Charmm

De acordo com a seguinte página sobre o Charmm, “A molecular simulation program with broad application to many-particle systems with a comprehensive set of energy functions, a variety of enhanced sampling methods, and support for multi-scale techniques including QM/MM, MM/CG, and a range of implicit solvent models.”

Versões Disponíveis

charmm/c26b2 (*)
charmm/c26b2-serial (*)
charmm/c37b2
charmm/c37b2-serial

Nota

As versões c26b2 (*) são versões livres, disponíveis para uso acadêmica sem a necessidade de licença, obtidas na página do Charmm.

Submissão de Jobs em Paralelo

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_paral_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -t 3:00 -n 16

export INPUT="md-analysis.inp"
export OUTPUT="*"

module load charmm/c37b2
job-nanny srun -n16 charmm < md-analysis.inp

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_paral_jobs.sh

Submissão de Jobs Seriais

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_serial_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -t 3:00

export INPUT="md-analysis.inp"
export OUTPUT="*"

module load charmm/c37b2-serial
job-nanny charmm < md-analysis.inp

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_serial_jobs.sh

Referências

Para informações adicionais sobre o software, consulte a documentação do Charmm.