Problema #366
Instalação de software: Dacapo
| Status: | Resolvida | Start date: | 23 Sep 2011 | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Priority: | Normal | Due date: | |||
| Assignee: | Gabriel Winckler | % Done: | 90% | ||
| Category: | - | ||||
| Target version: | - |
Description
Leandro:
Gostaria de aproveitar essa oportunidade para solicitar, se possível, que instale juntamente com o GPAW um outro programa que usamos que é o Dacapo (https://wiki.fysik.dtu.dk/dacapo/Installation), ele é desenvolvido no mesmo grupo de pesquisa do GPAW, portanto também roda a partir do ambiente ASE.
consegui agora instalar o Dacapo também. O problema era na versão que eu estava tentando do netcdf, foi preciso instalar com uma versão mais antiga, netcdf-3.6.1, nas mais recentes deu erro (no laboratório temos instalado com a versão netcdf-4.0.1, que talvez funcione também no Grid)
History
#1 Updated by Gabriel Winckler about 15 years ago
- Assignee set to Gabriel Winckler
#2 Updated by Gabriel Winckler about 15 years ago
- Status changed from Nova to Em andamento
#3 Updated by Gabriel Winckler about 15 years ago
- % Done changed from 0 to 90
Instalado com a ajuda do Leandro.
Aguardando um binário MPI funcionando.
#4 Updated by Gabriel Winckler about 15 years ago
Finalmente obtivemos uma versão paralela funcional.
Os executáveis forma compilados pelo Leandro.
Seguem as informações dele:
As opcoes basicas, que eu alterei no arquivo ~/dacapo/src/Makefile
foram as seguintes:
Usei BLAS e LAPACK padroes:
BLASLAPACK='-L/usr/lib64/ -llapack -lblas'
Exportei os caminhos para o Intel MPI:
MPIDIR = /opt/intel/impi/3.2.1.009
MPI_LIBDIR = ${MPIDIR}/lib64
MPI_BINDIR = ${MPIDIR}/bin64
MPI_INCLUDEDIR = ${MPIDIR}/include64
INTELLINUX_MPIDIR=${MPI_LIBDIR}
INTELLINUX_MPI_INCLUDE=${MPI_INCLUDEDIR}
INTELLINUX_MPI_BINDIR=${MPI_BINDIR}
Essas 2 bibliotecas abaixo eu usei as que estavam na minha pasta,
contudo deve funcionar tambem se voce exportar os caminhos onde voce
as compilou. Acho que a compilacao deve funcionar tambem usando o FFTW
padrao, que esta nesta pasta /usr/lib64. Ja o NetCDF e um pouco mais
complicado e sempre tive problemas com a versao padrao, as versoes que
eu conheco que dao certo sao: 3.6.1, 3.6.2 e 4.0.1.
NETCDF =/
NETCDFINC =/
FFTW=/
Exportando os caminhos acima com as bibliotecas a serem utilizadas:
LIBS_intellinux= ${BLASLAPACK} ${NETCDF}/libnetcdf.a ${FFTW}/libfftw.a
E por fim as Flags que estavam dando problema. TEM que usar o
big_endian para converter os pseudo-potenciais no momento dos
calculos, caso contrario ele nao pode ler os arquivos. E a primeira
opcao, -O3, foi a que eu acabei modificando antes e estava dando o
ultimo erro, eu tinha alterado para uma opcao mais geral, que
resultava numa compilacao mais rapida.
INTELLINUX_OPT = -O3
INTELLINUX_FFLAGS = -cm -w -convert big_endian
#5 Updated by Gabriel Winckler about 15 years ago
- Status changed from Em andamento to Resolvida