Manual do Usuário
Nesta seção o usuário do GridUnesp irá encontrar as informações necessárias para poder acessar o cluster e entender como é o processo de instalação de aplicações/bibliotecas, a criação de scripts de submissão de jobs, o monitoramento de simulações, bem como maneiras de otimizar o processamento. Por fim, há vários exemplos de scripts de submissão de jobs com aplicações/bibliotecas já instaladas no GridUnesp.
Em caso das dúvidas persistirem, a seção Perguntas Frequentes pode ser bastante útil, e o usuário sempre pode enviar mensagem para a lista de suporte do GridUnesp (support.ncc@unesp.br).
- Acessando o Cluster
- Transferindo Arquivos
- Instalando Aplicações
- Processando Simulações
- Melhorando o Script de Submissão
- Política de Prioridade
- Otimizando o Desempenho
- Memória Compartilhada
- Memória Distribuída
- Job Array
- Uso de GPUs
- Aplicações instaladas
- Bibliotecas, compiladores e linguagens
- Amber
- Anaconda
- Beast
- Bowtie2
- Charmm
- ClustalW
- CP2K
- Crystal
- DFTB+
- Dirac
- ESPResSo
- ExaBayes
- Exciting
- fastStructure
- Foam-Extend
- g_mmpbsa
- Gamess
- Gamit
- Gaussian
- Gromacs
- Hmmer
- Lammps
- Mathematica
- Mopac
- Namd
- NetCDF
- OpenFoam
- Orca
- PartitionFinder
- PFinderUCE-SWSC-EN
- Phyluce
- Quantum-Espresso
- quest-qmc
- R
- RAxML
- RAxML-NG
- RNXCMP
- ROOT - Data Analisys Techniques
- RSEM
- Salmon
- Siesta
- Stacks
- Structure
- SU2
- SWAN
- Tesseract
- Trinity
- Weka