimento de padrões alimentares. Apoiado nos objetivos acima, o presente projeto deverá apresentar diversos resultados relacionados com a descrição de ciclos de vida de diferentes espécies, dados sobre variações no desenvolvimento larval, descrição e anotação de genomas e informações sobre atuação trófica de diferentes espécies. Desta maneira, os resultados desse projeto serão uma importante contribuição para amplas discussões sobre evolução marinha.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Sérgio Nascimento Stampar [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/4152199471458387 | FC/BAURU |

| "Celine Lopes da Silva Santos":http://lattes.cnpq.br/2526378792143180 | FC/BAURU |

| "Gabriel Giorge da Costa":http://lattes.cnpq.br/0055343101401063 | FC/BAURU |

| "Maximiliano Manuel Maronna":http://lattes.cnpq.br/6102540511441668 | IB/USP |

h3. Terapia probiótica personalizada na redução do risco de doenças relacionadas à disbiose

*Descrição do Projeto*

A microbiota intestinal apresenta íntima relação com a homeostase do sistema imune e a alteração em sua composição está envolvida na gênese de diferentes doenças inflamatórias. O consumo de probióticos é uma estratégia que vem sendo utilizada para modificar de forma benéfica a microbiota de indivíduos portadores de doenças crônicas. Entretanto, tais abordagens apresentam limitações, como a resiliência intestinal, a aceitação do paciente e a discrepância de resultados. Considerando a especificidade da microbiota humana, o objetivo do presente estudo é obter um banco de células probióticas personalizado (individualizado) e avaliar o efeito dessa abordagem na prevenção e tratamento de doenças relacionadas à disbiose. O projeto será dividido em três subprojetos: A) Otimização da seleção de cepas potencialmente probióticas para terapia personalizada; B) Avaliação do efeito da terapia personalizada na prevenção da colite induzida por Dextran Sulfato de Sódio (DSS); C) Avaliação do efeito da terapia personalizada no tratamento da obesidade e suas conseqüências. No subprojeto A será realizado o isolamento e a caracterização das cepas para o tratamento personalizado nos subprojetos B e C. As cepas serão isoladas de material fecal de cada doador (n=5) por plaqueamento em meios seletivos e caracterizadas por RAPD-PCR, coloração de Gram, teste de resistência a antibióticos e sequenciamento do gene 16S rRNA (Illumina MiSeq). As cepas selecionadas serão armazenadas em um banco de microbiota individualizado. Nos subprojetos B e C serão utilizados camundongos Swiss (Unib: SW) (n=10), livres de patógenos específicos, que receberão inicialmente um coquetel de antibióticos para depletar a microbiota e, posteriormente, serão recolinizados com a microbiota dos voluntários do subprojeto A (um voluntário doará material fecal para colonizar dois animais de cada experimento). Após a indução da colite (DSS – 3%) e da obesidade (dieta hiperlipídica), os animais serão tratados com as cepas isoladas das amostras fecais utilizadas para recolonização da microbiota (tratamento personalizado). Os parâmetros a serem avaliados incluem: variação ponderal, composição da microbiota fecal (sequenciamento), perfil de citocinas (ELISA) e de outros marcadores inflamatórios, alterações histológicas (cólon e adipócitos) e perfil de ácidos graxos de cadeia curta. Com o desenvolvimento desse projeto pretende-se mostrar que a restauração da microbiota comensal é capaz de reduzir os sintomas e o desenvolvimento de doenças, cuja gênese inclui a disbiose e que a eficácia da terapia personalizada com probióticos apresenta efeitos superiores ao da abordagem tradicional.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Daniela Cardoso Umbelino Cavallini [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/4631598241372861 | UNESP - Araraquara |

| "Maria Jara Montibeller":http://lattes.cnpq.br/5685101704038327 | UNESP |

| "Jaqueline Galiardo":http://lattes.cnpq.br/4671418554147254 | UNESP |

| "Amanda Ascanio":http://lattes.cnpq.br/2245359641234936 | UNESP |

| "Eliane Vale da Silva":http://lattes.cnpq.br/4216145968916615 | UNESP |

| "Daniel Rodrigues Cardoso":http://lattes.cnpq.br/6036407972884077 | USP |

| "Luis Carlos Spolidorio":http://lattes.cnpq.br/2640929291808415 | UNESP |

h3. Sistemática molecular e filogenômica de aranhas da Infraordem Mygalomorphae

*Descrição do Projeto*

As aranhas Mygalomorphae estão atualmente divididas em 31 famílias, sendo que 15 delas ocorrem no território brasileiro. As aranhas migalomorfas apresentam grande uniformidade morfológica, o que ocasiona grande dificuldade no estabelecimento de caracteres e, consequentemente, nas homologias. Ademais, os métodos tradicionais de delimitação de espécies são baseados em morfologia e, em muitas situações, apenas um sistema de características é utilizado, estando restrito a pequenos detalhes, que muitas vezes, são difíceis de quantificar. As migalomorfas apresentam uma limitada capacidade de dispersão, são geralmente sedentárias e com grande fidelidade ao local de estabelecimento do refúgio. Todos esses ingredientes tornam o reconhecimento de espécies e estudos de relacionamento filogenético tarefas bastante desafiadoras, que exigem a integração de diferentes linhas de evidência. Além disso, a baixa capacidade de dispersão torna essas aranhas susceptíveis a divergência populacional e, em última instância, à especiação por vicariância ou divergência parapátrica, constituindo objetos para estudos biogeográficos. Estudos recentes com opiliões e anuros apontam a porção sul e sudeste da Mata Atlântica como um grande mosaico de áreas de endemismo. Buscamos compreender a significância de caracteres morfológicos e moleculares em estudos de sistemática para Mygalomorphae, versando sobre o limite entre as espécies e como se integram as duas linhas de evidência, além de contribuir para o conhecimento acerca da evolução da biota da Mata Atlântica da região em questão. Para tal, destaco alguns gêneros, que apresentam distribuições coincidentes na Mata Atlântica das regiões Sul e Sudeste do Brasil, e que serão explorados com o desenvolvimento da presente proposta: Vitalius Lucas, Silva e Bertani, Grammostola Simon, Rachias Simon, Homoeomma Ausserer, Prorachias Mello-Leitão e Pycnothele Chamberlin. Cada um dos gêneros incluídos no projeto será abordado sob os contextos morfométrico, molecular e biogeográfico. Dessa forma, a intenção é engajar alunos de graduação, pós-graduação e pesquisadores, para que cada um deles desenvolva seus estudos em temas específicos e contribuam com o grupo que será formado (estabelecimento do Laboratório de Sistemática de Aranhas - UNESP Rio Claro). Esperamos gerar dados para publicações acerca da sistemática dos grupos estudados, da delimitação de espécies nessas aranhas e do uso de caracteres contínuos e morfométricos nas migalomorfas, bem como criar os subsídeos para estudos de biogeografia e futuros estudo moleculares (coleção de tecidos).

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "José Paulo Leite Guadanucci [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/9719525869700761 | Unesp/Rio Claro |

| "Rafael da Fonseca Ferreira":http://lattes.cnpq.br/8553660369025460 | Unesp |

| "Millke Jasmini Arminini Molares":http://lattes.cnpq.br/0939359621293692 | Unicamp |

| "Arthur Galleti Lima":http://lattes.cnpq.br/1965169650236506 | Unesp |

h3. Predizendo sombras de sementes em diferentes contextos ambientais: uma abordagem da modelagem para um frugívoro arbóreo

*Descrição do Projeto*

A dispersão endozoocórica de sementes mantem a estrutura e dinâmica de florestas, sendo um processo central na manutenção da biodiversidade de florestas tropicais. Neste cenário, primatas Neotropicais tem papel central ao dispersar sementes ao longo de suas áreas de vida. Entretanto, os altos níveis de degradação e fragmentação do hábitat destes primatas resultaram em fragmentos florestais de diferentes tamanhos e formas e com diferentes distribuições de recursos, levando à uma possível alteração do papel funcional dos mesmos como dispersores de sementes. Apesar do aumento do número de estudos sobre dispersão de sementes por primatas durante as últimas décadas, ainda é incerto como o serviço de dispersão de sementes será afetado por características locais dos fragmentos. Recentemente, no entanto, o desenvolvimento de modelos baseados em agente (IBM) capazes de predizer o movimento dos primatas e as sombras de sementes resultantes abriram novas perspectivas. O mico-leão-preto, (Leontopithecus chrysopygus ou BLT), é um efetivo dispersor de sementes endêmico da Mata Atlântica. Seu hábitat está entre os mais fragmentados entre as espécies de primatas Neotropicais. Neste estudo, propomos o uso de IBM para testar como o serviço de dispersão de nossa espécie modelo - o BLT -, é afetado pelo contexto ambiental local. Especificamente, propomos 1) validar um IBM já desenvolvido, capaz de simular a dispersão espacial das sementes (a sombra de sementes) gerada pelo BLT em três diferentes contextos ambientais (floresta contínua, fragmento compacto e mata ciliar); e 2) testar o efeito do tamanho, forma do fragmento e distribuição de recursos na sombra de sementes. Esperamos que a distância média de dispersão (SDD) aumente conforme (1) o tamanho do fragmento aumente como efeito indireto do aumento da área de vida e (2) os fragmentos se tornam mais lineares (como em matas ciliares), e (3) que a sombra de sementes diminua (menor área de dispersão, menor SDD) conforme aumente o grau de agrupamento de recursos.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Laurence Marianne Vincianne Culot [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/7433933426721415 | Unesp/Rio Claro |

| "Eduardo Miguel Zanette Correia":http://lattes.cnpq.br/9916816146000799 | Unesp/Rio Claro |

| Ronald Bialozyt | Nordwestdeutschen Forstlichen Versuchsanstalt, Göttingen |

| Eckhard W. Heymann | Deutsches Primatenzentrum, Göttingen |

h3. Análise Filogenética em Anthurium sect. Urospadix Engl. emend. Temponi, Nadruz, Croat & Carlsen (Araceae)

*Descrição do Projeto*

Araceae possui aproximadamente 3.400 espécies, distribuídas pelas Américas Tropical e do Norte. O gênero Anthurium Schott é o maior da família, pertencente à subfamília Pothoideae, com 950 espécies e no Brasil é representado por 155 espécies, das quais 123 são endêmicas. É monofilético e reúne 19 seções, porém com muitas discordâncias nessas classificações infragenéricas, pois são baseadas geralmente em caracteres morfológicos foliares. Apenas cinco destas seções ocorrem no Brasil, das quais Anthurium sect. Urospadix Engl. se destaca por reunir a grande maioria das espécies endêmicas para o Brasil. As espécies de Anthurium sect. Urospadix podem ser reconhecidas por possuírem entrenós curtos, catafilos e profilos na maioria das vezes decompostos e nervação broquidódroma. Este projeto propõe ampliar os estudos filogenéticos para 40 espécies desta seção de Anthurium, com a aplicação de uma metodologia inovadora de extração de DNA genômico, conhecida como sequenciamento de nova geração (NGS). O DNA já foi extraído no Missouri Botanical Garden, e com a chegada dos sequenciamentos se faz necessário o uso de um cluster, já que é gerado uma grande quantidade de dados, bem como as análises demandam de tempo e espaço de processador. Os resultados que serão obtidos com esse projeto, além das resoluções dentro do grupo, também potencializam a já estabelecida parceria com pesquisadores internacionais.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Julio Antonio Lombradi [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/3102516580176991 | Unesp/Rio Claro |

| "Janaine K. Hammes":http://lattes.cnpq.br/1423461175849933 | Unesp/Unioeste |

| Monica Carlsen-Krause | Missouri Botanical Garden-St. Luis |

| "Lívia Godinho Temponi":http://lattes.cnpq.br/6073829585718937 | Unesp/Unioeste |

h3. Filogenômica e caracterização genômica de algas vermelhas continentais da ordem Batrachospermales (Rhodophyta)

*Descrição do Projeto*

Informações atualmente disponíveis sobre a organização genômica das algas vermelhas continentais da ordem Batrachospermales são esparsas e a classificação no nível família de representantes desta ordem não está bem resolvido. O projeto propõe análise filogenômica e caracterização genômica de genomas de plastídios desse grupo de algas vermelhas. Os resultados gerados permitirão testar as seguintes hipóteses: 1) os genomas serão altamente conservados, de acordo com outros membros da Florideophyceae em geral e mais particularmente de Nemaliophycidae; outras características deverão ser encontradas, como genomas grandes, com um alto número de genes que codificam proteínas, ambos dentro o intervalo relatado para Florideophyceae e mais semelhante aos grupos mais próximos, como Nemaliales; 2) os dados atualmente disponíveis não permitem definir clados distintos dentro da ordem, razão pela qual apenas uma família é reconhecida no esquema atual; análises filogenômicas deverão revelar dois ou mais grupos bem suportados, que associados com características morfológicas vegetativas e reprodutivas, permitirão uma nova e melhor reorganização de gêneros e famílias; 3) a inclusão de maior número de táxons de Batrachospermales nas análises permitirá melhor entendimento da relações filogenéticas entre as ordens de algas exclusivamente continentais (Batrachospermales, Thoreales e Balbianiales) dentro da subclasse Nemaliophycidae. Para testar essas hipóteses, o os seguintes objetivos são propostos: (i) descrever as características dos genomas plastidiais de gêneros e espécies-chave na ordem e comparação com os genomas de outros grupos de algas vermelhas; ii) inferir as relações filogenéticas entre esses membros, a fim de esclarecer a classificação dentro da ordem; iii) aplicar os dados para levantar possíveis explicações para a transição de habitats marinhos para continentais. O estudo proposto contempla aspectos de grande relevância: a) é uma ampla investigação de filogenômica e caracterização genômica do grupo mais representativo de rodófitas continentais; 2) fornecerá valiosos subsídios para análises filogenômicas comparativas da ordem Batrachospermales com outros grupos de Rhodophyta, especialmente Nemaliophycidae; isso tornará possível refinar as relações filogenéticas dentro da subclasse; 3) fornecerá um conjunto bem amplo e representativo de dados para avaliação mais geral sobre a transição de ambientes marinhos para ambientes continentais em membros da ordem, bem como as possíveis relações com outras ordens exclusivamente continentais com genomas já sequenciados (Balbianiales e Thoreales).

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Orlando Necchi Júnior [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/8973982859569408 | UNESP/IBILCE, S. José Rio Preto |

| "Nadia Martins Lemes da Silva":http://lattes.cnpq.br/7951516189324744 | Unesp |

| "Yasmin Maria da Silva Lopes":http://lattes.cnpq.br/6955629683724497 | Unesp |

| "Monica Orlandi Paiano":http://lattes.cnpq.br/8567189084974851 | Unesp |

h3. Análises filogenômicas, biogeográficas, e macroevolutivas na subfamília Papilionoideae (Leguminosae)

*Descrição do Projeto*

A família Leguminosae é a terceira mais diversa do planeta e a maior em número de espécies do Brasil. Em Leguminosae, a subfamília Papilionoideae destaca-se por ser a mais importante economicamente, com diversas espécies com relevância nos campos da alimentação (ex. Soja, Feijão) e ornamentação (ex. Strongylodon, Mucuna, Tipuana). Ecologicamente, esta subfamília é extremamente importante pelo papel que cumpre na fixação do nitrogênio atmosférico através da associação com bactérias do gênero Rhyzobium. A grande diversidade de Papilionoideae na América do Sul possibilita a testagem de padrões biogeográficos e evolutivos a partir de análises moleculares aliadas a bancos de dados curados por especialistas. Neste projeto, objetivamos utilizar linhagens de Papilionoideae como modelo para compreender a evolução, adaptação e biogeografia de seres vivos dos diferentes biomas da América do Sul. Para tanto, o genoma de táxons da subfamília Papilionoideae será sequenciado, especialmente do clado Adesmia (tribo Dalbergieae) e de Eriosema (tribo Phaseoleae) por meio da estratégia de “captura de sequências direcionadas” (targeted capture) - NGS, e o sequenciamento das amostras será feito na plataforma Illumina HiSeq 2500. As sequências serão filtradas, avaliadas em relação à qualidade, e potenciais parálogos serão identificados. Sequências gênicas serão alinhadas, e árvores filogenéticas serão inferidas utilizando Máxima Verossimilhança. Um banco de dados será curado por especialistas, e comportará dados de distribuição geográfica das espécies assim como dados de morfologia externa, anatomia e ontogenia floral. Análises biogeográficas e macroevolutivas serão realizadas e os caracteres ancestrais e tempo de divergência serão inferidos por análises utilizando o pacote Phytools (R) e no BEAST v.2.5.2, respectivamente. Os dados serão utilizados para abordar questões biogeográficas e evolutivas, sistemáticas e taxonômicas, e em relação à biologia estrutural.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Ana Paula Fortuna Perez [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/5987587517670834 | UNESP-IBB |

| "Thiago Cobra e Monteiro":http://lattes.cnpq.br/5019400191844842 | UNESP-IBB |

| "Elisa Silva Cândido":http://lattes.cnpq.br/7148000409893324 | Instituto de Pesquisa do Jardim Botânico do Rio de Janeiro |

| "Annelise Frazão Nunes":http://lattes.cnpq.br/8609534560256320 | UNESP-IBB |

| "Carolina Moriani Siniscalchi":http://lattes.cnpq.br/4705179817460683 | Mississippi State University |

| "Rafaela Jorge Trad":http://lattes.cnpq.br/7597890755708425 | Royal Botanic Garden of Edinburgh |

| "Vidal de Freitas Mansano":http://lattes.cnpq.br/5618078551561118 | Instituto de Pesquisa do Jardim Botânico do Rio de Janeiro |

h3. Efeito da infecção de neutrófilos com Leishmania infantum na metilação do DNA em humanos

*Descrição do Projeto*

A  leishmaniose é uma doença endêmica, comum em regiões pobres de países em desenvolvimento. É a parasitose responsável pela segunda maior taxa de mortalidade, e em sua forma visceral, quando causada pelo protozoário Leishmania (Leishmania) infantum (syn. chagasi), pode ser fatal se não tratada. Sintomas comuns incluem febre, anorexia, perda de peso, distensão abdominal e fraqueza, além das clássicas manifestações clínicas de espleno e hepatomegalia. Aproximadamente 350 milhões de pessoas vivem em áreas de risco, sendo que entre os anos de 2001 e 2017, somente no estado de São Paulo, 3472 casos foram notificados. Dentre os hospedeiros vertebrados há uma grande variedade de mamíferos, sendo que a transmissão ocorre principalmente através da picada de vetores flebotomíneos do gênero Lutzomyia. A resposta imune inata é crucial na fase inicial da infecção, os neutrófilos são as primeiras células recrutadas, seguida pelos macrófagos. Os parasitas utilizam os neutrófilos como abrigo seguro e transitório, para posteriormente invadirem os macrófagos, onde são capazes de replicar. Após a apresentação dos antígenos aos linfócitos Th Cd4+ podem ser ativados dois tipos diferentes de resposta imune adaptativa, a ativação de Th1 com desenvolvimento da resposta celular ou ativação de Th2 com o desenvolvimento da resposta humoral favorecendo a sobrevivência do patógeno. Assim como ocorre nos processos fisiológicos, os processos patológicos são intensamente regulados por mecanismos epigenéticos, garantindo uma regulação tempo-tecidual da expressão gênica. As mudanças epigenéticas são dinâmicas, podendo agir concomitante ou separadamente, e desenvolvendo papel essencial em processos de modulação imune. A metilação do DNA interfere na expressão de genes através de dois mecanismos, no mecanismo direto, por intermédio de uma barreira física; e no indireto, age recrutando proteínas correpressoras e histonas desacetilases, que condensam o DNA, causando silenciamento do gene. Considerando a importância da metilação durante processos fisiológicos e patológicos e a altas taxas de mortalidade e morbidade da leishmaniose devido ao tratamento ineficaz, o presente estudo visa elucidar o diálogo hospedeiro/parasita durante a infecção por L. (L.) infantum (syn. chagasi), bem como associar possíveis alterações nos padrões epigenéticos com o controle da expressão gênica deste tipo celular em um modelo in vitro.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Flávia Lombardi Lopes [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/2957834927297648 | FMVA/Unesp |

| "Juliana de Souza Felix":http://lattes.cnpq.br/3076549986018042 | FMVA/Unesp |

| "Matheus Fujimura Soares":http://lattes.cnpq.br/7425226793184282 | FMVA/Unesp |

| "Amanda de Oliveira Furlan":http://lattes.cnpq.br/5664628011330342 | FMVA/Unesp |

h3. Explorando a metamorfose patogênica de Escherichia coli do sorotipo O3H2 associada às infecções humanas

*Descrição do Projeto*

Escherichia coli patogênica é subdivida de acordo com o tipo de doença que causam em E. coli diarriogênica (ECD), associada a infecções intestinais, e E. coli extra intestinal (ExPEC), que causa várias infecções dentre as quais podemos destacar: infecção do trato urinário (ITU), sepse e meningite. Dentre os patotipos de ECD, destacam-se a E. coli enteropatogênica (EPEC) e E. coli enteroagregativa (EAEC) que são os mais frequentemente isolados de casos de infecções do trato gastrointestinal no Brasil. Entre os principais determinantes genéticos de isolados de EPEC estão a ilha de patogenidade cromossomal locus of enterocyte effacement (região LEE) e o operon bfp (bundle-orming  pilus), utilizado para subdividir os isolados de EPEC em típicos (bfp + ) e atípicos (bfp - ). EAEC alberga o plasmídio de aderência agregativo (pAA), onde estão localizados diversos fatores de virulência, como os genes que modificam proteínas necessárias para a biogênese das fímbrias de aderência agregativa (AFF/I-AAF/IV). Recentemente, nosso laboratório relatou um surto de diarreia, ocorrido no Brasil, devido a um isolado híbrido de aEPEC/EAEC  pertencente ao sorotipo O3:H2. Ao olharmos mais cuidadosamente para o sorotipo O3:H2, um estudo recente mostrou que o protótipo de EAEC 17-2 alberga marcadores genéticos de ExPEC e foi capaz de causar ITU em modelo experimental in vivo. Frente ao exposto, dividimos os objetivos desse estudo em dois ramos centrais: (1) comparar a similaridade genética entre os isolados envolvidos no surto de diarreia, aEPEC, EAEC e híbrido de aEPEC/EAEC, pertencente ao sorotipo O3:H2, e (2) analisar a similaridade genética dos isolados de E. coli do sorotipo O3:H2 circulantes no Brasil, obtidos de infecções intestinais (sintomáticas ou assintomáticas) e ITU, com os isolados envolvidos no surto de diarreia. Além disso, avaliaremos a influência de AAF/I do híbrido de aEPEC/EAEC nos fenótipos de EAEC. Após a classificação desses isolados nos distintos grupos patogênicos de E. coli, isolados representativos de cada grupo patogênico serão sequenciados e avaliados in silico, com foco na similaridade genética da região LEE entre os isolados de aEPEC e híbridos de aEPEC/EAEC, e, no operon que codifica AAF/I e seu regulador entre os isolados de EAEC e híbridos de aEPEC/EAEC. Para todos os isolados sequenciados serão realizadas análises classificatórias e filogenéticas, bem como será determinado o pan e o core genomas desses isolados. Tal abordagem nos permitirá melhor compreender a plasticidade genômica de isolados de E. coli do sorotipo O3:H2, bem como a influência desses perfis genéticos na sua patogenicidade.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Rodrigo Tavanelli Hernandes [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/8376974115598584 | UNESP/Botucatu |

| "Daiany Ribeiro Paz de Lira":http://lattes.cnpq.br/8994638893492242 | UNESP |

| "Enéas de Carvalho":http://lattes.cnpq.br/8416275144930466 | Instituto Butantan |

| "Iranildo do Amarante Fernandes":http://lattes.cnpq.br/0196436156690530 | UNESP |

| "Bruna Mendes Luiz":http://lattes.cnpq.br/2483359924960109 | UNESP |

| "Guilherme Frizzarin Ramalhães de Souza":http://lattes.cnpq.br/4998519388770459 | UNESP |

| "Beatrice Di Virgilio Lopes Souza":http://lattes.cnpq.br/5090633955270686 | UNESP |

| "Luísa Pereira":http://lattes.cnpq.br/2272530183186844 | UNESP |

h3. Associação de caracteres citogenéticos e ecológicos em Orchidaceae

*Descrição do Projeto*

A existência de associações entre os caracteres citogenéticos, em especial a ploidia, e as características ecológicas, como a colonização de ambientes extremos e o hábito, foi inicialmente proposta a quase um século, mas ainda hoje são poucos os estudos que avaliam se tais associações representam tendências gerais em plantas ou são resultados de casos pontuais. As mudanças cromossômicas afetam o tamanho de genoma, outro caracter repetidamente associado com mudanças ecológicas e a diversificação dos táxons, porém aqui novamente esbarra-se no baixo suporte analítico. Em todos os casos, as análises integrando dados citogenéticos e ecológicos dependem obrigatoriamente de um background evolutivo que só pode ser oferecido por hipóteses filogenéticas robustas. Além disso, todas as análises dependem a escolha de um grupo vegetal com alta diversidade nos caracteres citogenéticos e ecológicos, como

Orchidaceae, uma família amplamente distribuída, com grande variabilidade de habitats e com ampla variação de número cromossômico e de tamanho de genoma. Desta forma, o presente projeto visa investigar o papel das mudanças cromossômicas e das sequências repetitivas na evolução de Orchidaceae realizando estudos em três frentes de trabalho: testar se há associação entre os caracteres citogenéticos e o ecológicos empregando a maior subfamília de Orchidaceae, Epidendroideae, testar o papel da variação do tamanho de genoma na diversificação de populações de E. denticulatum e, por fim, testar o potencial informativo do repetoma em Scuticaria. Tanto E. denticulatum como as espécies de Scuticaria apresentam diferenciação entre biomas e a diferenciação do repetoma entre biomas será foco destes subprojetos. Assim, a presente proposta pretende revisitar hipóteses tradicionais, porém com análise mais robustas e consistentes que permitam identificar padrões gerais que possam ser aplicados a plantas.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Ana Paula de Moraes [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/5224663681476019 | UNESP/Botucatu |

| "José Juliano Amorim Silva":http://lattes.cnpq.br/6000687478469359 | UFABC |

| "Ana Carolina Humberto":http://lattes.cnpq.br/5877462202594678 | UFABC |

| "Irene de Fátima Vieira de Moraes":http://lattes.cnpq.br/2477120680264485 | UFABC |

| "Roseane Rodrigues dos Santos":http://lattes.cnpq.br/7256243022983876 | UFABC |

| "Samara Evangelista da Silva":http://lattes.cnpq.br/8354614493506792 | UFABC |

h3. Sondas Fluorescentes e Dicróicas: Estudo e Desenvolvimento de Metodologias Bioanalíticas

*Descrição do Projeto*

Quem trabalha em pesquisa e desenvolvimento na área biomédica se depara constantemente com a necessidade de buscar o marcador fluorescente adequado ao processo celular em estudo. Marcadores de via de sinalização celular, sondas para potencial de membrana em mitocôndria, nucleotídeos marcados, sondas para espécies reativas de oxigênio, são alguns exemplos de um universo crescente de sondas fluorescentes conjugadas ou não com anticorpos, plasmídeos etc., que podem ser buscadas em catálogos comerciais. Este projeto enquadra-se neste campo, pois propõe a síntese, elucidação de interações entre micro e macromoléculas e desenvolvimento de novas aplicações envolvendo moléculas fluorescentes. Especificamente: i) Síntese e estudos de aminoquinolinas. Usaremos esta classe de compostos para três propósitos, sendo eles: sonda para detectar a atividade enzimática da enzima mieloperoxidase, sonda para determinação de carga elétrica em micelas e sonda para DNA. ii) Síntese e estudo de azapentalenos fluorescentes para determinação da formação de agregados amilóides. iii) Aplicação de coumarinas fluorescentes para estudo de sítios de ligação em albumina por quenching via transferência eletrônica fotoinduzida (PET). iv) Estudos solvatocrômicos com a sonda de laser 4-(dicianodometileno) -2-metil-6-(4-dimetilaminostiril)-4H-pirano DCM) para determinação de constante dielétrica no interior de proteína e detecção de agregados amiloides. v) Sondas sensíveis a dicroísmo circular induzido. Trata-se da indução de quiralidade em moléculas aquirais pela interação dessas com microambientes quirais (interior de proteínas por exemplo). Em específico, usaremos compostos bifenílicos como os corantes xantênicos. Em todos os subprojetos citados acima, os quais envolvem interações entre ligantes e macromoléculas, ferramentas computacionais serão utilizadas para elucidações dos mecanismos. Particularmente, técnicas de docagem molecular e dinâmica molecular serão aplicadas com estes objetivos.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Valdecir Farias Ximenes [Coordenador]":https://lattes.cnpq.br/4066413997908572 | Unesp/Bauru |

| "Ana Paula Povinelli":http://lattes.cnpq.br/2537175802357355 | Unesp |

| "Nathalia Mariana Pavan":http://lattes.cnpq.br/8978204784397655 | Unesp |

| "Gabriel Zazeri":http://lattes.cnpq.br/4523821762412955 | Unesp |

h3. Genômica estrutural e funcional de vírus, bactérias e eucariotos

*Descrição do Projeto*

A genômica estrutural tem como objetivo análises e anotaçōes dos genomas, enquanto que a genômica funcional tem como objetivo estudar o funcionamento das diversas sequencias do genoma. O grupo SBGL tem focado na área de genômica estrutural e funcional desde 2014 nos mais variados organismos, incluindo vírus, bactérias e eucariontes, tendo como finalidade o estudo da saúde humana e bioenergia. Atualmente, o grupo tem centrado seus estudos na saúde humana realizando análises OMICAs, integraçāo de dados e utilizando biologia de sistemas. Dentre os projetos realizados, estão incluído as análises de genomas e transcriptomas de pacientes pediátricos acometidos por infecções virais com a integração de dados de RNA-Seq, single cell RNA-Seq e redes biológicas, construção e anotação de genomas de bactérias multi-resistentes, os quais acometem pacientes em diversos hospitais pelo mundo e um projeto de montagem e anotação do genoma de Leischmania, os quais causam a leischmaniose. Os projetos mencionados necessitam de uma estrutura computacional que o grupo nāo possui.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Guilherme Targino Valente [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/2166321984946344 | Unesp/Botucatu |

| "Ana Beatriz Rodrigues":http://lattes.cnpq.br/5514688718156948 | Unesp |

| "Matheus Sauda":https://lattes.cnpq.br/2090599102944307 | Unesp |

h3. História evolutiva de populações de Eucalyptus urophylla S. T. Blake: uma abordagem usando teoria da coalescência

*Descrição do Projeto*

O Eucalyptus urophylla S. T. Blake é uma das espécies mais relevantes para o melhoramento florestal no Brasil. No entanto, até o momento, falta um entendimento aprofundado sobre a diversidade genética disponível no país, como resultado de processos histórico-evolutivos mais antigos ocorridos para a espécie. Assim, o objetivo desta pesquisa será analisar a diversidade genética, a estrutura populacional e o histórico evolutivo de materiais genéticos de E. urophylla introduzidos no Brasil. Serão utilizados métodos demográficos baseados na teoria da coalescência, utilizando-se uma amostra de 1549 indivíduos oriundos de 23 origens/procedências, localizadas em cinco das sete ilhas da Indonésia e no Brasil. Primeiramente, os indivíduos serão genotipados para aproximadamente 5 mil SNPs. Serão utilizados métodos demográficos coalescentes, considerando diferentes cenários evolutivos, baseados em abordagens aproximadas, tais como Approximate Bayesian Computation (ABC) e Site Frequency Spectrum (SFS). Tais abordagens possibilitarão o uso de todos os dados moleculares para as análises propostas neste projeto, algo que não seria possível com os métodos tradicionais de coalescência. Em geral, serão obtidas estimativas de mutação, tamanho efetivo populacional, fluxo gênico e seleção. O propósito será obter informações detalhadas sobre a diversidade genética dentro e entre as origens/procedências de E. urophylla e sobre sua história evolutiva, por meio da ocorrência de eventos evolutivos (mutação, fluxo gênico, deriva genética), buscando inferir sobre o potencial das populações para conservação e seleção/melhoramento genético. Estudos genômicos adicionais com essas origens/procedências também serão conduzidos.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Evandro Vagner Tambarussi [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/3021997145272130 | Unesp/Botucatu |

| "Dandara Yasmim Bonfim de Oliveira Silva":http://lattes.cnpq.br/0590440452925137 | Unesp/Botucatu |

| "Guilherme Ferreira Melchert":http://lattes.cnpq.br/3652976568062577 | Unesp/Botucatu |

| "Filipe Manoel Ferreira":http://lattes.cnpq.br/4384041306911512 | Unesp/Botucatu |

| "Helder Lucas do Nascimento Silva":http://lattes.cnpq.br/9020237907470279 | Unesp/Botucatu |

h3. "Ômicas" e filogenômica para estudo de fungos

*Descrição do Projeto*

Estimativas vigentes sobre o número de espécies de fungo existentes no planeta variam de 3 a 6 milhões de espécies, contudo, apenas cerca de 150.000 foram formalmente descritas. Esta enorme disparidade é uma lacuna no conhecimento sobre a diversidade e ecologia dos fungos, bem como do potencial destes para o bem-estar do homem. Contudo, a diversidade dos fungos é constantemente ameaçada. Devido aos impactos das mudanças climáticas, muitas espécies de fungos foram extintas sem mesmo a chance de poder descrevê-las. Em conjunto com as mudanças climáticas, o impacto do homem no uso e fragmentação de habitats naturais amplificam o problema da perda de espécies. Portanto, é imprescindível utilizar ferramentas que permitam os micologistas acessarem rapidamente a diversidade e papel dos fungos. Com auxílio de computadores potentes, os micologistas podem rapidamente inferir árvores filogenéticas para estudar a diversidade desses organismos. Ainda, é possível inferir árvores filogenômicas (com elevado suporte estatístico) utilizando conjuntos de dados massivos. Utilizando técnicas genômicas, é possível revelar o potencial de qualquer nova espécies e estimar o valor bioeconômico. Neste estudo pretendemos utilizar diferentes softwares para montagem de genomas para realizar filogenômica, bem como diversas outras análises para verificar a potencial função dos genomas. Para tanto, é necessário o uso do cluster da UNESP para tonrar essas análises viáveis, em termos computacionais. Para ganhar um melhor entendimento sobre ao papeis funcionais dos fungos, nós temos a intenção de explorar os metabólitos (metabolômica_ e genes ativamente expressos em diferentes situações (metatranscriptomas), por exemplo, quando os fungos estão associados com seus hospedeiros ou quando em cultura artificial. Em conjunto, estas ferramentas irão auxiliar no entendimento da evolução de espécies específicas ou de grupos taxonômicos mais amplos de fungos, bem como entender melhor a ecologia destes.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "André Rodrigues [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/8538509657578022 | Unesp/Rio Claro |

| "Pepijn Wilhelmus Kooij":https://lattes.cnpq.br/7106128657289394 | Unesp/Rio Claro |

| "Matheus Custodio Sarkis Cardozo":https://lattes.cnpq.br/8451648000041232 | Unesp/Rio Claro |

| "Stéfany Rodrigues":http://lattes.cnpq.br/8493579862210626 | Unesp/Rio Claro |

h2. Biofísica

h3. Biofísica Computacional 

*Descrição do Projeto*

Neste projeto utilizamos técnicas de simulação computacional pra investigar sistemas biológicos. Em três áreas distintas: dinâmica molecular, métodos de Monte Carlo aplicado á física medica e simulação e caracterização de redes biológicas. No primeiro subprojeto nós utilizamos simulações de dinâmica computacional e técnicas de docking molecular para investigar a estrutura, a dinâmica de proteínas de interesse e suas interações com compostos de baixo peso molecular.

O método de Monte Carlo é uma poderosa estratégia para simulações em física computacional. Na física médica, esta técnica tem sido extensivamente usada em especial para cálculo da dose depositada em materiais, possuindo aplicações em diagnóstico, tratamento e desenvolvimento de novas abordagens para o tratamento de câncer. O objetivo deste subprojeto é simular a produção e detecção de fótons de raios X na faixa de energia do radiodiagnóstico, para alvo de molibdênio utilizando o software Geant4. As simulações deverão explorar o paralelismo de um agregado de computadores disponível em nosso laboratório. desenvolvimento de técnicas de alta produção de dados está transformando a biologia em uma disciplina rica em dados.

No último subprojeto nós consideramos redes biológicas integradas que incluem interações gênicas envolvendo metabolismo regulação e interação proteína-proteína. Nós iremos desenvolver ferramentas de aprendizado de máquina que utilizarão informações topológicas integradas com dados de expressão, localização celular e organização dos genomas para extrair informações biológicas relevantes. Nós também iremos investigar a estrutura de comunidades e procurar por motivos topológicos visando compreender a organização topológica de larga escala das células biológicas. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Ney Lemke (Coordenador)":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4784399U9 | Instituto de Biociências |

| "Joel Mesa Hormaza":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4768294H0 | Instituto de Biociências |

| "Marcos Roberto de Mattos Fontes":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4727954E9 | Instituto de Biociências |

| "Ângelo José Magro":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4735810U6 | Instituto de Biociências |

| "Marcio Luis Acencio":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4763049Y2 | Instituto de Biociências |

| "Agnes Alessandra Sekijima Takeda":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4757646U6 | Instituto de Biociências |

| "Carlos Alexandre Henrique Fernandes":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4710704T5 | Instituto de Biociências |

h3. Estimativas de energia livre de ligação de complexos proteína-ligante

*Descrição do Projeto*

O objetivo do presente plano consiste em calcular a energia livre de ligação proteína-ligante em moléculas de interesse biológico. Um sistema biológico interessante consiste naquele formado por moléculas presentes no processo de coagulação sanguínea, conhecido por sistema hemostático. O início da cascata de coagulação, que compreende uma rede de reações altamente controladas e correlacionadas, pode ser desencadeada por via extrínseca (fator tecidual) ou intrínseca (fator XI) ativando a trombina para gerar polímeros de fibrina reticulada, que, em última instância realizam a coagulação. O estudo de ligantes da trombina, que possam inibir sua ação, pode se mostrar interessante do ponto de vista biológico. Para isso é necessário empregar métodos que estimem a energia de ligação entre a proteína e o ligante. Um desses métodos consiste na dinâmica molecular. 

Do ponto de visto computacional, a energia livre de ligação é calculada através do potencial de força média (PMF), obtido em função de uma determinada coordenada de reação, que pode ser, por exemplo, a distância d entre o sítio de ligação da proteína e o ligante. Porém, dois fatores são obstáculos sérios: 

(1) o potencial expresso como função de uma única coordenada de reação implica tomar a média sobre todos os demais graus de liberdade; 

(2) barreiras energéticas relativamente altas podem obstar o acesso à configurações, impedindo o cálculo mais preciso das probabilidades relativas, o que afeta o cálculo descrito em (1). 

Daí a motivação de empregar métodos computacionais associados à dinâmica molecular, como “umbrella sampling” e “replica exchange” que aperfeiçoam a aquisição de dados oriundos das simulações. 

O método “umbrella sampling” ajuda a estudar o sistema nas regiões em que a probabilidade de encontrar o sistema é baixa, e o método “replica Exchange” cria várias réplicas do sistema, em diferentes temperaturas, o que ajuda a fazer com que o sistema consiga ultrapassar barreiras energéticas relativamente altas. Com isso, consegue-se acessar melhor o espaço conformacional da molécula e do ligante e assim calcular a energia livre de ligação, que, na verdade, reflete a afinidade do ligante à proteína. A necessidade de alto desempenho computacional está ligada à necessidade de empregar várias réplicas do sistema (tipicamente de 20 a 100), uma em cada processador de um cluster. Daí a motivação de submeter o presente plano ao Grid-Unesp. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Jorge Chahine (Coordenador)":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4797759J6 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas|

| "Luciane Sussuchi da Silva":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4261625J6 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas|

| "Raghuvir Krishnaswamy Arni":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4780555Z4 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas|

h3. Estudo de sistemas de interesse ambiental e biológico por simulações computacionais

*Descrição do Projeto*

As consequências da atividade humana sobre o meio ambiente vêm se tornando preocupantes nas últimas décadas. Em especial, questões relacionadas à manutenção dos reservatórios mundiais de água potável já fazem parte da pauta de reuniões envolvendo líderes de praticamente todos os países do mundo. Nesse contexto se destaca a preocupação com a poluição de cursos d'água por metais pesados. Os calixarenos são moléculas macrocíclicas capazes de complexar, seletivamente, diferentes íons de metais pesados conforme sua composição química. Dessa forma, tais moléculas são potenciais candidatas a serem utilizadas no desenvolvimento de soluções destinadas à despoluição ambiental. Apesar do vasto material já publicado sobre o assunto, principalmente na área experimental, o entendimento detalhado dos processos físico-químicos envolvidos na complexação de íons de metais pesados por calixarenos ainda está longe de ser completamente alcançado.

A incidência de doenças alérgicas como asma, rinite, dermatite atópica e alergia alimentar vem aumentando drasticamente nas últimas décadas, principalmente na população pediátrica. As drogas ministradas atualmente apresentam ação antialérgica ineficiente ou provocam efeitos colaterais

indesejáveis, o que traz a necessidade de se desenvolver novas drogas destinadas a esse tipo de tratamento. Dentre os compostos naturais com comprovada ação antialérgica podemos destacar os flavonóides. Entretanto, essas substâncias apresentam baixa solubilidade e são sensíveis à foto-oxidação ou fotodegradação, o que diminui sua biodisponibilidade. Um aumento considerável na biodisponibilidade dessas drogas é conseguido através da formação de complexos de inclusão das mesmas com uma classe de moléculas carreadoras chamadas ciclodextrinas. Apesar de serem utilizados comercialmente em mais de 30 medicamentos em todo o mundo, a forma como os complexos de inclusão aumentam a biodisponibilidade de fármacos ainda não está totalmente esclarecida. Existem algumas hipóteses baseadas em observações experimentais indiretas, entretanto, o processo está longe de ser completamente entendido.

O uso de simulações computacionais para estudar esses tipos de sistemas pode ser bastante profícuo. Dentre as inúmeras técnicas de simulação computacional existentes, a Dinâmica Molecular (DM) é uma das mais difundidas atualmente, pois fornece resultados extremamente satisfatórios e confiáveis. A obtenção, a partir de cálculos de DM, de uma trajetória contendo a evolução temporal do sistema permite uma gama de possíveis análises, o que pode nos fornecer desde a conformação média do sistema em um intervalo de tempo até intrincadas correlações temporais de propriedades coletivas, ou médias termodinâmicas que podem ser correlacionadas com um comportamento macroscópico do sistema.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Alexandre Suman de Araujo (Coordenador)":http://lattes.cnpq.br/2044157599722078 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas|

| "Ernesto Raul Cafffarena":http://lattes.cnpq.br/8742778337409951 | PROCC, Fundação Oswaldo Cruz |

| "Luiz Fernando da Costa Zonetti":http://lattes.cnpq.br/9700477039154855 | IBILCE/UNESP |

| "Ingrid Bernardes Santana Martins":http://lattes.cnpq.br/5116710887551537 | IBILCE/UNESP |

h3. Explorando fenômenos biofísico-químicos por metodologias de primeiros princípios em sistemas bioeletroquímicos.

*Descrição do Projeto*

O emprego de métodos computacionais tanto clássicos quanto do tipo mecânicos-quânticos no estudo de sistemas moleculares vem crescendo de forma acentuada, permitindo que os estudos por meio de ferramentas computacionais de simulação de sistemas químicos e bioquímicos venham corroborar observações experimentais e vice-versa, ampliando sobremaneira o entendimento dos processos físico-químicos envolvendo estes sistemas. O foco do nosso grupo em especial é centrado no estudo de processos e eventos moleculares que ocorrem sobre interfaces semicondutoras ou metálicas (para o estudo de eventos biológicos que se façam por interação física ou química e também para o estudo fundamental dos processos energéticos associados a estes eventos e interface particular, em meio não-aquoso ou mesmo fisiológico, dependendo do interesse de estudo). Desta forma, o grupo mede e modela por funções de transferência, sobretudo funções de transferência eletroquímicas, de massa e ótica, sistemas moleculares tais como proteínas redox (incluindo enzimas), sistemas moleculares redox, proteínas do tipo lectínas e suas interações com células, utilizando-os, muitas vezes, como ferramentas para diagnóstico clínico, i.e. como biosssensores, simplex ou multiplex, etc.. No último exemplo, devido ao desenvolvimento de um sistema simplex e multiplex de funções de imitância do tipo plug and play o grupo (tecnologia patenteada), em cooperação com pesquisadores da Universidade de Oxford (Prof. Dr. Jason Davis), o pesquisador responsável deste projeto recebeu o prêmio Brian Mercer Feasiability da Royal Society em Londres, dezembro de 2012. O grupo também idealizou um método de espectroscopia de capacitância capaz de calcular a condutividade e a capacitância redox associados aos eventos de transferência eletrônica e cinética em sistemas bioquímicos e moleculares. Isso permitiu o desenvolvimento de biossensores que operam com sinais de transdução completamente inéditos e de altíssimo limite de detecção (da ordem de picomolar). Este sinal de transdução possui componentes quânticas que o grupo deseja aprofundar estudo, incluindo a utilização do conceito para o entendimento de sistemas como motores moleculares.

Aliado ao que foi relatado acima, o grupo atualmente conta com especialistas que operam com hamiltoniano híbrido clássico/quântico. A operação da componente clássica é realizada utilizando-se métodos de dinâmica molecular baseada em campos de força enquanto que a parte quântica pela teoria do funcional de densidade (DFT). A ideia central do projeto aqui apresentado é empregar essas ferramentas para estudar de forma mais profunda os mecanismos e processos experimentalmente evidenciados com as ferramentas de funções de transferência e espectroscopia de capacitância anteriormente apresentadas.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Prof. Dr. Paulo Roberto Bueno (Coordenador)": http://lattes.cnpq.br/0477045906733254 | IQ-UNESP |

| "Prof. Dr. Eduardo Maffud":http://lattes.cnpq.br/9424346762460416 | IQ-UNESP |

| "Profa. Dra. Maria del Pilar Sotomayor":http://lattes.cnpq.br/2933194342093387 | IQ-UNESP |

| "Prof. Dr. Jason Davis" | University of Oxford |

h3. Modelos computacionais para avaliação de macromoléculas

*Descrição do Projeto*

O desenvolvimento ou aprimoramento de ferramentas computacionais tem possibilitado um melhor entendimento de processos biológicos. Neste projeto, empregamos modelos teóricos simplificados para avaliar o enovelamento de proteínas, mecanismos envolvendo motores moleculares, interação proteína-ligante, proteína-proteína e padrões de hidrólise por meio da avaliação de mudanças conformacionais e variações de carga. 

As abordagens utilizadas empregam uma interface teórico/experimental em colaboração com grupos experimentais internos e externos à Unesp. O foco principal é combinar dinâmica molecular ou simulações de Monte Carlo com informações obtidas experimentalmente, direcionando nossos potenciais e facilitando a caracterização de macromoléculas. 

Dentre as técnicas experimentais estão: eletroforese capilar, dicroísmo circular, espalhamento de raios-X a baixo ângulo, transferência ressonante de energia por fluorescência, ressonância nuclear magnética, além dos tradicionais dados de cristalografia. Essas técnicas podem ser facilmente combinadas com: “docking”, termodinâmica de enovelamento de proteínas obtidos por simulação, caracterização estrutural por modelos flexíveis, dentre outras técnicas computacionais. 

Ainda, essa combinação deve ser suficiente para suportar uma correta calibração de modelos, favorecendo em um passo seguinte a avaliação e seleção de sistemas ou elementos de interesse pré-experimentação. 

As metodologias e programas a serem desenvolvidas devem favorecer todo público acadêmico que tem como o foco o estudo de proteínas, possibilitando investigações mais detalhadas, assim como a confirmação de especulações de cunho científico para a interpretação de resultados.

*Grupo de Pesquisa*

|"Leandro Cristante de Oliveira (Coordenador)":http://lattes.cnpq.br/4163627059926738|UNESP-IBILCE|

| "Sidney Jurado de Carvalho":http://lattes.cnpq.br/8812420351255158|UNESP-IBILCE|

| "Mateus Henrique Platinetti Nanzer":http://lattes.cnpq.br/831160978908396|UNESP-IBILCE|

| "Ernesto Tavares Neto":http://lattes.cnpq.br/4519494243861640|UNESP-IBILCE|

h3. Análise de Métodos de Determinação de Vias Biológicas Alteradas em Dados Toxicogenômicos

*Descrição do Projeto*

Uma das áreas de estudo que se desenvolveu no contexto das ciências ômicas é a toxicogenômica, que combina a toxicologia com as tecnologias das ciências ômicas para obter e analisar informações referentes a efeitos adversos em células ou tecidos de várias espécies de organismos expostos a um determido composto. Existe na  internet uma grande quantidade de dados de diversas naturezas (genômicos, trancriptômicos, proteômicos, metabolômicos, etc…) estudando o contexto toxicogenômico em organismos modelo, o desenvolvimente de metodologias para melhor análise desses dados é de grande interesse acâdemico e privado devido a possibilidade de melhor aproveitamento de dados já gerados. Isso pode resultar em melhor compreenção de diversos aspectos do composto (exposição, toxicidade, variabilidade, mecânismos de ação, dose-resposta), determinação de biomarcadores e por fim, redução de custos no desenvolvimento de novos fármacos. As análises de mecânismos de ação tipicamente envolvem o uso de dados de expressão gênica para determinação de genes diferencialmente expressos (DEGs) seguido da determinação das ontologias mais significantes ligados a esses, processo que recebe o nome de enriquecimento funcional de genes diferencialmente expressos (EFDEGs). Uma limitação desse método é que  não  se considera os genes que não se mostrem diferencialmente expressos, e esses genes podem ter uma contribuição não desprezível para os efeitos observados no sistema biológico. Procurando contornar esse problema, propomos aqui a utilização de dois outros métodos de determinação de vias biológicas alteradas, utilizando como input dados de expressão gênica da base de dados online OPEN TG-GATES para estudar os mecanismos de ação de antineoplásicos e anti-inflamatórios não esteróides (AINES) em estudos in vitro e in vivo no Rattus norvegicus e estudos in vitro no Homo sapiens. O primeiro é chamado de análise de grupos de genes funcionalmente associados (AGFAGs) que envolve o uso de clusters de genes segundo o gene ontology (GO) para determinação da significância estatísca da alteração da atividade e da entropia desses grupos entre caso e controle utilizando uma abordagem estatística de reamostragem com reposição (Bootstraping). O segundo se chama transcriptograma (TCPGM) e envolve a projeção de dados de expressão gênica sobre redes de interação proteína-proteína ordenadas de maneira a agrupar as proteinas com maior número de interações perto umas das outras utilizando um método de Monte Carlo, de maneira a relacionar as ontologias com genes, proteínas e o seu nivel de interação na rede em questão. No final pretende-se realizar uma comparação dessas duas metodologias com o EFDEGS para avaliação de informações adicionais que estas duas metodolgias podem fornecer.

*Grupo de Pesquisa*

| "José Luiz Rybarczyk Filho (Coordenador)":http://lattes.cnpq.br/3740074012748153 | UNESP-Botucatu |

| "Giordano Bruno Sanches Seco":http://lattes.cnpq.br/3089391589358445 | UNESP-Botucatu |

| "André Luiz Molan":http://lattes.cnpq.br/0541531461444734 | UNESP-Botucatu |

| "José Rafael Pilan":http://lattes.cnpq.br/2509334657792583 | UNESP-Botucatu |

h3. Oportunidades de controle das leishmanioses por bioconjugação de peptídeos antimicrobianos a moléculas leishmanicidas e planejamento, síntese e caracterização de peptídeos inéditos para interferir no fluxo mitocondrial de íons cálcio

*Descrição do Projeto*

As leishmanioses correspondem a um grupo de doenças causada por protozoários do gênero Leishmania. Estas, entre outras doenças parasitárias, representam grande problema de saúde pública, principalmente considerando o número crescente de pacientes em risco para essas infecções, incluindo imunocomprometidos e aqueles vivendo em situação de pobreza, em regiões com pouco investimento em saneamento básico. O tratamento das leishmanioses é fundamental, principalmente considerando a elevada incidência de mortes associadas ao não tratamento (20-30 mil óbitos/ ano) em todo o mundo; no entanto, há poucas opções terapêuticas disponíveis, as quais são pouco eficazes e tóxicas. Desta forma, a busca por novas opções terapêuticas é importante. Dentro deste cenário, um de nossos objetivos é avaliar a atividade leishmanicida de peptídeos antimicrobianos das classes temporinas e histatinas, funcionalizados aos antileishmaniais anfotericina B ou CP2, este último, previamente caracterizado em nosso grupo de pesquisa. Adicionalmente, sabendo que a sinalização por cálcio em tripanossomatídeos é importante para a sobrevivência destes no hospedeiro mamífero e que o influxo deste cátion na mitocôndria, importante para a sua homeostase,  é controlado por um complexo uniporter mitocondrial (MCU), realizar-se-á a avaliação in silico do MCU de Leishmania através de estudos de docking molecular, a fim de desenhar peptídeos capazes de inibir o influxo de Ca2+ para esta organela, além de poder contribuir com o entendimento da regulação destas proteínas.

*Grupo de Pesquisa*

| "Márcia Aparecida Silva Graminha (Coordenador)":http://lattes.cnpq.br/3290850591493864 | UNESP-Araraquara |

| "Eduardo Maffud Cilli":http://lattes.cnpq.br/9424346762460416 | UNESP |

| "Nailton Monteiro do Nascimento Júnior":http://lattes.cnpq.br/4186874201635999 | UNESP |

| "Natália Caroline Silva Costa":http://lattes.cnpq.br/8200644036309795 | UNESP |

| "Victor de Sousa Batista":http://lattes.cnpq.br/2791497626350203 | UNESP |

h3. Teoria mecanicista para padrões biológicos e possibilidades de uso para gerenciamento de seus ecossistemas

*Descrição do Projeto*

Sistemas biológicos complexos são compostos de muitas entidades que interagem entre si e com o ambiente de uma maneira intrincada e altamente não linear. Como um resultado dessas interações, sistemas complexos frequentemente se auto-organizam em padrões espaço-temporais. Esses padrões têm atraído bastante atenção nos últimos anos, inicialmente devido à sua inquestionável beleza, e posteriormente devido às importantes informações que eles contêm sobre o estado do sistema no qual eles se formam. Supõem-se, por exemplo, que padrões espaciais são capazes de informar sobre a robustez do ecossistema no qual eles se formam sendo, por tanto uma importante ferramenta para prevenir perda de biodiversidade. A modelagem matemática tem sido uma ferramenta muito poderosa para explorar a origem desses padrões e também para especular sobre suas possíveis consequências no nível do (eco)sistema, já que na natureza uma escala de tempo muito longa é necessária para que esses padrões apareçam. No entanto, modelos de formação de padrões focam na reprodução da forma observada e frequentemente evitam uma descrição detalhada das interações que estão por trás delas. Essa aproximação tem levantado questões importantes, já que padrões que parecem idênticos podem surgir em contextos muito diferentes em processos de causas distintas, que muitas vezes levam a consequências no nível do sistema que são contraditórias. Portanto, para explorar padrões biológicos e extrair conclusões significativas sobre as implicações potenciais, é necessário desenvolver uma nova abordagem teórica que foca não somente na recuperação das estruturas observadas, mas também considera o conjunto correto de interações no nível individual. Proponho que uma nova aproximação para formação de padrões, no qual padrões auto-organizados e suas consequências ecológicas e evolucionárias surjam naturalmente de uma descrição detalhada de interações específicas do sistema em um nível individual. Dessa forma, padrões representam uma ponte natural entre comportamento, ecologia e evolução e, desse modo, fornecem uma forma

poderosa de integrar processos que ocorrem em diferentes escalas em sistemas complexos biológicos.

*Grupo de Pesquisa*

| "Ricardo Martinez Garcia (Coordenador)":http://lattes.cnpq.br/0141480030649374 | ICTP-SAIFR/UNESP |

| "Gabriel Andreguetto Maciel":http://lattes.cnpq.br/7161324238606964 | ICTP-SAIFR/UNESP |

| Jairo M. Rojas Huamani | IFT/UNESP |

| Benjamin Garcia de Figueiredo | IFT/UNESP |

h3. Simulação Numérica de Mecânica Cardiovascular: Aplicação em Aneurismas Intracranianos

*Descrição do Projeto*

Os aneurismas intracranianos (AIs) são dilatações nas artérias cerebrais que podem ocasionar grande perigo caso elas rompam causando hemorragia intracraniana e possivelmente levando à morte do paciente — AIs apresentam uma taxa de mortalidade de até 50%. A ruptura, porém, é difícil de prever e, atualmente, os tratamentos cirúrgicos também apresentam riscos para o paciente. Existem duas opções de tratamento: endovascular, no qual o AI é preenchido com pequenas molas, ou via clipagem, na qual o AI é literalmente clipado no seu pescoço, interrompendo assim o escoamento de sangue para o interior do aneurisma. Simulações numéricas do escoamento sanguíneo dentro dos AIs através da técnica de Dinâmica dos Fluidos Computacional, ou CFD, da sigla em Inglês Computational Fluid Dynamics como é mais conhecida, têm sido amplamente utilizadas para estudá-los devido à relação, bem documentada, entre hemodinâmica e

o início, crescimento e ruptura de AIs. Mais especificamente, é amplamente reconhecido que a tensão de cisalhamento na parede dos vasos devido ao escoamento está intimamente relacionado a um funcionamento saudável das artérias do sistema vascular humano. Neste contexto, a flexibilidade de técnicas numéricas permite a possibilidade de investigar diferentes questões em aberto relacionadas com a doença, sua ruptura e sua modelagem física. Assim, este projeto visa utilizar simulações numéricas de CFD, utilizando o software OpenFOAM® e solids4foam, para estudar diferentes aspectos dessa lesão cardiovascular utilizando geometrias reais de AIs. Numa primeira fase, é importante avaliar o efeito de diferentes escolhas de modelos físicos na tensão de cisalhamento da parede, devido à escassez de dados experimentais à respeito deste tipo de escoamento. Dois aspectos de modelagem importantes são a

transição para turbulência no escoamento dentro dos aneurismas e as condições de contorno a serem utilizadas na simulações e estes dois aspectos serão explorados separadamente, usando CFD, para determinar a influência desses modelos nos valores da tensão de cisalhamento da parede dos aneurismas. Em seguida, a influência da curvatura da parede na hemodinâmica local e na estrutura mecânica da parede será investigado e, no caso de AIs tratados, o efeito da clipagem de aneurismas na hemodinâmica e na resposta mecânica do movimento da parede será analisado usando o software solids4foam, uma extensão do OpenFOAM®. Os resultados e conclusões deste projeto podem levar a melhores modelos para serem utilizados nas simulações de escoamento em AIs e, assim, têm potencial para adicionar mais informações sobre a hemodinâmica, de modo a ajudar os médicos na decisão de tratar ou não um aneurisma. Adicionalmente, com um modelo realista, é importante confirmar se parâmetros morfológicos, como a curvatura da parede, são relevantes para predizer a hemodinâmica, pois eles podem ser adicionados como novas features em modelos estatísticos para construir ferramentas de predição de ruptura. Portanto, as conclusões deste projeto podem potencializar o uso de simulações numéricas no tratamento de IAs.

*Grupo de Pesquisa*

| "Iago Lessa de Oliveira (Coordenador)":http://lattes.cnpq.br/3639277755598879 | Unesp/Bauru |

| "José Luiz Gasche":http://lattes.cnpq.br/5734872576111597 | Unesp/Ilha Solteira |

h3. Desenvolvimento de um protocolo in silico para a triagem de compostos naturais brasileiros

*Descrição do Projeto*

Este projeto visa identificar e avaliar se os metabolitos secundários de plantas da flora brasileira com atividade anti-inflamatória (não-esteroidais), usados como fitoterápicos, podem interagir com enzimas essenciais ao metabolismo dos fosfolipídeos de membrana. O entendimento dessa interação é crucial para determinar possíveis efeitos inflamatórios no fígado e rins decorrentes do uso prolongado destes compostos. O projeto será executado em quatro fases: 1. Análise in silico: Avaliar através do programa DataWarrior, combinado com o programa GOLD uma triagem de metabólitos secundários de plantas com potencial fitoterápico, focado na atividade anti-inflamatória sobre enzimas envolvidas no metabolismo de fosfolipídeos e ciclo de Lands (cPLA2, LPCAT, PAF AH, Acil-CoA-graxo-sintase e PRDX-6) 2. Análise de ligação: Investigação das inteirações composto-enzima via simulações de docking e dinâmica molecular, para posterior validação experimental. 3.Experimentos in vivo: Estudos em camundongos e tilápias para observar os efeitos fisiológicos dos compostos selecionados e que serão administrados sub-cronicamente. Ao final do experimento, analisaremos perfis como: hematócrito, marcadores bioquímicos hepáticos, renais, interleucinas IL-6 e TNFa, concentração plasmática de Malondialdeído (MDA), de PAF (Fator de ativação de plaquetas) e proteína C reativa. 4.Ensaios enzimáticos: Avaliação pós-expositiva das implicações dos compostos na atividade enzimática das macromoléculas-alvo (cPLA2, LPCAT, PAF AH, Acil-CoA-graxo-sintase) a partir de amostras hepáticas de animais tratados em relação ao controle. O projeto busca fornecer insights sobre como metabólitos secundários de plantas usados como fitoterápicos e anti-inflamatórios podem afetar as enzimas envolvidas no processo de reparo e manutenção da fluidez da membrana plasmática.

*Grupo de Pesquisa*

| "Marcos Hikari Toyama (Coordenador)":https://lattes.cnpq.br/8573195327542061 | Unesp/Litoral Paulista |

| "Marcos Antonio de Oliveira":http://lattes.cnpq.br/2366751838985119 | Unesp/Litoral Paulista |

| "Mariana Novo Belchor":http://lattes.cnpq.br/2190940985501016 | Unip/Santos |

| "Caroline Ramos da Cruz Costa":http://lattes.cnpq.br/0051049977407737 | Unesp/Santos |

| Sergio Filipe Sousa | Universidade do Porto, Portugal |

| "Adeilso Bispo dos Santos Silva":http://lattes.cnpq.br/0513769329996492 | UFABC |

| "Airam Roggero dos Santos Silva":http://lattes.cnpq.br/4759780873213307 | Unesp/Litoral Paulista |

| "Gustavo Antonio Fernandes":http://lattes.cnpq.br/3571613735539291 | Unesp/Litoral Paulista |

| "Isabelly Annunciato":http://lattes.cnpq.br/8019877543161949 | Unesp/Litoral Paulista |

| "Igor Nicodemo de Oliveira":http://lattes.cnpq.br/1096305251502810 | Unesp/Litoral Paulista |

h2. Ciência da Computação

h3. Aprendizado por Reforço profundo para Locomoção de Robôs Bípedes

*Descrição do Projeto*

Robótica de serviço utilizando robôs bípedes tem ganhado crescente atenção devido a possibilidade de sua aplicação em ambientes desenvolvidos para humanos. No entanto, locomoção bípede tem se mostrado um desafio teórico e prático devido a alta dimensionalidade do problema e a necessidade de controle preciso em tempo real de múltiplos atuadores e sensores combinado com sistemas dinâmicos complexos. Por outro lado, aprendizado por reforço (RL) e sua versão com redes neurais profundas (DRL) estão se tornando abordagens pertinentes para tratar problemas de controle desafiadores devido a sua capacidade de trabalhar em processos contínuos e livres de modelo. Neste contexto, nosso objetivo neste projeto é aplicar DRL ao aprendizado de uma caminhada bípede estável para um robô humanoide em simulação e sua versão real enquanto avaliamos sua efetividade em tarefas de locomoção robótica e, em particular, locomoção bípede.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "ALEXANDRE DA SILVA SIMÕES (Coordenadora)":http://lattes.cnpq.br/1368002066043197 | Unesp |

| "Esther Luna Colombini":http://lattes.cnpq.br/0225560551183999 | Unicamp |

| "Eric Rhomer":http://lattes.cnpq.br/8123718545976907 | Unicamp |

h3. Detecção de Eventos por Mineração de Dados Paralelizada em Fluxos de Rede IPFIX

*Descrição do Projeto*

Este projeto apresenta a proposta de desenvolvimento e consolidação de um sistema de detecção e correlação de eventos relacionados à segurança de redes de computadores. O sistema, já prototipado por nossa equipe e em produção, possui como estrutura de base a utilização do protocolo IPFIX (IP Flow Information Export) como exportador de informações sumarizadas de uma rede de computadores. O projeto prevê quatro núcleos principais: 1.) O desenvolvimento de um protocolo baseado no processo de !NetFlow (formalizado pela IETF - Internet Engineering Task Force como sendo o protocolo IPFIX no RFC-5101) e que acrescente melhorias na sumarização das informações prestadas, consumindo menor espaço de armazenamento; 2.) A implementação de um modelo de armazenamento do novo protocolo em um banco de dados distribuído; 3.) A utilização de prospecção de dados, tais como técnicas de mineração de dados associativas, classificatórias, previsivas ou de agrupamento para detecção, correlação, classificação; e 4.) Previsão de eventos de segurança em redes de computadores. A arquitetura do sistema é baseada em clusters que visam paralelizar tarefas tanto para o armazenamento dos dados quanto para sua prospecção, objetivando maximizar o desempenho computacional. Este modelo de sistema mostra-se pioneiro na análise através da mineração de fluxos de dados, empreendendo características importantes aos sistemas de segurança computacional, tais como a escalabilidade no monitoramento de infra-estruturas de redes de alta velocidade, detecção rápida de tentativas de atividades ilícitas (tais como a propagação de worms ou estabelecimento de botnets), detecção ou previsão de ataques de negativa de serviço (!DoS), entre outros considerados as maiores ameaças atuais na Internet. Como subproduto é importante citar que este sistema pode ser usado para fornecer proteção à própria estrutura do !GridUNESP, uma vez que sensores podem ser implantados em elementos estratégicos da grade, de tal forma a coletar e analisar os seus dados de fluxos, permitindo a detecção rápida de eventos e a adoção de contramedidas. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Adriano Mauro Cansian (Coordenador)":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4728008Z9 | IBILCE |

| "Adriano César Ribeiro":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4214965Z3 | IBILCE |

| "André Proto":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4231782D1 | IBILCE |

| "Luiz Heitor Waiteman":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4482985T7 | IBILCE |

| "Isabela Liane de Oliveira":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4254467D6 | IBILCE |

| "Jorge Luiz Corrêa":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4137999H6 | IBILCE |

| "Leandro Arabi Alexandre":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4250579A1 | IBILCE |

| "Maira Lambort Batista":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4279800A2 | IBILCE |

h3. Implementação e Otimização de Algoritmos de Alinhamentos Múltiplos de Sequências em Ambientes “Grid”

*Descrição do Projeto*

A solução de problemas genômicos propostos pelos biólogos, tornou-se inviável sem o uso de ferramentas computacionais, o que desenvolveu, de maneira intensa, o campo da Bioinformática, aproximando cientistas da computação e biólogos. Inicialmente, era possível resolver os problemas de Bioinformática através do uso de máquinas sequenciais, pois apenas uma pequena parcela dos problemas genômicos era tratada, conhecida e explorada pelos biológos. A evolução da complexidade desses problemas fez com que o uso de computação sequencial não fosse mais suficiente para resolvê-los, criando um uso massivo da computação paralela na criação das novas ferramentas e algoritmos em Bioinformática. A partir disso, adotou-se a idéia da resolução de grandes problemas, através de sua execução em máquinas paralelas de vários portes. No entanto, isso possui duas vertentes, uma delas compromete a execução caso a máquina paralela não seja suficientemente poderosa para tratar o problema. Por outro lado, quando a máquina é poderosa o suficiente, em geral, está acessível para uma pequena parcela de pesquisadores e o custo para a sua construção é elevado. Assim, o presente projeto propõe a idéia de implementação de algoritmos de alinhamento múltiplo de biossequências em “Grids”, para aumentar significativamente a capacidade de processamento e armazenamento na resolução desses problemas, explorando custo financeiro menor do “Grid”, visto que ele pode ser composto de equipamentos heterogêneos e distribuído por uma rede de comunicação utilizada mundialmente, que é a internet. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "José Márcio Machado (Coordenador)":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4781876T1 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas |

| "Geraldo Francisco Donegá Zafalon":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4138050E6 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas |

| "Liria Matsumoto Sato":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4787468P8 | Poli - USP |

| "Angelo Passaro":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4789419P8 | IEAv - CTA |

| "Mario Luiz Tronco":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4723039H1 | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas |

h3. Métodos Analíticos e Numéricos em Mecânica Computacional

*Descrição do Projeto*

Mecânica computacional é a disciplina relacionada com o uso de métodos computacionais para estudar fenômenos governados pelos princípios da mecânica.

A mecânica computacional (CM – computational mechanics) é interdisciplinar. Seus três pilares são: matemática, ciência computacional e mecânica. Dinâmica de fluidos computacional, termodinâmica computacional, eletromagnetismo computacional e mecânica dos sólidos computacional são algumas das muitas especializações existentes.

A matemática leva à modelagem de fenômenos físicos dos processos encontrados na mecânica, em termos de equações, geralmente, diferenciais parciais, muitas vezes, não lineares. Na ciência computacional, códigos computacionais são desenvolvidos para resolver as equações diferenciais parciais por alguma técnica computacional: analítica e/ou numérica. Na maioria dos casos, devido às complexidades das equações e das geometrias, técnicas numéricas tais como método de diferenças finitas e métodos de elementos finitos são empregadas para se obter simulações dos processos a serem estudados.

O uso de técnicas numéricas, em geral, permite transformar sistemas de equações diferencias parciais em grandes sistemas algébricos, os quais requerem para rápida solução o uso de recursos computacionais de elevada capacidade de processamento. Isto remete ao uso de processamento paralelo para redução dos tempos computacionais.

Neste projeto, estão envolvidos pesquisadores das áreas de Engenharia Mecânica, Engenharia Civil, Física e Matemática. Os problemas envolvem simulações de processos fluido-térmicos, problemas em mecânica dos sólidos, ciências dos materiais e matemática aplicada. Os problemas não requerem tanta capacidade de armazenamento como na física de altas energias, mas requerem, por exemplo, como no caso de simulações em dinâmica dos fluidos computacional para escoamentos turbulentos, grande capacidade de processamento. Problemas de interação fluido estrutura, que podem existir tanto em engenharia mecânica ou civil, são também casos que requerem alta capacidade de processamento.

Até o presente momento, o grupo tem usado recursos computacionais limitados, obviamente, limitando o tamanho e complexidade dos problemas que poderiam ser analisados. Desta forma, o uso dos recursos computacionais do GridUnesp possibilitará abordar problemas muito maiores do que os que têm sido estudados e obter respostas dentro de tempos inferiores aos atualmente praticados. Isto possibilitará avanços nas pesquisas que vem sendo realizadas as quais estavam limitadas pelos recursos computacionais de que se dispunham. 

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Aluísio Viais Pantaleão [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/0980013303755727 | Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira |

| "João Batista Aparecido":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4787768P0 | Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira |

| "Amarildo Tabone Paschoalini":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4709059Y7 | Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira |

| "André Luiz Seixlack":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4788847Y6 | Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira |

| "Cassio Roberto Macedo Maia":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4789830A8 | Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira |

| "Emanuel Rocha Woiski":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4787963Y3 | Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira |

| "João Antonio Pereira":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4783818Z4 | Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira |

| "João Batista Campos Silva":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4785884Z2 | Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira |

| "José Luiz Gasche":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4798091D8 | Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira |

| "Ricardo Alan Verdú Ramos":http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?metodo=apresentar&id=K4701433Y1 | Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira |

| "Leandro Oliveira Salviano":http://lattes.cnpq.br/0065309506501422 | Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira |

h3. Extração de conhecimento em Big Data com suporte de Grids computacionais

*Descrição do Projeto*

O progressivo aumento do volume de dados em formato digital tem se tornado um desafio tecnológico de grande interesse na área de ciência da computação. Isso porquê, com a contínua disseminação dos computadores pessoais e das redes a nível mundial, a geração de conteúdo encontra proporções maiores e formatos significativamente mais complexos do que normalmente se observa em sistemas de informação. Extrair conhecimento relevante dessas massas de dados complexas e com grande volume é particularmente interessante e envolve a correlação de tecnologias em diferentes áreas, dentre elas: armazenamento, preparação, mineração, visualização e análise de dados. Contudo, metodologias utilizadas para dados convencionais não tem se mostrado adequadas nas diversas etapas envolvidas na extração de conhecimento a partir desses novos conjuntos, aos quais foi atribuído o termo Big Data. Em termos de armazenamento, há a necessidade por escalibilidade e tolerância a falhas para garantir que mesmo frente a falhas de hardware em grande escala os dados sejam preservados. Por outro lado, as técnicas de mineração devem inferir relações complexas entre os dados e medir quantitativamente os valores e qualidade dos dados, a fim de produzir conhecimento em um tempo reduzido. Adicionalmente, os analistas frequentemente necessitam explorar os dados visualmente ou numericamente a fim de obter conhecimento, e inovações tecnológicas são necessárias nesse sentido. Esse projeto propõe o estudo e desenvolvimento de tecnologias nos diversos setores envolvidos na extração de conhecimento, com foco em conjuntos Big Data. Ao explorar as capacidades de

processamento e armazenamento de um ambiente de Grid, espera-se criar mecanismos aprimorados que permitam solucionar os problemas relacionados a esses conjuntos e, em última instância, fornecer sub-produtos significativos aos diversos setores da sociedade que poderiam usufruir dos resultados dessa pesquisa.

*Grupo de Pesquisa*

| Nome | Instituição |

| "Carlos Roberto Valêncio [Coordenador]":http://lattes.cnpq.br/4644812253875832 | UNESP/IBILCE |

| "André Francisco Morielo Caetano":http://lattes.cnpq.br/7499821251648419 | UNESP/IBILCE |

| "William Tenório":http://lattes.cnpq.br/5702941515384796 | UNESP/IBILCE |

| "Victor Hugo Penhalves Martins":http://lattes.cnpq.br/2378199554089608 | UNESP/IBILCE |

| "José Carlos de Freitas":http://lattes.cnpq.br/4981194770655356 | UNESP/IBILCE |

| "Paulo Henrique Paim dos Santos":http://lattes.cnpq.br/0041567300580498 | UNESP/IBILCE |

| "Henrique Gracioli Neves":http://lattes.cnpq.br/9263159721700604 | UNESP/IBILCE |

h3. Identificação e classificação de LTR-retrotransposons

*Descrição do Projeto*

Elementos Transponíveis (TEs) são trechos de DNA que podem se “mover” de um local para outro dentro de um genoma. Eles podem ser, basicamente, divididos em duas classes (com suas subdivisões: superfamílias, famílias e subfamílias): os Retrotransposons e os DNA Transposons, de acordo com o modo como eles se “movem”. O interesse específico dentro deste projeto está nos Retrotransposons. A maneira tradicional de identificar Retrotransposons em um genoma é através do processo de Homologia, que consiste em comparar a sequência genômica de interesse (a sequência que se quer analisar) com um conjunto de sequências representativas de Retrotransposons conhecidos, verificando-se o grau de similaridade entre as sequências

comparadas. Uma forma alternativa de encontrar TEs é através da identificação dos chamados Domínios Conservados de Proteínas, o que permite identificar e caracterizar o suposto TE. Modelos Ocultos de Markov (HMMs) são modelos probabilísticos que estão sendo utilizados na solução de alguns problemas da Biologia Molecular (dentre outras áreas). A técnica HMMs permite criar os chamados “perfis probabilísticos” como, por exemplo, de classes de proteínas ou, o que é o caso aqui, de classes/superfamílias de TEs. Este projeto visa utilizar as 3 formas citadas acima para a identificação e classificação de

Retrotransposons em sequências genômicas. Para isso serão utilizadas ferramentas computacionais já existentes, a saber, os programas HMMER, RPS-Blast e RepeatMasker. Formas alternativas de criação de HMMs serão testadas (testadas usando o HMMER) e os resultados gerados serão comparados com os da forma tradicional de HMMs e com os resultados produzidos pelas outras duas ferramentas computacionais citadas.