ESPResSo

De acordo com a documentação do ESPResSo, “ESPResSo is a highly versatile software package for performing and analyzing scientific Molecular Dynamics many-particle simulations of coarse-grained atomistic or bead-spring models as they are used in soft matter research in physics, chemistry and molecular biology. It can be used to simulate systems such as polymers, liquid crystals, colloids, polyelectrolytes, ferrofluids and biological systems, for example DNA and lipid membranes. It also has a DPD and lattice Boltzmann solver for hydrodynamic interactions, and allows several particle couplings to the LB fluid.”

Versões disponíveis

espresso/3.3.1

Submissão de Jobs em Paralelo (MPI)

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_paral_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -t 5:00 -n 16

export INPUT="espresso-mpi.tcl"
export OUTPUT="*"

module load espresso
job-nanny srun -n 16 Espresso espresso-mpi.tcl

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_paral_jobs.sh

Submissão de Jobs em Serial

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_serial_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -t 5:00

export INPUT="espresso-serial.tcl"
export OUTPUT="*"

module load espresso
job-nanny Espresso espresso-serial.tcl

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_serial_jobs.sh

Referências

Para informações adicionais sobre o software, consulte a documentação do ESPResSo.