Stacks

De acordo com a página do Stacks, “Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography”.

Versões Disponíveis

• stacks/2.4

Submissão de Jobs em Paralelo (SMP)

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_paral_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -c 16

module load stacks/2.4

export INPUT="ustacks.sh *.fq.gz"
export OUTPUT="*.tsv.gz"

export LARGE_FILES="true"

job-nanny ./ustacks.sh

em que o script ustacks.sh tem o seguinte conteúdo:

ar=./
file="90415
90414
90426
90427
90422
90420
"

i=1
for file in $file
do
 ustacks -p 100 -t gzfastq -m 3 -M 4 -i $i \
            -f $ar/${file}.fq.gz  \
            -o $ar
 let "i+=1";
done

Antes de submeter o job, deve-se tornar o script executável pelo comando

chmod +x run.sh

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_paral_jobs.sh

Referências

Para informações adicionais sobre o software, consulte a documentação do Stacks.