Gromacs

De acordo com o manual do Gromacs, “Gromacs is an engine to perform molecular dynamics simulations and energy minimization”.

Versões Disponíveis

gromacs/2016.3 (default)
gromacs/2018.2
gromacs/5.1.4
gromacs/4.5.4
gromacs/4.5.4-sbm1.0

Submissão de Jobs em Paralelo

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_paral_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -n 16 --time 24:00:00

export INPUT="gromacs-mpi.tpr gromacs-mpi.edr after_gromacs-mpi.gro gromacs-mpi.log"
export OUTPUT="*.trr"

module load gromacs/5.0.4
job-nanny srun -n 16 mdrun_mpi -v -s gromacs-mpi.tpr -o gromacs-mpi.trr -e gromacs-mpi.edr -c after_gromacs-mpi.gro -g gromacs-mpi.log

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_paral_jobs.sh

Submissão de Jobs com Várias Threads

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_paral_omp_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH -c 8 --time 7-00

module load gromacs/5.1.4

export INPUT="conf.gro Min.mdp NVT2.mdp NVT3.mdp NVT4.mdp NVT.mdp topol.top run.sh"
export OUTPUT="*"

job-nanny ./run.sh

em que o conteúdo do script run.sh seria algo como:

#!/bin/bash

gmx grompp -f Min.mdp -c conf.gro -p topol.top -o Min.tpr
gmx mdrun -nt 1 -v -deffnm Min

gmx grompp -f NVT.mdp -c Min.gro -t Min.trr -p topol.top -o NVT.tpr
gmx mdrun -nt 1 -deffnm NVT

gmx grompp -f NVT2.mdp -c NVT.gro -t NVT.cpt -p topol.top -o NVT2.tpr
gmx mdrun -nt 1 -deffnm NVT2

gmx grompp -f NVT3.mdp -c NVT2.gro -t NVT2.cpt -p topol.top -o NVT3.tpr
gmx mdrun -nt 1 -deffnm NVT3

gmx grompp -f NVT4.mdp -c NVT3.gro -t NVT3.cpt -p topol.top -o NVT4.tpr
gmx mdrun -v -nt 8 -s NVT4.tpr -o glicerol428.trr -e glicerol428.edr -c after_glicerol428.gro -g glicerol428.log -cpi glicerol428.cpt

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_paral_omp_jobs.sh

Submissão de Jobs Seriais

Crie um arquivo chamado, por exemplo, submit_serial_jobs.sh.

#!/bin/bash
#SBATCH --time 24:00:00

export INPUT="*.tpr *.edr *.gro *.log"
export OUTPUT="*.trr"

module load gromacs/5.0.4
CASE=gromacs-serial
job-nanny mdrun -v -nt 1 -s ${CASE}.tpr -o ${CASE}.trr -e ${CASE}.edr -c after_${CASE}.gro -g ${CASE}.log

Para submeter o processo, basta usar o comando:

sbatch submit_serial_jobs.sh

Referências

Para informações adicionais sobre o software, consulte a documentação do Gromacs.